PDB-5l2h: Crystal Structure of W26A mutant of anti-EGFR Centyrin P54AR4-83v2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5l2h

タイトル

Crystal Structure of W26A mutant of anti-EGFR Centyrin P54AR4-83v2

要素

Centyrin

キーワード

DE NOVO PROTEIN / scaffold protein / fibronectin type III / beta sandwich

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8013 Å

データ登録者

Cardoso, R.M.F. / Goldberg, S.D. / O Neil, K.T. / Gilliland, G.L.

引用

ジャーナル: Protein Eng. Des. Sel. / 年: 2016
タイトル: Engineering a targeted delivery platform using Centyrins.
著者: Goldberg, S.D. / Cardoso, R.M. / Lin, T. / Spinka-Doms, T. / Klein, D. / Jacobs, S.A. / Dudkin, V. / Gilliland, G. / O'Neil, K.T.

履歴

登録	2016年8月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年11月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年12月14日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.3	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5l2h.cif.gz	171.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5l2h.ent.gz	137.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5l2h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5l2h_validation.pdf.gz	443.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5l2h_full_validation.pdf.gz	444.1 KB	表示
XML形式データ	5l2h_validation.xml.gz	19.7 KB	表示
CIF形式データ	5l2h_validation.cif.gz	28.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l2/5l2h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l2/5l2h	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	4lpt-3 6qfj-1 3m17-2 3pxm-1 1ttg-d 5c85-d 3vux-1 3m1b-2 2i24-d 2a04-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Centyrin

B: Centyrin

C: Centyrin

D: Centyrin

ヘテロ分子

46.1 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Centyrin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
11.6 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Centyrin

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
11.5 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Centyrin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
11.6 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Centyrin

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
11.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	59.350, 61.709, 59.515
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.410, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

Monomer confirmed by gel filtration

#1: タンパク質	Centyrin 分子量: 11470.756 Da / 分子数: 4 / 断片: Fibronectin type III domain variant / 変異: W26A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pJexpress401 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 GOLD cells
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 359 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.35 % / Mosaicity: 0.37 °
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 25% PEG 3 kDa, 1 M sodium acetate, 0.1 M Tris pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 38977 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 23.65 Å² / R_merge(I) obs: 0.039 / R_pim(I) all: 0.025 / R_rim(I) all: 0.046 / Χ²: 0.931 / Net I/av σ(I): 25.4 / Net I/σ(I): 12.1 / Num. measured all: 127861
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.186 / CC_1/2: 0.953 / % possible all: 99.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ削減
PHASER	2.1.4	位相決定
PHENIX	1.10_2155	精密化
Coot		モデル構築
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8013→32.381 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 21.54

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1993	1955	5.02 %
R_work	0.1644	-	-
obs	0.1663	38952	99.27 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 82.91 Å² / B_iso mean: 33.4226 Å² / B_iso min: 13.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.8013→32.381 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2925	0	12	359	3296
B_iso mean	-	-	50.15	43.58	-
残基数	-	-	-	-	388

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	3053
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.007	4187
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	491
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	534
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.439	1821

