PDB-6lwt: Crystal structure of Staphylococcal Superantigen-Like protein 10

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6lwt

タイトル

Crystal structure of Staphylococcal Superantigen-Like protein 10

要素

Superantigen-like protein SSL10

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Staphylococcal Superantigen-Like protein

機能・相同性

機能・相同性情報

: / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Nan, J. / Chengliang, W. / Tianrong, H.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Staphylococcal Superantigen-Like protein 10
著者: Nan, J. / Chengliang, W. / Tianrong, H.

履歴

登録	2020年2月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年2月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6lwt.cif.gz	90.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6lwt.ent.gz	67.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6lwt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6lwt_validation.pdf.gz	429.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6lwt_full_validation.pdf.gz	431.6 KB	表示
XML形式データ	6lwt_validation.xml.gz	14.8 KB	表示
CIF形式データ	6lwt_validation.cif.gz	20 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lw/6lwt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lw/6lwt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3v42-1 2k7f-d 2hs5-d 1huw-d 1nku-d 5cwc-d 3rwv-2 4dix-2 3a27-d 3rsn-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Superantigen-like protein SSL10

B: Superantigen-like protein SSL10

48.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Superantigen-like protein SSL10

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
24.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Superantigen-like protein SSL10

登録者が定義した集合体
24.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.243, 71.211, 140.657
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Superantigen-like protein SSL10 分子量: 24467.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: E5491_02145, FAF10_06335, FAF13_10025, FAF15_01065, FAF17_11070 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4T9YNX5, UniProt: Q2G2X7*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.72 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2.1 M DL-Malic acid, pH 7.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月24日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→70.33 Å / Num. obs: 33517 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 0.09 / R_pim(I) all: 0.039 / R_rim(I) all: 0.098 / Χ²: 1.06 / Net I/σ(I): 9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.9-1.93	6.6	0.294	1644	0.945	0.125	0.32	1.074	100
1.93-1.97	6.6	0.256	1649	0.944	0.109	0.278	1.086	100
1.97-2.01	6.5	0.228	1648	0.958	0.097	0.248	1.079	100
2.01-2.05	6.5	0.206	1638	0.967	0.088	0.225	1.1	100
2.05-2.09	6.4	0.198	1669	0.956	0.085	0.216	1.107	100
2.09-2.14	6	0.173	1633	0.964	0.077	0.19	1.085	100
2.14-2.19	6.2	0.162	1649	0.974	0.071	0.177	1.068	100
2.19-2.25	6.7	0.187	1653	0.972	0.08	0.204	1.119	100
2.25-2.32	6.7	0.144	1649	0.978	0.06	0.156	1.077	100
2.32-2.39	6.6	0.136	1656	0.983	0.058	0.148	1.105	100
2.39-2.48	6.4	0.13	1649	0.983	0.056	0.142	1.068	100
2.48-2.58	6.2	0.121	1694	0.982	0.053	0.132	1.027	100
2.58-2.7	6.2	0.113	1643	0.988	0.049	0.124	1.081	100
2.7-2.84	6.7	0.098	1679	0.989	0.041	0.107	1.058	100
2.84-3.02	6.6	0.091	1686	0.992	0.038	0.099	0.999	100
3.02-3.25	6.5	0.084	1672	0.991	0.036	0.091	1.041	100
3.25-3.58	6.1	0.077	1707	0.993	0.034	0.084	1.025	100
3.58-4.09	6.7	0.074	1712	0.994	0.03	0.08	0.981	99.9
4.09-5.16	6.1	0.073	1741	0.993	0.032	0.08	0.956	100
5.16-50	6	0.079	1846	0.991	0.036	0.087	1.076	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0103	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.9→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 3.428 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.165 / ESU R Free: 0.151
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2462	1632	4.9 %	RANDOM
R_work	0.2094	-	-	-
obs	0.2111	31821	99.83 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 84.3 Å² / B_iso mean: 30.971 Å² / B_iso min: 15.26 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.64 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.94 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.7 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.9→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3127	0	0	57	3184
B_iso mean	-	-	-	27.26	-
残基数	-	-	-	-	377

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	3182
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3214
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.352	1.982	4238
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.877	3	7430
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.135	5	374
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.766	24.247	146
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.795	15	676
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.695	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	449
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3458
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	718

LS精密化シェル

解像度: 1.901→1.95 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.313	118	-
R_work	0.242	2260	-
all	-	2378	-
obs	-	-	97.86 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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