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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6lql | ||||||
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タイトル | Complex structure of CHAO with product from Erythrobacteraceae bacterium | ||||||
![]() | Amine oxidase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Cyclohexylamine Oxidase | ||||||
機能・相同性 | ![]() Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor, domain 1 / Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor; domain 1 / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 - #10 / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Huang, Z.D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Asymmetric Synthesis of a Key Dextromethorphan Intermediate and Its Analogues Enabled by a New Cyclohexylamine Oxidase: Enzyme Discovery, Reaction Development, and Mechanistic Insight. 著者: Wu, X. / Huang, Z. / Wang, Z. / Li, Z. / Wang, J. / Lin, J. / Chen, F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 146.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 90 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1002.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1008.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 24.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 38.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48990.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: CCH12-C2 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-FAD / |
#3: 化合物 | ChemComp-F0C / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
配列の詳細 | WP_067401762.1 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.58 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0 % PEG 8000,100 mM Potassium phosphate monobasic/ Sodium phosphate dibasic pH 6.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 58605 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 25.9 % / Biso Wilson estimate: 24.18 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.028 / Net I/σ(I): 35 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.83 Å / Rmerge(I) obs: 0.686 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique obs: 2866 / Rpim(I) all: 0.179 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4I59 解像度: 1.8→24.03 Å / SU ML: 0.1892 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.9225 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.64 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→24.03 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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