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万見
- PDB-6lvm: Crystal structure of FGFR3 in complex with pyrimidine derivative -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lvm
タイトルCrystal structure of FGFR3 in complex with pyrimidine derivative
要素Fibroblast growth factor receptor 3
キーワードTRANSFERASE / protein kinase / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


fibroblast growth factor receptor apoptotic signaling pathway / t(4;14) translocations of FGFR3 / negative regulation of developmental growth / Signaling by FGFR3 fusions in cancer / bone maturation / chondrocyte proliferation / endochondral bone growth / FGFR3b ligand binding and activation / Signaling by activated point mutants of FGFR3 / FGFR3c ligand binding and activation ...fibroblast growth factor receptor apoptotic signaling pathway / t(4;14) translocations of FGFR3 / negative regulation of developmental growth / Signaling by FGFR3 fusions in cancer / bone maturation / chondrocyte proliferation / endochondral bone growth / FGFR3b ligand binding and activation / Signaling by activated point mutants of FGFR3 / FGFR3c ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR3 / fibroblast growth factor receptor activity / endochondral ossification / positive regulation of phospholipase activity / bone morphogenesis / PI-3K cascade:FGFR3 / fibroblast growth factor binding / bone mineralization / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / PI3K Cascade / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / chondrocyte differentiation / SHC-mediated cascade:FGFR3 / FRS-mediated FGFR3 signaling / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / transport vesicle / Signaling by FGFR3 in disease / skeletal system development / Negative regulation of FGFR3 signaling / receptor protein-tyrosine kinase / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / MAPK cascade / PIP3 activates AKT signaling / cell-cell signaling / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RAF/MAP kinase cascade / protein tyrosine kinase activity / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / receptor complex / phosphorylation / positive regulation of cell population proliferation / Golgi apparatus / cell surface / endoplasmic reticulum / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Fibroblast growth factor receptor 3 transmembrane domain / Fibroblast growth factor receptor family / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. ...Fibroblast growth factor receptor 3 transmembrane domain / Fibroblast growth factor receptor family / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EVR / Fibroblast growth factor receptor 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.53 Å
データ登録者Echizen, Y. / Tateishi, Y. / Amano, Y.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Structure-based drug design of 1,3,5-triazine and pyrimidine derivatives as novel FGFR3 inhibitors with high selectivity over VEGFR2.
著者: Kuriwaki, I. / Kameda, M. / Hisamichi, H. / Kikuchi, S. / Iikubo, K. / Kawamoto, Y. / Moritomo, H. / Kondoh, Y. / Amano, Y. / Tateishi, Y. / Echizen, Y. / Iwai, Y. / Noda, A. / Tomiyama, H. / ...著者: Kuriwaki, I. / Kameda, M. / Hisamichi, H. / Kikuchi, S. / Iikubo, K. / Kawamoto, Y. / Moritomo, H. / Kondoh, Y. / Amano, Y. / Tateishi, Y. / Echizen, Y. / Iwai, Y. / Noda, A. / Tomiyama, H. / Suzuki, T. / Hirano, M.
履歴
登録2020年2月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fibroblast growth factor receptor 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4102
ポリマ－35,6651
非ポリマー7451
水55831
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area14590 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)48.143, 61.225, 59.645
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.980, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Fibroblast growth factor receptor 3 / FGFR-3


分子量: 35664.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FGFR3, JTK4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22607, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-EVR / 2-[[5-[2-(3,5-dimethoxyphenyl)ethyl]-2-[[3-methoxy-4-[4-(4-methylpiperazin-1-yl)piperidin-1-yl]phenyl]amino]pyrimidin-4-yl]amino]-N-ethyl-benzenesulfonamide


分子量: 744.946 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H52N8O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.79 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: Citric Acid, PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.53→50 Å / Num. obs: 10740 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Χ2: 2.206 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
2.54-2.5830.375061.271196.4
2.58-2.633.30.3915291.341198.9
2.63-2.683.40.3685441.358199.6
2.68-2.743.60.3415271.3641100
2.74-2.83.70.2895401.4391100
2.8-2.863.70.2355401.3891100
2.86-2.933.70.2295211.4411100
2.93-3.013.70.1635521.5551100
3.01-3.13.70.1535151.6061100
3.1-3.23.70.1145501.7841100
3.2-3.313.70.0955361.8661100
3.31-3.453.70.0825421.9491100
3.45-3.63.70.075362.262199.8
3.6-3.793.70.0685432.634199.8
3.79-4.033.70.0635462.8921100
4.03-4.343.70.065423.2661100
4.34-4.783.60.0575493.35199.6
4.78-5.473.60.0575403.344199.6
5.47-6.893.60.0575463.2861100
6.89-503.20.0555364.606194

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0253精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3B2T

3b2t


解像度: 2.53→29.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / SU B: 12.568 / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.996 / ESU R Free: 0.347 / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2789 520 4.8 %RANDOM
Rwork0.2074 ---
obs0.2109 10205 98.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 131.43 Å2 / Biso mean: 56.476 Å2 / Biso min: 26.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.43 Å2-0 Å2-1.7 Å2
2--2.34 Å2-0 Å2
3---1.13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.53→29.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2296 0 53 31 2380
Biso mean--51 57.07 -
残基数----288
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0122405
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6031.6993258
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7265286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.68622.193114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.31515416
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2151516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.2293
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021908
LS精密化 シェル解像度: 2.53→2.59 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.301 35 -
Rwork0.276 680 -
obs--91.55 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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