PDB-6lv5: Ni- Carbonic Anhydrase II pH 7.8 0 atm CO2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6lv5

タイトル

Ni- Carbonic Anhydrase II pH 7.8 0 atm CO2

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

METAL BINDING PROTEIN/LYASE / metalloenzymes / carbonic anhydrase / enzyme mechanism / metal coordination geometry / proton transfer / biological water dynamics / METAL BINDING PROTEIN-LYASE complex

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Kim, C.U. / Kim, J.K.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Elucidating the role of metal ions in carbonic anhydrase catalysis.
著者: Kim, J.K. / Lee, C. / Lim, S.W. / Adhikari, A. / Andring, J.T. / McKenna, R. / Ghim, C.M. / Kim, C.U.

履歴

登録	2020年2月2日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年8月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年3月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6lv5.cif.gz	212.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6lv5.ent.gz	163.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6lv5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lv/6lv5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lv/6lv5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6luuC 6luvC 6luwC 6luxC 6luyC 6luzC 6lv1C 6lv2C 6lv3C 6lv4C 6lv6C 6lv7C 6lv8C 6lv9C 6lvaC 5yukS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6otm-d 6lva-d 4yx4-d 6gcy-d 3mnu-d 5wlv-d 5ehv-d 6b5a-d 1bcd-d 6ypw-d 6lv6-d 4dz9-d 3p44-d 3m5e-d 5dso-d 3p5l-d 4yxu-d 1cnw-d 4cq0-d 3m3x-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (2) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

29.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.399, 41.285, 71.917
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.027, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II 分子量: 29289.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 279 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.01 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 / 詳細: 1.3 M sodium citrate, 50 mM Tris-HCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2019年12月17日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.2→30 Å / Num. obs: 73023 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 7.5 % / CC_1/2: 0.989 / CC star: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.086 / R_pim(I) all: 0.034 / R_rim(I) all: 0.093 / Net I/σ(I): 20.7
反射シェル	解像度: 1.2→1.22 Å / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.331 / Mean I/σ(I) obs: 7.6 / Num. unique obs: 3517 / CC_1/2: 0.942 / CC star: 0.985 / R_pim(I) all: 0.131 / R_rim(I) all: 0.356 / % possible all: 93.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0124 2015/06/02	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
REFMAC	5.8.0124	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5YUK

5yuk

解像度: 1.2→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.978 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.973 / SU B: 0.828 / SU ML: 0.017 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.033 / ESU R Free: 0.033 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.141	3734	-
R_work	0.1163	-	-
all	0.118	-	-
obs	-	73007	96.568 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.725 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.027 Å²	0 Å²	-0.06 Å²
2-	-	-0.033 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.081 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.2→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2049	0	8	279	2336

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.032	0.019	2231
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	2075
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.6	1.952	3051
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.34	3	4825
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.575	5	285
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.555	25	106
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.469	15	374
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	25.794	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.198	0.2	319
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.015	0.021	2584
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	515
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.281	0.2	1484
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.204	0.2	4040
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.187	0.2	2074
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	2144
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.134	0.2	106
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.002	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.272	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.307	0.2	86
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.343	0.2	73
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.172	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.772	0.848	1083
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.708	0.842	1082
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.342	1.278	1369
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.37	1.282	1370
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.213	1.152	1148
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.213	1.152	1148
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.621	1.601	1676
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.62	1.602	1677
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.824	8.677	2741
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.175	8.019	2609
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	35.176	5	57
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	12.63	5	4455
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	6.715	3	4306

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.2-1.231	0.204	251	0.195	4940	5545	93.6159	0.175
1.231-1.265	0.2	261	0.152	4822	5384	94.4094	0.137
1.265-1.302	0.134	276	0.098	4736	5290	94.7448	0.091
1.302-1.342	0.142	270	0.093	4603	5121	95.1572	0.087
1.342-1.386	0.142	225	0.087	4524	4965	95.6495	0.082
1.386-1.434	0.13	227	0.084	4357	4771	96.0805	0.08
1.434-1.488	0.128	238	0.085	4233	4645	96.254	0.083
1.488-1.549	0.112	222	0.081	4079	4451	96.63	0.081
1.549-1.617	0.121	239	0.088	3888	4267	96.719	0.09
1.617-1.696	0.134	186	0.09	3824	4138	96.9067	0.094
1.696-1.788	0.131	204	0.095	3608	3893	97.9193	0.101
1.788-1.896	0.12	179	0.097	3451	3698	98.1612	0.105
1.896-2.026	0.12	161	0.1	3249	3485	97.8479	0.111
2.026-2.187	0.115	160	0.102	3038	3235	98.8563	0.118
2.187-2.395	0.116	151	0.106	2790	2981	98.6582	0.126
2.395-2.675	0.17	125	0.121	2560	2712	99.0044	0.147
2.675-3.085	0.131	104	0.132	2276	2393	99.4567	0.165
3.085-3.769	0.138	131	0.13	1920	2059	99.6115	0.169
3.769-5.288	0.185	72	0.161	1507	1605	98.3801	0.216
5.288-30.002	0.246	52	0.276	868	936	98.2906	0.363

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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