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- PDB-6luo: Structure of nurse shark beta-2-microglobulin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6luo
タイトルStructure of nurse shark beta-2-microglobulin
要素Beta-2-microglobulin
キーワードIMMUNE SYSTEM / nurse shark / monomer beta-2-microglobulin / MHC class I
機能・相同性
機能・相同性情報


antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Ginglymostoma cirratum (コモリザメ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.302 Å
データ登録者Xia, C. / Wu, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Basic Research Program of China (973 Program) 中国
引用ジャーナル: J Immunol. / 年: 2021
タイトル: The Structure of a Peptide-Loaded Shark MHC Class I Molecule Reveals Features of the Binding between beta 2 -Microglobulin and H Chain Conserved in Evolution.
著者: Wu, Y. / Zhang, N. / Wei, X. / Lu, S. / Li, S. / Hashimoto, K. / Dijkstra, J.M. / Xia, C.
履歴
登録2020年1月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-2-microglobulin
B: Beta-2-microglobulin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0792
ポリマ－22,0792
非ポリマー00
水2,288127
1
A: Beta-2-microglobulin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0391
ポリマ－11,0391
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Beta-2-microglobulin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0391
ポリマ－11,0391
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)88.230, 88.230, 67.146
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-127-

HOH

21A-142-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11039.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ginglymostoma cirratum (コモリザメ)
遺伝子: B2M, b2m / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F4ZE04
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 2%(v/v) polyethylene glycol 400, 2.0 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年9月16日
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 12880 / % possible obs: 93.92 % / 冗長度: 11.9 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 33.7
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 12.2 % / Rmerge(I) obs: 0.203 / Mean I/σ(I) obs: 14.6 / Num. unique obs: 949 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KJV

1kjv


解像度: 2.302→33.228 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU ML: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.21 / ESU R Free: 0.238 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2695 639 4.961 %
Rwork0.2376 --
all0.239 --
obs-12880 93.919 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 42.496 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.37 Å20.185 Å20 Å2
2--0.37 Å2-0 Å2
3----1.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.302→33.228 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1528 0 0 127 1655
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.302-2.362500.325949X-RAY DIFFRACTION99.7006
2.362-2.4260.406500.291923X-RAY DIFFRACTION100
2.426-2.4970.27445879X-RAY DIFFRACTION100
2.497-2.5730.319440.291887X-RAY DIFFRACTION100
2.573-2.6580.27748839X-RAY DIFFRACTION100
2.658-2.7510.279420.277832X-RAY DIFFRACTION100
2.751-2.8550.26450786X-RAY DIFFRACTION100
2.855-2.9710.346380.242770X-RAY DIFFRACTION100
2.971-3.1030.293400.234725X-RAY DIFFRACTION99.8695
3.103-3.2540.242420.229703X-RAY DIFFRACTION99.5989
3.254-3.430.312290.218663X-RAY DIFFRACTION99.5683
3.43-3.6370.228260.209559X-RAY DIFFRACTION86.0294
3.637-3.8880.2277259X-RAY DIFFRACTION42.492
3.888-4.1980.204210.197368X-RAY DIFFRACTION65.2685
4.198-4.5980.278280.177487X-RAY DIFFRACTION93.4664
4.598-5.1380.13524444X-RAY DIFFRACTION93.9759
5.138-5.9280.221200.21421X-RAY DIFFRACTION99.3243
5.928-7.250.43140.258366X-RAY DIFFRACTION99.2167

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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