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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ls2 | ||||||
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タイトル | Marsupenaeus japonicus ferritin mutant (T158H) pH 4.0 | ||||||
![]() | Ferritin | ||||||
![]() | METAL BINDING PROTEIN / ferroxidase / iron | ||||||
機能・相同性 | ![]() ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhao, G. / Tan, X. / Zhang, T. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Converting histidine-induced 3D protein arrays in crystals into their 3D analogues in solution by metal coordination cross-linking. 著者: Tan, X. / Chen, H. / Gu, C. / Zhang, J. / Zhang, T. / Wang, H. / Zhao, G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 85.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 64.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 431.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 433.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 12||||||||
単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19527.873 Da / 分子数: 2 / 変異: T158H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.41 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 2M NaCl, 100 mM KH2PO3/NaHPO3 pH 4.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 273.15 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月24日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9785 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 71219 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.1 % / Rmerge(I) obs: 0.127 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.13 / Χ2: 0.755 / Net I/σ(I): 3.6 / Num. measured all: 1357878 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6A4U 解像度: 1.6→23.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 1.198 / SU ML: 0.041 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.064 / ESU R Free: 0.065 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 72.83 Å2 / Biso mean: 19.296 Å2 / Biso min: 10.22 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.6→23.5 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.641 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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