PDB-6luy: Zn- Carbonic Anhydrase II pH 11.0 0 atm CO2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6luy

タイトル

Zn- Carbonic Anhydrase II pH 11.0 0 atm CO2

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / LYASE / metalloenzymes / carbonic anhydrase / enzyme mechanism / metal coordination geometry / proton transfer / biological water dynamics

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Kim, C.U. / Kim, J.K.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Elucidating the role of metal ions in carbonic anhydrase catalysis.
著者: Kim, J.K. / Lee, C. / Lim, S.W. / Adhikari, A. / Andring, J.T. / McKenna, R. / Ghim, C.M. / Kim, C.U.

履歴

登録	2020年2月2日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年8月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年3月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6luy.cif.gz	210.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6luy.ent.gz	161.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6luy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/6luy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/6luy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6luuC 6luvC 6luwC 6luxC 6luzC 6lv1C 6lv2C 6lv3C 6lv4C 6lv5C 6lv6C 6lv7C 6lv8C 6lv9C 6lvaC 5yukS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6luz-d 1rzb-d 5dso-d 3qyk-d 3koi-d 4r5a-d 6uzu-d 6t7u-d 2h15-d 3daz-d 3mzc-d 1zsa-d 6yh5-d 3oku-d 5fnm-d 6u4q-d 3tvn-d 4itp-d 2nxt-d 6e92-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (2) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

29.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.280, 41.263, 72.068
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.189, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II 分子量: 29289.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 264 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.89 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 11 / 詳細: 1.3 M sodium citrate, 50 mM Tris-HCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2019年12月17日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.2→30 Å / Num. obs: 73914 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 7.4 % / CC_1/2: 0.991 / CC star: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.085 / R_pim(I) all: 0.034 / R_rim(I) all: 0.091 / Net I/σ(I): 25.2
反射シェル	解像度: 1.2→1.22 Å / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.177 / Mean I/σ(I) obs: 12.7 / Num. unique obs: 3587 / CC_1/2: 0.982 / CC star: 0.995 / R_pim(I) all: 0.069 / R_rim(I) all: 0.19 / % possible all: 96

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0124 2015/06/02	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
REFMAC	5.8.0124	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5YUK

5yuk

解像度: 1.2→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.978 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.973 / SU B: 0.706 / SU ML: 0.015 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.03 / ESU R Free: 0.03 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1308	3792	-
R_work	0.1106	-	-
all	0.112	-	-
obs	-	73898	97.943 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 10.945 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.141 Å²	0 Å²	0.014 Å²
2-	-	0.066 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.2→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2049	0	7	264	2320

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.029	0.019	2227
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	2071
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.506	1.951	3044
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.316	3	4813
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.717	5	283
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.648	24.952	105
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.801	15	372
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	25.2	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.215	0.2	318
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.015	0.021	2580
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	515
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.284	0.2	1428
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.185	0.2	4034
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.185	0.2	2082
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	2072
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	116
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.075	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.314	0.2	72
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.347	0.2	68
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.223	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.675	0.764	1084
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.642	0.759	1083
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.194	1.154	1371
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.229	1.157	1372
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.541	1.075	1143
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.541	1.075	1143
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.841	1.482	1669
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.84	1.482	1670
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.245	7.834	2714
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.221	7.319	2601
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	38.035	5	58
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	13.504	5	4431
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	6.224	3	4298

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.2-1.231	0.143	254	0.105	5027	5519	95.6876	0.099
1.231-1.265	0.134	265	0.096	4921	5382	96.3582	0.09
1.265-1.302	0.12	285	0.083	4796	5258	96.6337	0.079
1.302-1.342	0.124	276	0.081	4689	5119	96.9916	0.077
1.342-1.386	0.121	225	0.079	4580	4941	97.2475	0.077
1.386-1.434	0.122	233	0.081	4438	4788	97.5564	0.08
1.434-1.488	0.12	245	0.082	4267	4615	97.7681	0.081
1.488-1.549	0.108	220	0.078	4155	4460	98.0942	0.08
1.549-1.617	0.113	245	0.083	3946	4269	98.1729	0.086
1.617-1.696	0.125	184	0.087	3855	4109	98.2964	0.092
1.696-1.788	0.117	214	0.093	3640	3889	99.1	0.1
1.788-1.896	0.113	178	0.098	3490	3695	99.2693	0.109
1.896-2.026	0.133	168	0.108	3265	3467	99.0193	0.121
2.026-2.187	0.118	164	0.109	3076	3250	99.6923	0.125
2.187-2.395	0.115	153	0.11	2797	2963	99.5613	0.129
2.395-2.675	0.149	126	0.124	2580	2709	99.8893	0.15
2.675-3.085	0.141	105	0.136	2298	2404	99.9584	0.169
3.085-3.769	0.138	130	0.135	1911	2042	99.951	0.174
3.769-5.288	0.171	71	0.156	1510	1605	98.5047	0.213
5.288-30.002	0.213	51	0.256	866	932	98.3906	0.334

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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