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万見
- PDB-7mjr: Vip4Da2 toxin structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mjr
タイトルVip4Da2 toxin structure
要素Vip4Da1 protein
キーワードTOXIN / Vegetative insecticidal protein
機能・相同性
機能・相同性情報


protein homooligomerization / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Fungal immunomodulatory protein Fve / : / Toxin - Anthrax Protective Antigen; domain 1 / Toxin - Anthrax Protective Antigen;domain 1 / Protective antigen, heptamerisation domain / Acylphosphatase-like domain / Acylphosphatase-like domain profile. / PA14/GLEYA domain / PA14 domain profile. / Bacterial exotoxin B ...Fungal immunomodulatory protein Fve / : / Toxin - Anthrax Protective Antigen; domain 1 / Toxin - Anthrax Protective Antigen;domain 1 / Protective antigen, heptamerisation domain / Acylphosphatase-like domain / Acylphosphatase-like domain profile. / PA14/GLEYA domain / PA14 domain profile. / Bacterial exotoxin B / Protective antigen, heptamerisation domain / Protective antigen, Ca-binding domain / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA, domain 3 / Protective antigen, heptamerisation domain superfamily / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA Ca-binding domain / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA domain 2 / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA domain 3 / PA14 domain / PA14 / PA14 domain / Galactose-binding domain-like / Jelly Rolls / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bacillus thuringiensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.22 Å
データ登録者Rydel, T.J. / Duda, D. / Zheng, M. / Henry, A.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2021
タイトル: Structural and functional insights into the first Bacillus thuringiensis vegetative insecticidal protein of the Vpb4 fold, active against western corn rootworm.
著者: Kouadio, J.L. / Zheng, M. / Aikins, M. / Duda, D. / Duff, S. / Chen, D. / Zhang, J. / Milligan, J. / Taylor, C. / Mamanella, P. / Rydel, T. / Kessenich, C. / Panosian, T. / Yin, Y. / Moar, W. ...著者: Kouadio, J.L. / Zheng, M. / Aikins, M. / Duda, D. / Duff, S. / Chen, D. / Zhang, J. / Milligan, J. / Taylor, C. / Mamanella, P. / Rydel, T. / Kessenich, C. / Panosian, T. / Yin, Y. / Moar, W. / Giddings, K. / Park, Y. / Jerga, A. / Haas, J.
履歴
登録2021年4月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年1月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vip4Da1 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,16713
ポリマ－105,1821
非ポリマー98512
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, monomer by gel filtration sizing
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.517, 221.374, 154.141
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Vip4Da1 protein


分子量: 105181.984 Da / 分子数: 1 / 変異: Q530Y, E531Y, K532Y / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus thuringiensis (バクテリア)
遺伝子: vip4Da1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: A0A2U5FTM5
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Crystals were obtained in 0.1 M Bis-Tris at pH 6.5, 1.8 M ammonium sulfate, and 2% (w/v) PEG MME 550

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年2月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.22→43.05 Å / Num. obs: 31927 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 92 Å2 / CC1/2: 0.948 / Rmerge(I) obs: 0.162 / Χ2: 2.065 / Net I/σ(I): 23.3
反射 シェル解像度: 3.22→3.36 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 1.077 / Mean I/σ(I) obs: 2.45 / Num. unique obs: 1564 / CC1/2: 0.742 / Χ2: 0.802 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Vip4

解像度: 3.22→43.05 Å / SU ML: 0.3794 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.3071
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2414 1926 6.27 %
Rwork0.1963 28788 -
obs0.1992 30714 93.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 92.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.22→43.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7125 0 48 0 7173
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01127320
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.30729927
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06711074
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071274
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.2592965
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.22-3.30.287810.29061205X-RAY DIFFRACTION55.1
3.3-3.390.35761260.27431903X-RAY DIFFRACTION89.11
3.39-3.490.3371440.25531987X-RAY DIFFRACTION91.46
3.49-3.610.31240.25782032X-RAY DIFFRACTION93.25
3.61-3.740.32381300.22752047X-RAY DIFFRACTION94.78
3.74-3.890.30571370.21552097X-RAY DIFFRACTION95.76
3.89-4.060.25451510.20162118X-RAY DIFFRACTION97.55
4.06-4.280.26941470.19072125X-RAY DIFFRACTION98.18
4.28-4.540.23191310.17332184X-RAY DIFFRACTION98.93
4.54-4.890.20061550.16522169X-RAY DIFFRACTION99.06
4.89-5.390.21671420.17292190X-RAY DIFFRACTION99.57
5.39-6.160.23751480.18262207X-RAY DIFFRACTION99.66
6.16-7.760.24241510.1952228X-RAY DIFFRACTION99.71
7.76-43.050.19031590.18552296X-RAY DIFFRACTION98.95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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