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万見
- PDB-6lr2: SOLUTION STRUCTURE OF THE YTH DOMAIN IN YTH DOMAIN-2 CONTAINING P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lr2
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF THE YTH DOMAIN IN YTH DOMAIN-2 CONTAINING PROTEIN 2
要素YTH domain containing protein 2 (YTHDC2)
キーワードRNA BINDING PROTEIN / MEIOSIS RELATED PROTEIN / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


germline cell cycle switching, mitotic to meiotic cell cycle / ribonucleoprotein granule / host-mediated activation of viral genome replication / 3'-5' RNA helicase activity / N6-methyladenosine-containing RNA reader activity / oocyte development / ATP-dependent activity, acting on RNA / RNA polymerase binding / response to tumor necrosis factor / spermatid development ...germline cell cycle switching, mitotic to meiotic cell cycle / ribonucleoprotein granule / host-mediated activation of viral genome replication / 3'-5' RNA helicase activity / N6-methyladenosine-containing RNA reader activity / oocyte development / ATP-dependent activity, acting on RNA / RNA polymerase binding / response to tumor necrosis factor / spermatid development / response to interleukin-1 / meiotic cell cycle / helicase activity / RNA helicase / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / ATP hydrolysis activity / RNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
DExH-box ATP-dependent RNA helicase, R3H domain / Putative single-stranded nucleic acids-binding domain / R3H domain / R3H domain / R3H domain superfamily / R3H domain profile. / YTH domain / YT521-B-like domain / YTH domain profile. / : ...DExH-box ATP-dependent RNA helicase, R3H domain / Putative single-stranded nucleic acids-binding domain / R3H domain / R3H domain / R3H domain superfamily / R3H domain profile. / YTH domain / YT521-B-like domain / YTH domain profile. / : / Helicase associated domain (HA2), ratchet-like / DEAD-box helicase, OB fold / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold / Helicase associated domain (HA2), winged-helix / Helicase-associated domain / Helicase associated domain (HA2) Add an annotation / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / Ankyrin repeat / Helicase conserved C-terminal domain / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
cDNA FLJ16598 fis, clone TESTI4006473, weakly similar to ATP-dependent RNA helicase A / 3'-5' RNA helicase YTHDC2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Muto, Y. / Kobayashi, N. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: SOLUTION STRUCTURE OF THE YTH DOMAIN IN YTH DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2
著者: Endo, R. / He, F. / Inoue, M. / Muto, Y. / Kigawa, T. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S.
履歴
登録2020年1月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YTH domain containing protein 2 (YTHDC2)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1381
ポリマ－16,1381
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area7660 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with favorable non-bond energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 YTH domain containing protein 2 (YTHDC2)


分子量: 16138.065 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: P060508-16
発現宿主: Cell-free gateway cloning vector N-term 8xHis eGFP pCellFree_G03 (その他)
参照: UniProt: Q6ZMY0, UniProt: Q9H6S0*PLUS
配列の詳細Authors state that 6L2R has a mutation, L129Q based rs1132529 in dbSNP database.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験Sample state: isotropic / タイプ: 3D 13C,15N-SEPARATED NOESY SPECTRA

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 1.0 mg/mL [U-99% 13C; U-99% 15N] helicase, 90% H2O/10% D2O
詳細: 1mM D-DTT;0.02% NaN3 were used to keep the protein condition
Label: 13C, 15N_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 1.0 mg/mL / 構成要素: helicase / Isotopic labeling: [U-99% 13C; U-99% 15N]
試料状態詳細: 20mM D-Tris-HCL (PH7.0); 100mM NaCl; 1mM D-DTT;0.02% NaN3
イオン強度: 100 mM / Label: condition_1 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Amber12Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
CYANA2.0.17Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
KUJIRA0.982N. Kobayashi, T. Kigawa, S. Yokoyamachemical shift assignment
NMRView5.0.4Johnson, One Moon Scientificpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: the structures are based on 3191 NOE-derived distance contrrains, 71 main chain dihedral angle constraints based on TALOS program and 51 side chain dihedral constraints based on NOE pattern.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with favorable non-bond energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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