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- PDB-6lxk: Crystal structure of Z2B3 D102R Fab in complex with influenza vir... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lxk
タイトルCrystal structure of Z2B3 D102R Fab in complex with influenza virus neuraminidase from A/Serbia/NS-601/2014 (H1N1)
要素
  • Heavy chain of Z2B3-D102R Fab
  • Light chain of Z2B3-D102R Fab
  • Neuraminidase
キーワードHYDROLASE/IMMUNE SYSTEM / antibody / antigen / complex / IMMUNE SYSTEM / HYDROLASE-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / : / exo-alpha-sialidase / viral budding from plasma membrane / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Sialidase, Influenza viruses A/B / Glycoside hydrolase, family 34 / Neuraminidase / Sialidase superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Neuraminidase / Neuraminidase
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.608 Å
データ登録者Jiang, H. / Peng, W. / Qi, J. / Chai, Y. / Song, H. / Shi, Y. / Gao, G.F. / Wu, Y.
資金援助 中国, 5件
組織認可番号国
Chinese Academy of SciencesXDB29010202 中国
Ministry of Science and Technology (China)2018ZX10733403 中国
Chinese Academy of SciencesXDB37030204 中国
Ministry of Science and Technology (China)2018ZX10101004-001 中国
Chinese Academy of Sciences2016086 中国
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2020
タイトル: Structure-Based Modification of an Anti-neuraminidase Human Antibody Restores Protection Efficacy against the Drifted Influenza Virus.
著者: Jiang, H. / Peng, W. / Qi, J. / Chai, Y. / Song, H. / Bi, Y. / Rijal, P. / Wang, H. / Oladejo, B.O. / Liu, J. / Shi, Y. / Gao, G.F. / Townsend, A.R. / Wu, Y.
履歴
登録2020年2月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月9日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neuraminidase
H: Heavy chain of Z2B3-D102R Fab
L: Light chain of Z2B3-D102R Fab
B: Neuraminidase
C: Neuraminidase
D: Neuraminidase
E: Heavy chain of Z2B3-D102R Fab
F: Light chain of Z2B3-D102R Fab
J: Heavy chain of Z2B3-D102R Fab
K: Light chain of Z2B3-D102R Fab
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)352,69922
ポリマ－350,03210
非ポリマー2,66712
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area31460 Å2
ΔGint-159 kcal/mol
Surface area100820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)214.442, 214.442, 168.680
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質
Neuraminidase


分子量: 51529.617 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: NA / Variant: A/Serbia/NS-601/2014(H1N1)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: X2L845, UniProt: A0A5P1N996*PLUS, exo-alpha-sialidase
#2: 抗体 Heavy chain of Z2B3-D102R Fab


分子量: 25175.193 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#3: 抗体 Light chain of Z2B3-D102R Fab


分子量: 22796.049 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#4: 多糖
beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY
配列の詳細Sequence reference for Neuraminidase from Influenza A virus (A/Serbia/NS-601/2014(H1N1)) was not ...Sequence reference for Neuraminidase from Influenza A virus (A/Serbia/NS-601/2014(H1N1)) was not yet available at UNIPROT at the time of data processing. Thus, X2L845_9INFA, which was derived from Influenza A virus (A/Czech Republic/2/2014(H1N1)), was used as the sequence reference.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.55 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M magnesium acetate, 0.1M MES pH 6.5, 10% (w/v) PEG 10000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: Nonius Kappa CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年7月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→50 Å / Num. obs: 51355 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.3 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 3.6→3.73 Å / Num. unique obs: 51355 / CC1/2: 0.998

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3BEQ, 5W0D

3beq

5w0d


解像度: 3.608→25.459 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2488 2511 4.89 %
Rwork0.2147 --
obs0.2164 51355 99.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 550.28 Å2 / Biso mean: 97.1993 Å2 / Biso min: 19.39 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.608→25.459 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21823 0 164 0 21987
Biso mean--128.74 --
残基数----2877
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00322544
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.63430685
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.7618173
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0473361
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043949
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.6083-3.67750.331830.26872526X-RAY DIFFRACTION92
3.6775-3.75240.28311450.2672696X-RAY DIFFRACTION99
3.7524-3.83370.27571180.26072717X-RAY DIFFRACTION100
3.8337-3.92260.31951410.26362690X-RAY DIFFRACTION100
3.9226-4.02030.32781370.23912698X-RAY DIFFRACTION100
4.0203-4.12860.2821270.22442737X-RAY DIFFRACTION100
4.1286-4.24950.27521320.2112697X-RAY DIFFRACTION100
4.2495-4.3860.21261290.19882721X-RAY DIFFRACTION100
4.386-4.54190.22461360.22702X-RAY DIFFRACTION100
4.5419-4.72270.21631520.18052686X-RAY DIFFRACTION100
4.7227-4.93610.23591340.18392750X-RAY DIFFRACTION100
4.9361-5.19430.23081340.18352708X-RAY DIFFRACTION100
5.1943-5.51660.24281550.20312728X-RAY DIFFRACTION100
5.5166-5.93760.22891450.19912731X-RAY DIFFRACTION100
5.9376-6.5260.24491670.20472711X-RAY DIFFRACTION100
6.526-7.44950.24461820.20542716X-RAY DIFFRACTION100
7.4495-9.30870.2151490.1992790X-RAY DIFFRACTION100
9.3087-25.45930.23621450.23132840X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -53.3555 Å / Origin y: 55.853 Å / Origin z: 14.369 Å
111213212223313233
T0.2252 Å2-0.0346 Å20.0196 Å2-0.3303 Å20.0192 Å2--0.3175 Å2
L0.1956 °20.1752 °20.0316 °2-0.3505 °2-0.0467 °2--0.1159 °2
S0.0221 Å °0.0012 Å °-0.1584 Å °-0.0381 Å °-0.059 Å °-0.1527 Å °0.024 Å °0.0856 Å °-0.0003 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA83 - 469
2X-RAY DIFFRACTION1allA583 - 696
3X-RAY DIFFRACTION1allH1 - 232
4X-RAY DIFFRACTION1allL2 - 212
5X-RAY DIFFRACTION1allB83 - 469
6X-RAY DIFFRACTION1allB583 - 696
7X-RAY DIFFRACTION1allC83 - 469
8X-RAY DIFFRACTION1allC583 - 696
9X-RAY DIFFRACTION1allD83 - 469
10X-RAY DIFFRACTION1allD583 - 696
11X-RAY DIFFRACTION1allE1 - 232
12X-RAY DIFFRACTION1allF2 - 212
13X-RAY DIFFRACTION1allJ1 - 232
14X-RAY DIFFRACTION1allK2 - 212

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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