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- PDB-6lw1: Cryo-EM structure of TLR7/Cpd-7 (DSR-139970) complex in open form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lw1
タイトルCryo-EM structure of TLR7/Cpd-7 (DSR-139970) complex in open form
要素Toll-like receptor 7
キーワードIMMUNE SYSTEM / TLR7 / antagonist
機能・相同性
機能・相同性情報


toll-like receptor 7 signaling pathway / response to cGMP / siRNA binding / early phagosome / positive regulation of macrophage cytokine production / pattern recognition receptor activity / toll-like receptor signaling pathway / canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of interferon-alpha production / positive regulation of chemokine production ...toll-like receptor 7 signaling pathway / response to cGMP / siRNA binding / early phagosome / positive regulation of macrophage cytokine production / pattern recognition receptor activity / toll-like receptor signaling pathway / canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of interferon-alpha production / positive regulation of chemokine production / JNK cascade / positive regulation of interferon-beta production / positive regulation of interleukin-8 production / regulation of protein phosphorylation / cellular response to virus / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of type II interferon production / double-stranded RNA binding / defense response to virus / single-stranded RNA binding / lysosome / receptor complex / endosome / inflammatory response / innate immune response / endoplasmic reticulum / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
TIR domain / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Toll - interleukin 1 - resistance / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype ...TIR domain / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Toll - interleukin 1 - resistance / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EX3 / Toll-like receptor 7
類似検索 - 構成要素
生物種Macaca mulatta (アカゲザル)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Zhang, Z. / Ohto, U. / Shimizu, T.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structural analysis reveals TLR7 dynamics underlying antagonism.
著者: Shingo Tojo / Zhikuan Zhang / Hiroyuki Matsui / Masahiro Tahara / Mitsunori Ikeguchi / Mami Kochi / Mami Kamada / Hideki Shigematsu / Akihisa Tsutsumi / Naruhiko Adachi / Takuma Shibata / ...著者: Shingo Tojo / Zhikuan Zhang / Hiroyuki Matsui / Masahiro Tahara / Mitsunori Ikeguchi / Mami Kochi / Mami Kamada / Hideki Shigematsu / Akihisa Tsutsumi / Naruhiko Adachi / Takuma Shibata / Masaki Yamamoto / Masahide Kikkawa / Toshiya Senda / Yoshiaki Isobe / Umeharu Ohto / Toshiyuki Shimizu /
要旨: Toll-like receptor 7 (TLR7) recognizes both microbial and endogenous RNAs and nucleosides. Aberrant activation of TLR7 has been implicated in several autoimmune diseases including systemic lupus ...Toll-like receptor 7 (TLR7) recognizes both microbial and endogenous RNAs and nucleosides. Aberrant activation of TLR7 has been implicated in several autoimmune diseases including systemic lupus erythematosus (SLE). Here, by modifying potent TLR7 agonists, we develop a series of TLR7-specific antagonists as promising therapeutic agents for SLE. These compounds protect mice against lethal autoimmunity. Combining crystallography and cryo-electron microscopy, we identify the open conformation of the receptor and reveal the structural equilibrium between open and closed conformations that underlies TLR7 antagonism, as well as the detailed mechanism by which TLR7-specific antagonists bind to their binding pocket in TLR7. Our work provides small-molecule TLR7-specific antagonists and suggests the TLR7-targeting strategy for treating autoimmune diseases.
履歴
登録2020年2月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-30002
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Toll-like receptor 7
B: Toll-like receptor 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)190,4664
ポリマ－189,4912
非ポリマー9752
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area2830 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area62870 Å2

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要素

#1: タンパク質 Toll-like receptor 7


分子量: 94745.594 Da / 分子数: 2
変異: N145Q/N367Q/S418L/E419VV420P/G421R/F422G/C423S/N466Q/N777Q
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 遺伝子: TLR7
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: B3Y653
#2: 化合物 ChemComp-EX3 / 2-ethoxy-8-(5-fluoranylpyridin-3-yl)-6-methyl-9-[[4-[[(1S,4S)-5-methyl-2,5-diazabicyclo[2.2.1]heptan-2-yl]methyl]phenyl]methyl]purine


分子量: 487.572 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H30FN7O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: TLR7/Cpd-7 (DSR-139970) complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.2 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
11Macaca mulatta (アカゲザル)9544
21Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)1280
由来(組換発現)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
緩衝液pH: 4.8
試料濃度: 0.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: RELION / バージョン: 3 / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 301212 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00912678
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.93817188
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d18.1331660
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.1291974
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0042180

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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