LS精密化シェル

解像度: 1.8013→1.8463 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2346	136	-
R_work	0.2038	2561	-
obs	-	-	98 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.1901	-0.0206	-6.2195	2.5603	-1.3088	2.0712	-0.1848	-0.3892	-0.5319	0.1308	-0.1763	-0.0576	0.6721	-0.6264	0.314	0.1828	-0.0701	0.0076	0.186	0.0255	0.1787	4.0843	-13.1365	52.7006
2	2.201	-1.223	-5.4812	6.7648	2.1577	7.4237	0.1877	0.8211	0.9734	-0.3875	0.1265	-0.3734	-0.0686	0.7349	-0.3162	0.1519	0.0302	-0.0003	0.3891	0.0327	0.212	16.7175	-8.973	37.8905
3	5.6341	-3.6448	-5.323	4.3402	3.8644	2.1041	-0.1625	0.311	-0.0632	-0.0405	-0.128	0.3073	-0.4329	-1.186	0.2792	0.2142	0.034	0.031	0.2665	0.0175	0.2526	2.9642	-5.2842	52.5669
4	2.5611	-5.9017	-6.4368	7.7665	4.8558	10.0978	-0.6007	-0.6014	0.0787	0.6419	0.5997	-0.482	0.643	0.9527	-0.1589	0.1639	0.0614	-0.0275	0.2006	-0.0342	0.24	18.0544	-10.1592	51.6507
5	5.4216	-3.4404	0.5652	7.2344	1.9908	1.1479	0.1308	0.0405	-1.6225	0.5812	0.2039	-0.5102	1.823	1.1563	-0.3662	0.6174	0.2475	-0.0977	0.5524	0.0228	0.6909	27.0379	-18.3161	51.608
6	1.969	1.9037	3.2561	1.9669	0.513	4.9657	-0.2933	-0.2885	0.3749	0.2567	0.0776	-0.5412	0.054	0.5489	0.0572	0.1806	0.0297	0.0253	0.211	0.0164	0.2344	17.4092	-3.8978	52.8044
7	2.1779	-5.5251	-5.4374	6.4852	3.222	7.5399	-0.0263	0.297	0.8995	0.1908	0.1869	-0.581	-0.3019	0.1314	-0.2833	0.1701	-0.0161	-0.0187	0.1939	0.0011	0.2286	13.1506	-2.5851	45.7478
8	6.4604	-4.0471	-3.6354	8.3357	3.7562	7.8964	-0.4795	0.3353	-0.1466	-0.2404	0.5508	-1.4577	0.6109	1.2381	-0.2204	0.264	0.1388	0.0538	0.5953	-0.1041	0.3939	27.144	-13.1893	39.9511
9	7.5803	-4.0506	-5.8762	4.501	3.0931	3.8197	-0.0721	-0.1269	-0.2811	0.0759	0.1234	0.0384	0.127	0.4575	-0.1717	0.2023	0.0964	-0.0132	0.1732	0.0054	0.1911	12.4965	-9.9849	56.0952
10	6.7263	-2.8804	-4.8883	4.1729	3.3105	3.0446	-0.1126	-0.0396	-0.0064	0.1798	0.2393	-0.1442	0.3823	0.4549	-0.1781	0.1998	0.0549	-0.0331	0.1488	0.0216	0.1933	13.5274	-11.8476	53.5744
11	7.8363	-0.2032	-9.2147	6.1771	0.221	2.1713	0.4753	0.2064	0.6706	-0.3186	0.0316	-0.4665	-0.6541	0.2203	-0.4991	0.2508	-0.0189	-0.014	0.2993	-0.0369	0.3516	12.3421	-6.7889	24.2577
12	8.6929	6.7631	-5.8872	2.3236	-6.8535	9.2526	0.3199	-0.1574	0.2574	0.8412	0.1189	0.7208	-0.3171	-0.7624	-0.6151	0.2975	0.0046	0.0502	0.3179	0.0076	0.2885	-2.1282	-15.066	39.0354
13	5.6287	0.1408	-0.4494	6.484	-2.3499	7.1456	0.0561	0.1261	0.4463	-0.0335	-0.1699	-0.0204	-0.4015	-0.0266	0.0999	0.196	-0.0209	-0.0358	0.1686	-0.032	0.1867	4.8823	-10.6797	25.0321
14	2.6326	2.5164	-0.8434	3.5902	0.3611	4.5911	0.0727	0.0728	-0.2596	0.0424	-0.1359	-0.0281	0.5324	-0.2352	-0.0787	0.2414	-0.016	-0.0403	0.2319	-0.0516	0.2375	1.6386	-18.5794	29.5177
15	4.0786	1.2947	-4.9097	3.8537	-4.4953	9.2395	0.3289	0.2509	0.3668	0.1675	0.0421	0.0168	-0.3333	-0.0056	-0.2897	0.1638	-0.001	-0.0196	0.1357	-0.0296	0.1978	8.4253	-13.7913	22.1273
16	3.5348	0.3707	-0.6523	2.5692	-1.6844	9.0533	0.0103	0.2356	0.0785	-0.0633	-0.0417	-0.0964	0.3208	0.3583	-0.0367	0.1434	0.0202	0.0076	0.0787	-0.0341	0.1734	8.8226	-14.9693	25.8985
17	2.0585	-0.9418	-1.5509	2.9049	-0.6633	7.2252	0.1287	-1.092	0.7289	-0.153	-0.0955	0.2954	-0.351	-0.5094	-0.021	0.1731	0.051	-0.0059	0.1848	-0.0796	0.2168	-2.3454	11.479	44.9552
18	8.8373	1.2408	1.9498	9.6304	1.2611	2.0539	-0.488	0.5594	0.0537	-0.3919	0.3761	-0.6964	0.8802	1.5128	0.1709	0.2234	0.029	0.0331	0.4225	0.0475	0.2012	16.2829	7.9356	33.7501
19	7.0625	3.4713	-2.142	1.8832	-1.9707	5.1023	0.0999	-0.7934	-0.4445	0.1857	-0.1169	-0.0482	0.0515	0.1843	-0.0152	0.2082	0.0121	0.011	0.1937	0.0357	0.1949	1.0038	4.2804	43.886
20	2.6638	5.0327	-6.6994	8.4159	-8.4109	2.8313	0.0495	0.8682	0.6813	-0.3466	0.5792	0.7949	-0.0996	-0.3529	-0.5388	0.2988	-0.07	-0.0072	0.3011	0.1091	0.2537	1.209	8.5115	31.3803
21	1.6703	2.7843	0.3992	6.0951	-1.5425	2.7359	-1.0302	1.9161	2.2764	-1.5177	0.613	0.6509	-0.8516	0.7071	0.5	0.6263	-0.0503	-0.1131	0.6034	0.2772	0.6926	2.7184	16.5031	22.426
22	4.5021	6.3985	-5.9654	1.9243	1.7729	1.9103	0.1008	0.5208	-0.2	-0.5486	0.067	0.0972	0.5437	-0.0944	0.1374	0.2698	0.0112	0.0177	0.2023	0.0297	0.228	-0.0476	2.2584	31.8265
23	2.1614	9.2805	-1.5561	6.7601	-1.6473	8.4776	-0.0335	-0.0749	-0.3527	-0.2711	0.0241	-0.1973	0.6767	0.4962	0.0495	0.2055	0.0634	0.0265	0.2059	0.0371	0.2547	5.697	0.7366	38.4364
24	2.101	3.7558	-5.3908	7.4878	1.754	5.5102	-0.0807	1.2334	0.3902	-0.8579	0.463	-0.7286	-0.0156	1.1231	-0.1752	0.3223	-0.1	0.0283	0.5327	0.1228	0.2716	13.8331	10.175	25.0666
25	6.0146	1.9621	-3.49	3.1777	-2.1097	5.5241	0.0031	-0.1081	0.2382	-0.1147	-0.0725	0.1932	-0.1839	0.2951	-0.0098	0.2105	-0.0035	0.002	0.0953	0.0496	0.2045	-3.9538	8.3315	36.1332
26	2.1412	1.9501	-9.2332	2.0915	-8.7954	6.4043	-0.4493	0.763	-0.4058	-1.443	0.0295	0.4432	0.6462	-0.404	0.2979	0.3634	0.0042	-0.0556	0.3229	-0.0354	0.3467	-14.8027	3.6901	36.1783
27	6.615	3.1382	-6.028	5.0792	-1.2355	8.6016	0.1668	-0.335	0.8568	0.0461	0.1578	-0.188	-0.5172	0.8732	-0.2762	0.2233	-0.0563	-0.0198	0.2165	0.0685	0.2491	6.9629	14.3512	35.0779
28	3.2054	-2.1036	-4.9518	5.0926	0.9482	8.7606	-0.5905	-0.8023	-0.4375	0.1246	0.3271	0.3564	0.6547	0.335	0.3408	0.1944	-0.0336	-0.0842	0.1894	-0.0718	0.183	17.9927	9.4131	48.0365
29	5.7513	0.041	1.1844	7.8871	-0.747	5.6426	0.1383	-0.2348	-0.1406	0.0902	-0.1487	-0.1142	0.1291	0.0018	0.0245	0.1793	-0.0355	-0.0282	0.2162	-0.0202	0.1722	24.0131	11.4801	50.5204
30	6.9772	-2.4112	-2.3475	2.4725	0.5186	2.8351	-0.2792	-0.0994	-0.0501	0.1007	0.0073	0.1592	0.0844	0.1423	0.2459	0.2058	-0.0299	-0.0363	0.1201	-0.0202	0.1604	23.6684	14.9909	47.9001
31	2.5209	-2.2245	1.3631	3.1012	-0.2492	4.1059	-0.2181	0.3301	0.366	0.0172	0.015	-0.0365	0.0371	0.4473	0.2181	0.1882	-0.0273	0.0028	0.1348	-0.0187	0.1564	25.5333	13.3423	45.4291

