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万見
- PDB-6lsa: Complex structure of bovine herpesvirus 1 glycoprotein D and bovi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lsa
タイトルComplex structure of bovine herpesvirus 1 glycoprotein D and bovine nectin-1 IgV
要素
  • Envelope glycoprotein D
  • Nectin cell adhesion molecule 1
キーワードVIRAL PROTEIN / complex structure
機能・相同性
機能・相同性情報


: / desmosome organization / protein localization to cell junction / lens morphogenesis in camera-type eye / enamel mineralization / cell-cell contact zone / apical junction complex / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / regulation of synapse assembly / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules ...: / desmosome organization / protein localization to cell junction / lens morphogenesis in camera-type eye / enamel mineralization / cell-cell contact zone / apical junction complex / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / regulation of synapse assembly / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / cell adhesion molecule binding / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / adherens junction / retina development in camera-type eye / signaling receptor activity / iron ion transport / membrane => GO:0016020 / viral envelope / virion attachment to host cell / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Nectin-1 / Nectin-1, first immunoglobulin (Ig) domain / Nectin-1, second immunoglobulin (Ig) domain / Herpesvirus glycoprotein D/GG/GX domain / Herpesvirus glycoprotein D/GG/GX domain / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type ...Nectin-1 / Nectin-1, first immunoglobulin (Ig) domain / Nectin-1, second immunoglobulin (Ig) domain / Herpesvirus glycoprotein D/GG/GX domain / Herpesvirus glycoprotein D/GG/GX domain / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Nectin cell adhesion molecule 1 / Envelope glycoprotein D
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
Bovine alphaherpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.204 Å
データ登録者Yue, D. / Chen, Z.J. / Yang, F.L. / Ye, F. / Lin, S. / Cheng, Y.W. / Wang, J.C. / Chen, Z.M. / Lin, X. / Yang, J. ...Yue, D. / Chen, Z.J. / Yang, F.L. / Ye, F. / Lin, S. / Cheng, Y.W. / Wang, J.C. / Chen, Z.M. / Lin, X. / Yang, J. / Chen, H. / Zhang, Z.L. / You, Y. / Sun, H.L. / Wen, A. / Wang, L.L. / Zheng, Y. / Cao, Y. / Li, Y.H. / Lu, G.W.
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of bovine herpesvirus 1 glycoprotein D bound to nectin-1 reveals the basis for its low-affinity binding to the receptor.
著者: Yue, D. / Chen, Z. / Yang, F. / Ye, F. / Lin, S. / He, B. / Cheng, Y. / Wang, J. / Chen, Z. / Lin, X. / Yang, J. / Chen, H. / Zhang, Z. / You, Y. / Sun, H. / Wen, A. / Wang, L. / Zheng, Y. / ...著者: Yue, D. / Chen, Z. / Yang, F. / Ye, F. / Lin, S. / He, B. / Cheng, Y. / Wang, J. / Chen, Z. / Lin, X. / Yang, J. / Chen, H. / Zhang, Z. / You, Y. / Sun, H. / Wen, A. / Wang, L. / Zheng, Y. / Cao, Y. / Li, Y. / Lu, G.
履歴
登録2020年1月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nectin cell adhesion molecule 1
F: Envelope glycoprotein D
B: Nectin cell adhesion molecule 1
C: Envelope glycoprotein D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,8127
ポリマ－93,9454
非ポリマー8673
水3,585199
1
A: Nectin cell adhesion molecule 1
F: Envelope glycoprotein D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1943
ポリマ－46,9722
非ポリマー2211
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Nectin cell adhesion molecule 1
C: Envelope glycoprotein D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6184
ポリマ－46,9722
非ポリマー6462
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)180.871, 64.234, 102.931
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.780, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11F-1159-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Nectin cell adhesion molecule 1


分子量: 12100.761 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: NECTIN1
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: F1MQJ3
#2: タンパク質 Envelope glycoprotein D / Glycoprotein D


分子量: 34871.633 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bovine alphaherpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
遺伝子: US6, gD, AAADCAAH_00066, BLEONNCJ_00068, BLPDLEPH_00067, DCJDKEDG_00068, DILPLKIK_00066, DJCKHMNK_00067, HMKIDIGP_00066, LALCDEHK_00068, NBBNDGNH_00066, NCKHNGOI_00066, NFOBEAPH_00067, ...遺伝子: US6, gD, AAADCAAH_00066, BLEONNCJ_00068, BLPDLEPH_00067, DCJDKEDG_00068, DILPLKIK_00066, DJCKHMNK_00067, HMKIDIGP_00066, LALCDEHK_00068, NBBNDGNH_00066, NCKHNGOI_00066, NFOBEAPH_00067, OCMKPLLD_00067, OHMFJBFK_00067
発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q76PF1
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.33 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M Sodium HEPES, 15% w/v Polyethylene glycol 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97892 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97892 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 58498 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 23.9
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / Rmerge(I) obs: 0.783 / Num. unique obs: 5751

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.16-3549精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5X5W

5x5w


解像度: 2.204→45.196 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.38
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2362 2905 4.97 %
Rwork0.1995 --
obs0.2013 58439 97.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 163.66 Å2 / Biso mean: 61.8638 Å2 / Biso min: 27.92 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.204→45.196 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5680 0 56 199 5935
Biso mean--84.92 56.42 -
残基数----706
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0115932
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3378098
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067844
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071045
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.9853498
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.2041-2.24020.3051310.3143235188
2.2402-2.27880.29731490.2865258097
2.2788-2.32030.32991370.2826263698
2.3203-2.36490.24971200.2501268399
2.3649-2.41320.30731260.2579264699
2.4132-2.46560.3081360.2609267298
2.4656-2.5230.30021410.2456247392
2.523-2.58610.29241500.2435267599
2.5861-2.6560.24581380.21912685100
2.656-2.73410.27021280.2185265299
2.7341-2.82240.24841470.2302269799
2.8224-2.92320.27561460.2291267199
2.9232-3.04020.26611430.22642695100
3.0402-3.17860.23581230.2213269099
3.1786-3.34610.26141620.2111246193
3.3461-3.55570.26121300.20852764100
3.5557-3.83010.22471110.18962726100
3.8301-4.21520.23641380.17612720100
4.2152-4.82460.18831400.1482260595
4.8246-6.07620.19151370.16612757100
6.0762-45.1960.20561720.1872269596
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -41.252 Å / Origin y: -31.543 Å / Origin z: 30.269 Å
111213212223313233
T0.3597 Å20.0356 Å2-0.0048 Å2-0.323 Å20.008 Å2--0.3152 Å2
L1.0206 °2-0.1371 °2-0.0662 °2-0.2 °20.0862 °2--0.3809 °2
S0.0617 Å °0.2382 Å °0.0209 Å °-0.0121 Å °-0.0694 Å °0.0291 Å °0.0124 Å °0.0164 Å °0 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 109
2X-RAY DIFFRACTION1allA201 - 212
3X-RAY DIFFRACTION1allC6 - 249
4X-RAY DIFFRACTION1allC1001 - 1003
5X-RAY DIFFRACTION1allC1101 - 1179
6X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 109
7X-RAY DIFFRACTION1allB201 - 209
8X-RAY DIFFRACTION1allF1101 - 1198
9X-RAY DIFFRACTION1allF6 - 249
10X-RAY DIFFRACTION1allF1001

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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