PDB-6lxi: Crystal structure of Z2B3 Fab in complex with influenza virus neu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6lxi

タイトル

Crystal structure of Z2B3 Fab in complex with influenza virus neuraminidase from A/Brevig Mission/1/1918 (H1N1)

要素

Heavy chain of Z2B3 Fab
Light chain of Z2B3 Fab
Neuraminidase

キーワード

HYDROLASE/IMMUNE SYSTEM / antibody / antigen / complex / IMMUNE SYSTEM / HYDROLASE-IMMUNE SYSTEM complex

機能・相同性

機能・相同性情報

: / : / : / exo-alpha-sialidase / viral budding from plasma membrane / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Jiang, H. / Peng, W. / Qi, J. / Chai, Y. / Song, H. / Shi, Y. / Gao, G.F. / Wu, Y.

資金援助

中国, 5件

組織	認可番号	国
Chinese Academy of Sciences	XDB29010202	中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)	2018ZX10733403	中国
Chinese Academy of Sciences	XDB37030204	中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)	2018ZX10101004-001	中国
Chinese Academy of Sciences	2016086	中国

引用

ジャーナル: Mbio / 年: 2020
タイトル: Structure-Based Modification of an Anti-neuraminidase Human Antibody Restores Protection Efficacy against the Drifted Influenza Virus.
著者: Jiang, H. / Peng, W. / Qi, J. / Chai, Y. / Song, H. / Bi, Y. / Rijal, P. / Wang, H. / Oladejo, B.O. / Liu, J. / Shi, Y. / Gao, G.F. / Townsend, A.R. / Wu, Y.

履歴

登録	2020年2月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年12月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月9日	Group: Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details ..._pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6lxi.cif.gz	708.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6lxi.ent.gz	513.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6lxi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6lxi_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6lxi_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
XML形式データ	6lxi_validation.xml.gz	60.9 KB	表示
CIF形式データ	6lxi_validation.cif.gz	87.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lx/6lxi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lx/6lxi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6lxjC 6lxkC 3beqS 5w0dS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6csf-1 6cse-2 5ezo-d 5dwn-d 6m3c-2 2e26-d 4rfn-1 6m3c-1 4ydj-1 5w0d-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #113 - 2009年5月インフルエンザノイラミニダーゼ (Influenza Neuraminidase) 類似性 (6) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Neuraminidase

H: Heavy chain of Z2B3 Fab

L: Light chain of Z2B3 Fab

B: Neuraminidase

C: Heavy chain of Z2B3 Fab

D: Light chain of Z2B3 Fab

ヘテロ分子

201 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Neuraminidase

H: Heavy chain of Z2B3 Fab

L: Light chain of Z2B3 Fab

ヘテロ分子

A: Neuraminidase

H: Heavy chain of Z2B3 Fab

L: Light chain of Z2B3 Fab

ヘテロ分子

A: Neuraminidase

H: Heavy chain of Z2B3 Fab

L: Light chain of Z2B3 Fab

ヘテロ分子

A: Neuraminidase

H: Heavy chain of Z2B3 Fab

L: Light chain of Z2B3 Fab

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
401 kDa, 12 ポリマー
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2

B: Neuraminidase

C: Heavy chain of Z2B3 Fab

D: Light chain of Z2B3 Fab

ヘテロ分子

B: Neuraminidase

C: Heavy chain of Z2B3 Fab

D: Light chain of Z2B3 Fab

ヘテロ分子

B: Neuraminidase

C: Heavy chain of Z2B3 Fab

D: Light chain of Z2B3 Fab

ヘテロ分子

B: Neuraminidase

C: Heavy chain of Z2B3 Fab

D: Light chain of Z2B3 Fab

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
401 kDa, 12 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	163.130, 163.130, 190.757
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	90
Space group name H-M	P42₁2
Space group name Hall	P4ab2ab

-
抗体 , 2種, 4分子 HCLD

#2: 抗体	Heavy chain of Z2B3 Fab 分子量: 25133.088 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#3: 抗体	Light chain of Z2B3 Fab 分子量: 22796.049 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質

Neuraminidase

分子量: 51447.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Influenza A virus (strain A/Brevig Mission/1/1918 H1N1) (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: NA
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9IGQ6, exo-alpha-sialidase

#4: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 894.823 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/4,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-4/a4-b1_a6-e1_b4-c1_c6-d1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

-
非ポリマー , 2種, 569分子

#5: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 565 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.47 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 4% Tacsimate pH 7.0, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: Nonius Kappa CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.499→50 Å / Num. obs: 88386 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.1 % / B_iso Wilson estimate: 38.09 Å² / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 18
反射シェル	解像度: 2.5→2.59 Å / R_merge(I) obs: 0.94 / Mean I/σ(I) obs: 0.18 / Num. unique obs: 83916

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2-3874_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3BEQ, 5W0D

3beq

5w0d

解像度: 2.5→47.93 Å / SU ML: 0.2377 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.0504
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2116	4442	5.03 %
R_work	0.1834	83944	-
obs	0.1848	88386	98.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→47.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12308	0	124	565	12997

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0116	12740
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0153	17347
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0668	1933
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0071	2218
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.0627	4549

