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- PDB-6lxi: Crystal structure of Z2B3 Fab in complex with influenza virus neu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lxi
タイトルCrystal structure of Z2B3 Fab in complex with influenza virus neuraminidase from A/Brevig Mission/1/1918 (H1N1)
要素
  • Heavy chain of Z2B3 Fab
  • Light chain of Z2B3 Fab
  • Neuraminidase
キーワードHYDROLASE/IMMUNE SYSTEM / antibody / antigen / complex / IMMUNE SYSTEM / HYDROLASE-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


exo-alpha-sialidase / exo-alpha-sialidase activity / viral budding from plasma membrane / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Sialidase, Influenza viruses A/B / Glycoside hydrolase, family 34 / Neuraminidase / Sialidase superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Jiang, H. / Peng, W. / Qi, J. / Chai, Y. / Song, H. / Shi, Y. / Gao, G.F. / Wu, Y.
資金援助 中国, 5件
組織認可番号国
Chinese Academy of SciencesXDB29010202 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2018ZX10733403 中国
Chinese Academy of SciencesXDB37030204 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2018ZX10101004-001 中国
Chinese Academy of Sciences2016086 中国
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2020
タイトル: Structure-Based Modification of an Anti-neuraminidase Human Antibody Restores Protection Efficacy against the Drifted Influenza Virus.
著者: Jiang, H. / Peng, W. / Qi, J. / Chai, Y. / Song, H. / Bi, Y. / Rijal, P. / Wang, H. / Oladejo, B.O. / Liu, J. / Shi, Y. / Gao, G.F. / Townsend, A.R. / Wu, Y.
履歴
登録2020年2月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月9日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details ..._pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neuraminidase
H: Heavy chain of Z2B3 Fab
L: Light chain of Z2B3 Fab
B: Neuraminidase
C: Heavy chain of Z2B3 Fab
D: Light chain of Z2B3 Fab
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)200,70312
ポリマ－198,7536
非ポリマー1,9506
水10,178565
1
A: Neuraminidase
H: Heavy chain of Z2B3 Fab
L: Light chain of Z2B3 Fab
ヘテロ分子

A: Neuraminidase
H: Heavy chain of Z2B3 Fab
L: Light chain of Z2B3 Fab
ヘテロ分子

A: Neuraminidase
H: Heavy chain of Z2B3 Fab
L: Light chain of Z2B3 Fab
ヘテロ分子

A: Neuraminidase
H: Heavy chain of Z2B3 Fab
L: Light chain of Z2B3 Fab
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)401,40624
ポリマ－397,50612
非ポリマー3,90012
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,-y,z1
crystal symmetry operation3_455-y-1/2,x+1/2,z1
crystal symmetry operation4_445y-1/2,-x-1/2,z1
Buried area38850 Å2
ΔGint-170 kcal/mol
Surface area117250 Å2
手法PISA
2
B: Neuraminidase
C: Heavy chain of Z2B3 Fab
D: Light chain of Z2B3 Fab
ヘテロ分子

B: Neuraminidase
C: Heavy chain of Z2B3 Fab
D: Light chain of Z2B3 Fab
ヘテロ分子

B: Neuraminidase
C: Heavy chain of Z2B3 Fab
D: Light chain of Z2B3 Fab
ヘテロ分子

B: Neuraminidase
C: Heavy chain of Z2B3 Fab
D: Light chain of Z2B3 Fab
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)401,40624
ポリマ－397,50612
非ポリマー3,90012
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,-y,z1
crystal symmetry operation3_455-y-1/2,x+1/2,z1
crystal symmetry operation4_445y-1/2,-x-1/2,z1
Buried area39100 Å2
ΔGint-171 kcal/mol
Surface area113660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)163.130, 163.130, 190.757
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Space group name HallP4ab2ab

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要素

-
抗体 , 2種, 4分子 HCLD

#2: 抗体 Heavy chain of Z2B3 Fab


分子量: 25133.088 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#3: 抗体 Light chain of Z2B3 Fab


分子量: 22796.049 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質 Neuraminidase


分子量: 51447.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (strain A/Brevig Mission/1/1918 H1N1) (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: NA
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9IGQ6, exo-alpha-sialidase
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 894.823 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-4/a4-b1_a6-e1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 2種, 569分子

#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 565 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.47 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 4% Tacsimate pH 7.0, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: Nonius Kappa CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.499→50 Å / Num. obs: 88386 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.1 % / Biso Wilson estimate: 38.09 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.94 / Mean I/σ(I) obs: 0.18 / Num. unique obs: 83916

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2-3874_1692精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3BEQ, 5W0D

