PDB-6uzu: Carbonic Anhydrase IX-mimic In Complex WITH U-CH3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6uzu

タイトル

Carbonic Anhydrase IX-mimic In Complex WITH U-CH3

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

LYASE/LYASE INHIBITOR / CAIX inhibitors / pH regulation / cancer therapeutics / transmembrane / LYASE-LYASE INHIBITOR complex / LYASE

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase activity / cyanamide hydratase / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

McKenna, R. / Mboge, M.Y. / Mahon, B.P.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Eur J Med Chem / 年: 2017
タイトル: Structure activity study of carbonic anhydrase IX: Selective inhibition with ureido-substituted benzenesulfonamides.
著者: Mboge, M.Y. / Mahon, B.P. / Lamas, N. / Socorro, L. / Carta, F. / Supuran, C.T. / Frost, S.C. / McKenna, R.

履歴

登録	2019年11月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2020年10月21日	ID: 5JN1
改定 1.0	2020年10月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6uzu.cif.gz	126.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6uzu.ent.gz	95 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6uzu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6uzu_validation.pdf.gz	346 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6uzu_full_validation.pdf.gz	346 KB	表示
XML形式データ	6uzu_validation.xml.gz	1.7 KB	表示
CIF形式データ	6uzu_validation.cif.gz	5.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uz/6uzu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uz/6uzu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ks3S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2ax2-d 6e92-d 3hkt-d 1lg6-d 5yuj-d 5eij-d 3t85-d 6e8p-d 1zsb-d 1kwq-d 1rzb-d 5wex-d 1moo-d 5dso-d 3kon-d 3daz-d 4q7v-d 5wlu-d 5g0b-d 7k6x-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

29.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.152, 41.364, 71.933
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 103.830, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II 分子量: 28844.465 Da / 分子数: 1 / 変異: A65S, N67Q, E69T, I91L, F131V, K170E, L204A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-6LU / 4-{[(3,5-dimethylphenyl)carbamoyl]amino}benzene-1-sulfonamide 分子量: 319.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₇N₃O₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.75 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.6 M Na-Citrate, 50 mM Tris, pH 7.8

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CHESS

/ ビームライン: F1 / 波長: 0.98 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 65546 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 12.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.058 / R_pim(I) all: 0.023 / R_rim(I) all: 0.063 / Χ²: 0.963 / Net I/σ(I): 11.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.5-1.53	3.9	0.347	1555	0.871	0.197	0.401	0.807	80.3
1.53-1.55	4.2	0.293	1644	0.908	0.159	0.335	0.836	86.6
1.55-1.58	4.6	0.272	1755	0.94	0.14	0.308	0.823	90.9
1.58-1.62	5	0.245	1828	0.953	0.119	0.273	0.838	95
1.62-1.65	5.9	0.236	1902	0.963	0.104	0.258	0.869	98.8
1.65-1.69	6.9	0.231	1945	0.972	0.093	0.249	0.903	100
1.69-1.73	7.2	0.189	1935	0.984	0.074	0.203	0.887	100
1.73-1.78	7.4	0.159	1894	0.989	0.062	0.171	0.921	100
1.78-1.83	7.5	0.134	1941	0.992	0.052	0.144	0.973	100
1.83-1.89	7.5	0.112	1953	0.993	0.044	0.12	0.98	100
1.89-1.96	7.5	0.091	1920	0.995	0.035	0.098	0.976	100
1.96-2.04	7.5	0.077	1928	0.996	0.03	0.083	0.958	100
2.04-2.13	7.5	0.068	1948	0.997	0.026	0.073	0.965	100
2.13-2.24	7.5	0.059	1941	0.997	0.023	0.063	0.91	100
2.24-2.38	7.5	0.053	1926	0.998	0.021	0.057	0.898	100
2.38-2.56	7.5	0.049	1965	0.998	0.019	0.053	0.892	100
2.56-2.82	7.5	0.044	1938	0.998	0.017	0.047	0.845	100
2.82-3.23	7.5	0.039	1964	0.999	0.015	0.042	0.846	100
3.23-4.07	7.5	0.039	1960	0.998	0.015	0.042	0.968	100
4.07-50	7.2	0.046	2032	0.998	0.018	0.049	1.836	99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10pre_2097	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3KS3

3ks3

解像度: 1.5→29.094 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.12 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1842	3286	5.01 %
R_work	0.1611	62260	-
obs	0.1623	65546	86.75 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 78.17 Å² / B_iso mean: 17.3568 Å² / B_iso min: 5.66 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.5→29.094 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2042	0	31	185	2258
B_iso mean	-	-	18.89	26.27	-
残基数	-	-	-	-	257

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	2137
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.316	2902
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	301
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.013	375
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.567	2176

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.5001-1.5225	0.2	68	0.2036	1274	41
1.5225-1.5462	0.2306	76	0.1841	1433	46
1.5462-1.5716	0.1891	84	0.1733	1593	51
1.5716-1.5987	0.1528	94	0.1528	1771	57
1.5987-1.6278	0.1822	107	0.158	2003	65
1.6278-1.6591	0.1788	112	0.1516	2350	75
1.6591-1.6929	0.1672	139	0.1509	2564	82
1.6929-1.7297	0.184	159	0.1592	2790	89
1.7297-1.77	0.1977	149	0.1648	2911	94
1.77-1.8142	0.17	151	0.1689	3037	98
1.8142-1.8633	0.199	154	0.1602	3102	99
1.8633-1.9181	0.2108	195	0.1716	3122	100
1.9181-1.98	0.1756	151	0.17	3142	100
1.98-2.0507	0.2292	159	0.1586	3107	100
2.0507-2.1328	0.2158	174	0.1633	3107	100
2.1328-2.2299	0.2281	157	0.1659	3137	100
2.2299-2.3474	0.1852	165	0.1549	3119	100
2.3474-2.4944	0.1703	162	0.1643	3127	100
2.4944-2.6868	0.1891	166	0.1747	3109	100
2.6868-2.957	0.1941	167	0.1758	3166	100
2.957-3.3843	0.1717	166	0.1641	3060	100
3.3843-4.2617	0.1465	165	0.1409	3141	100
4.2617-29.094	0.1754	166	0.1538	3095	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -5.4423 Å / Origin y: 1.2776 Å / Origin z: 85.7238 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0671 Å²	0.0027 Å²	0.002 Å²	-	0.0677 Å²	-0.0028 Å²	-	-	0.067 Å²
L	0.4825 °²	-0.0191 °²	0.0728 °²	-	0.6076 °²	-0.0399 °²	-	-	0.4127 °²
S	-0.0002 Å °	-0.0396 Å °	0.0172 Å °	-0.0511 Å °	0.0067 Å °	-0.0015 Å °	-0.0062 Å °	0.0171 Å °	0.027 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	4 - 261
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	262
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	1 - 197
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	1
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	E	1 - 2

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)