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.53	0.2729	117	0.2362	2531	X-RAY DIFFRACTION	91.03
2.53-2.56	0.291	143	0.2276	2652	X-RAY DIFFRACTION	94.3
2.56-2.59	0.2748	166	0.2421	2671	X-RAY DIFFRACTION	95.88
2.59-2.62	0.2936	138	0.2235	2709	X-RAY DIFFRACTION	97.57
2.62-2.66	0.2928	136	0.2343	2744	X-RAY DIFFRACTION	98.7
2.66-2.69	0.2706	137	0.223	2767	X-RAY DIFFRACTION	98.91
2.69-2.73	0.2764	132	0.2255	2791	X-RAY DIFFRACTION	99.39
2.73-2.77	0.2889	155	0.2263	2785	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.77-2.81	0.2637	154	0.215	2790	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.81-2.86	0.2764	148	0.2075	2794	X-RAY DIFFRACTION	100
2.86-2.91	0.2468	148	0.22	2792	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-2.96	0.2262	162	0.21	2808	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.96-3.02	0.242	155	0.2121	2789	X-RAY DIFFRACTION	100
3.02-3.08	0.2342	116	0.209	2811	X-RAY DIFFRACTION	100
3.08-3.15	0.2243	159	0.2075	2801	X-RAY DIFFRACTION	100
3.15-3.22	0.2704	150	0.2051	2811	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.22-3.3	0.217	166	0.2041	2782	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3-3.39	0.2212	129	0.1941	2853	X-RAY DIFFRACTION	100
3.39-3.49	0.214	145	0.1863	2808	X-RAY DIFFRACTION	100
3.49-3.6	0.2165	141	0.1823	2835	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6-3.73	0.2307	141	0.1876	2818	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.73-3.88	0.2122	165	0.1762	2835	X-RAY DIFFRACTION	100
3.88-4.06	0.1875	138	0.1637	2834	X-RAY DIFFRACTION	100
4.06-4.27	0.1626	159	0.1451	2835	X-RAY DIFFRACTION	100
4.27-4.54	0.1402	155	0.1349	2851	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4.54-4.89	0.168	160	0.1325	2842	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4.89-5.38	0.1493	163	0.1479	2856	X-RAY DIFFRACTION	99.8
5.38-6.16	0.2075	153	0.1753	2894	X-RAY DIFFRACTION	99.84
6.16-7.75	0.201	161	0.1773	2920	X-RAY DIFFRACTION	99.26
7.76-47.93	0.1956	150	0.185	2935	X-RAY DIFFRACTION	94.54

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.483351158702	0.0649259741985	0.0218265358199	0.315619341652	-0.0202729270191	0.228197064041	0.0228834926331	0.00912733118189	-0.0223488087628	-0.00435241539304	-0.00517315622566	-0.0212568015811	0.0294666942191	0.0194334724901	1.62062929987E-10	0.163467344484	0.0102251274361	-0.00232992630621	0.161933042448	-0.00431806182132	0.161909143426	-60.6907006222	-18.5731972749	104.856956411
2	0.095490699363	-0.0163353036901	-0.138987319448	0.0209629477241	-0.0521479854802	0.338063758215	0.00650793168488	-0.00133723818242	-0.0486813764154	-0.0651924699669	-0.00789392829883	0.0452503633852	0.0136881118647	-0.00300110411437	-2.60757651821E-10	0.288828160722	0.0289887028353	0.0073444167618	0.222209513427	-0.019219103751	0.259427904016	-39.751870976	-17.1826914225	57.859520866
3	0.284235468047	-0.243649206782	0.272909469519	0.415271366421	-0.388682636883	0.368824893186	0.0495182318619	-0.0395808237319	-0.022838071518	-0.0929667183816	-0.0810120614348	-0.0199828367891	0.226980554476	0.129632557539	-0.00925200239941	0.288323824759	0.0650243191723	0.0171532550533	0.206343782211	-0.00830810044232	0.20502101383	-28.2442841033	-31.0160531111	59.4517463808
4	0.356828190023	-0.018755685198	-0.0363428331558	0.269978667247	0.0185552569918	0.178550394317	-0.0160835346825	0.0200224593556	-0.0487446518621	-0.014705114537	-0.00493652184621	-0.0155735552842	0.0403633566529	0.0399745043334	-4.07207624509E-10	0.181775121427	0.0183717707924	0.0172637248302	0.173060581063	0.00214577820751	0.17777236315	-65.2693053823	-22.6757651825	-14.7985089326
5	0.378948194122	0.171580317209	-0.193449528702	0.131143392867	-0.0458818643676	0.128187860753	0.00887429920439	-0.174736686983	-0.0766542667094	-0.0628726983056	-0.0699436313422	-0.0952484047211	-0.0236364865822	0.0872271300872	-0.0203635452861	0.227538871808	0.0017100911187	0.00810649038041	0.321054322706	0.0557286650207	0.285450138361	-70.9669575117	-42.0511789041	30.4559577966
6	0.346543211638	-0.0334889414538	-0.0287078133508	0.421752258525	0.10491577448	0.483798952944	0.00489470929187	-0.110264614428	-0.309503534654	-0.0265369033074	0.0284888822463	-0.0318919044509	0.0209978482963	0.174120058622	0.148071260371	0.242558300533	0.106848054685	-0.00811839219455	0.368856532948	0.108551292486	0.378187130927	-55.6016248515	-52.4026688363	31.5501860708

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	'chain A' or 'chain E'
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain H
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain L
4	X-RAY DIFFRACTION	4	'chain B' or 'chain F'
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain C
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain D

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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