3beq

5w0d


解像度: 2.5→47.93 Å / SU ML: 0.2377 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.0504
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2116 4442 5.03 %
Rwork0.1834 83944 -
obs0.1848 88386 98.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 41.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→47.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12308 0 124 565 12997
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011612740
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.015317347
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06681933
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00712218
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.06274549
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.530.27291170.23622531X-RAY DIFFRACTION91.03
2.53-2.560.2911430.22762652X-RAY DIFFRACTION94.3
2.56-2.590.27481660.24212671X-RAY DIFFRACTION95.88
2.59-2.620.29361380.22352709X-RAY DIFFRACTION97.57
2.62-2.660.29281360.23432744X-RAY DIFFRACTION98.7
2.66-2.690.27061370.2232767X-RAY DIFFRACTION98.91
2.69-2.730.27641320.22552791X-RAY DIFFRACTION99.39
2.73-2.770.28891550.22632785X-RAY DIFFRACTION99.9
2.77-2.810.26371540.2152790X-RAY DIFFRACTION99.97
2.81-2.860.27641480.20752794X-RAY DIFFRACTION100
2.86-2.910.24681480.222792X-RAY DIFFRACTION100
2.91-2.960.22621620.212808X-RAY DIFFRACTION99.97
2.96-3.020.2421550.21212789X-RAY DIFFRACTION100
3.02-3.080.23421160.2092811X-RAY DIFFRACTION100
3.08-3.150.22431590.20752801X-RAY DIFFRACTION100
3.15-3.220.27041500.20512811X-RAY DIFFRACTION99.97
3.22-3.30.2171660.20412782X-RAY DIFFRACTION100
3.3-3.390.22121290.19412853X-RAY DIFFRACTION100
3.39-3.490.2141450.18632808X-RAY DIFFRACTION100
3.49-3.60.21651410.18232835X-RAY DIFFRACTION100
3.6-3.730.23071410.18762818X-RAY DIFFRACTION99.93
3.73-3.880.21221650.17622835X-RAY DIFFRACTION100
3.88-4.060.18751380.16372834X-RAY DIFFRACTION100
4.06-4.270.16261590.14512835X-RAY DIFFRACTION100
4.27-4.540.14021550.13492851X-RAY DIFFRACTION99.97
4.54-4.890.1681600.13252842X-RAY DIFFRACTION99.97
4.89-5.380.14931630.14792856X-RAY DIFFRACTION99.8
5.38-6.160.20751530.17532894X-RAY DIFFRACTION99.84
6.16-7.750.2011610.17732920X-RAY DIFFRACTION99.26
7.76-47.930.19561500.1852935X-RAY DIFFRACTION94.54
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4833511587020.06492597419850.02182653581990.315619341652-0.02027292701910.2281970640410.02288349263310.00912733118189-0.0223488087628-0.00435241539304-0.00517315622566-0.02125680158110.02946669421910.01943347249011.62062929987E-100.1634673444840.0102251274361-0.002329926306210.161933042448-0.004318061821320.161909143426-60.6907006222-18.5731972749104.856956411
20.095490699363-0.0163353036901-0.1389873194480.0209629477241-0.05214798548020.3380637582150.00650793168488-0.00133723818242-0.0486813764154-0.0651924699669-0.007893928298830.04525036338520.0136881118647-0.00300110411437-2.60757651821E-100.2888281607220.02898870283530.00734441676180.222209513427-0.0192191037510.259427904016-39.751870976-17.182691422557.859520866
30.284235468047-0.2436492067820.2729094695190.415271366421-0.3886826368830.3688248931860.0495182318619-0.0395808237319-0.022838071518-0.0929667183816-0.0810120614348-0.01998283678910.2269805544760.129632557539-0.009252002399410.2883238247590.06502431917230.01715325505330.206343782211-0.008308100442320.20502101383-28.2442841033-31.016053111159.4517463808
40.356828190023-0.018755685198-0.03634283315580.2699786672470.01855525699180.178550394317-0.01608353468250.0200224593556-0.0487446518621-0.014705114537-0.00493652184621-0.01557355528420.04036335665290.0399745043334-4.07207624509E-100.1817751214270.01837177079240.01726372483020.1730605810630.002145778207510.17777236315-65.2693053823-22.6757651825-14.7985089326
50.3789481941220.171580317209-0.1934495287020.131143392867-0.04588186436760.1281878607530.00887429920439-0.174736686983-0.0766542667094-0.0628726983056-0.0699436313422-0.0952484047211-0.02363648658220.0872271300872-0.02036354528610.2275388718080.00171009111870.008106490380410.3210543227060.05572866502070.285450138361-70.9669575117-42.051178904130.4559577966
60.346543211638-0.0334889414538-0.02870781335080.4217522585250.104915774480.4837989529440.00489470929187-0.110264614428-0.309503534654-0.02653690330740.0284888822463-0.03189190445090.02099784829630.1741200586220.1480712603710.2425583005330.106848054685-0.008118392194550.3688565329480.1085512924860.378187130927-55.6016248515-52.402668836331.5501860708
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1'chain A' or 'chain E'
2X-RAY DIFFRACTION2chain H
3X-RAY DIFFRACTION3chain L
4X-RAY DIFFRACTION4'chain B' or 'chain F'
5X-RAY DIFFRACTION5chain C
6X-RAY DIFFRACTION6chain D

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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