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万見
- PDB-6ls9: Crystal structure of bovine herpesvirus 1 glycoprotein D -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ls9
タイトルCrystal structure of bovine herpesvirus 1 glycoprotein D
要素Envelope glycoprotein D
キーワードVIRAL PROTEIN / receptor recognition
機能・相同性
機能・相同性情報


viral envelope / membrane
類似検索 - 分子機能
Glycoprotein D; Chain: A; / Glycoprotein D; Chain: A; - #10 / Herpesvirus glycoprotein D/GG/GX domain / Herpesvirus glycoprotein D/GG/GX domain / Distorted Sandwich / Immunoglobulin-like domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
triacetyl-beta-chitotriose / Glycoprotein D
類似検索 - 構成要素
生物種Bovine alphaherpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.503 Å
データ登録者Yue, D. / Chen, Z.J. / Yang, F.L. / Ye, F. / Lin, S. / Cheng, Y.W. / Wang, J.C. / Chen, Z.M. / Lin, X. / Yang, J. ...Yue, D. / Chen, Z.J. / Yang, F.L. / Ye, F. / Lin, S. / Cheng, Y.W. / Wang, J.C. / Chen, Z.M. / Lin, X. / Yang, J. / Chen, H. / Zhang, Z.L. / You, Y. / Sun, H.L. / Wen, A. / Wang, L.L. / Zheng, Y. / Cao, Y. / Li, Y.H. / Lu, G.W.
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of bovine herpesvirus 1 glycoprotein D bound to nectin-1 reveals the basis for its low-affinity binding to the receptor.
著者: Yue, D. / Chen, Z. / Yang, F. / Ye, F. / Lin, S. / He, B. / Cheng, Y. / Wang, J. / Chen, Z. / Lin, X. / Yang, J. / Chen, H. / Zhang, Z. / You, Y. / Sun, H. / Wen, A. / Wang, L. / Zheng, Y. / ...著者: Yue, D. / Chen, Z. / Yang, F. / Ye, F. / Lin, S. / He, B. / Cheng, Y. / Wang, J. / Chen, Z. / Lin, X. / Yang, J. / Chen, H. / Zhang, Z. / You, Y. / Sun, H. / Wen, A. / Wang, L. / Zheng, Y. / Cao, Y. / Li, Y. / Lu, G.
履歴
登録2020年1月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envelope glycoprotein D
B: Envelope glycoprotein D
C: Envelope glycoprotein D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,9067
ポリマ－104,6153
非ポリマー1,2914
水1,24369
1
A: Envelope glycoprotein D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7203
ポリマ－34,8721
非ポリマー8492
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Envelope glycoprotein D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0932
ポリマ－34,8721
非ポリマー2211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Envelope glycoprotein D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0932
ポリマ－34,8721
非ポリマー2211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)116.272, 104.392, 98.772
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.500, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Envelope glycoprotein D / Glycoprotein D


分子量: 34871.633 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bovine alphaherpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
遺伝子: US6, gD, AAADCAAH_00066, BLEONNCJ_00068, BLPDLEPH_00067, DCJDKEDG_00068, DILPLKIK_00066, DJCKHMNK_00067, HMKIDIGP_00066, LALCDEHK_00068, NBBNDGNH_00066, NCKHNGOI_00066, NFOBEAPH_00067, ...遺伝子: US6, gD, AAADCAAH_00066, BLEONNCJ_00068, BLPDLEPH_00067, DCJDKEDG_00068, DILPLKIK_00066, DJCKHMNK_00067, HMKIDIGP_00066, LALCDEHK_00068, NBBNDGNH_00066, NCKHNGOI_00066, NFOBEAPH_00067, OCMKPLLD_00067, OHMFJBFK_00067
発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q76PF1
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / triacetyl-beta-chitotriose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 627.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: triacetyl-beta-chitotriose
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1-1/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.53 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2M Ammonium acetate, 0.1M Tris-HCl, 16% w/v Polyethylene glycol 10000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 1.03645 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03645 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 37572 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 21.111
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.573 / Num. unique obs: 3702

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACTデータ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5X5V

5x5v


解像度: 2.503→37.433 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2433 1848 4.92 %
Rwork0.2053 35717 -
obs0.2072 37565 99.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 120.84 Å2 / Biso mean: 37.4004 Å2 / Biso min: 12.62 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.503→37.433 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5883 0 84 69 6036
Biso mean--65.62 31.66 -
残基数----721
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0126198
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2058477
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08859
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081085
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.9293617
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.503-2.57040.38351330.2932268597
2.5704-2.6460.31621490.28052698100
2.646-2.73140.30871320.27182761100
2.7314-2.8290.31881230.25452767100
2.829-2.94220.30121440.24652718100
2.9422-3.07610.2521330.25032764100
3.0761-3.23820.3021450.24042762100
3.2382-3.44090.27771380.22882742100
3.4409-3.70640.24841720.20122730100
3.7064-4.0790.23221360.19042744100
4.079-4.66820.17381490.15062762100
4.6682-5.87780.20831390.1582778100
5.8778-37.4330.21191550.19692806100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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