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 8 )	A	1 - 8
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 9 through 21 )	A	9 - 21
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 22 through 30 )	A	22 - 30
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 31 through 38 )	A	31 - 38
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 39 through 45 )	A	39 - 45
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 46 through 51 )	A	46 - 51
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 52 through 60 )	A	52 - 60
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 61 through 66 )	A	61 - 66
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 67 through 79 )	A	67 - 79
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 80 through 97 )	A	80 - 97
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 1 through 8 )	B	1 - 8
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 9 through 17 )	B	9 - 17
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 18 through 38 )	B	18 - 38
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 39 through 66 )	B	39 - 66
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 67 through 79 )	B	67 - 79
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 80 through 98 )	B	80 - 98
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 1 through 8 )	C	1 - 8
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 9 through 17 )	C	9 - 17
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 18 through 30 )	C	18 - 30
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 31 through 38 )	C	31 - 38
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 39 through 45 )	C	39 - 45
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 46 through 51 )	C	46 - 51
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 52 through 59 )	C	52 - 59
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 60 through 66 )	C	60 - 66
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'C' and (resid 67 through 79 )	C	67 - 79
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'C' and (resid 80 through 85 )	C	80 - 85
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'C' and (resid 86 through 97 )	C	86 - 97
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 1 through 17 )	D	1 - 17
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 18 through 59 )	D	18 - 59
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 60 through 79 )	D	60 - 79
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 80 through 98 )	D	80 - 98

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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