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- PDB-6lpy: Crystal Structure of E447A Acyl-CoA Dehydrogenase FadE5 mutant fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lpy
タイトルCrystal Structure of E447A Acyl-CoA Dehydrogenase FadE5 mutant from Mycobacteria smegmatis in complex with C4CoA
要素Acyl-CoA dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


long-chain acyl-CoA dehydrogenase / : / medium-chain acyl-CoA dehydrogenase / short-chain acyl-CoA dehydrogenase / long-chain fatty acyl-CoA dehydrogenase activity / medium-chain fatty acyl-CoA dehydrogenase activity / short-chain fatty acyl-CoA dehydrogenase activity / fatty acid metabolic process / flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Acyl-CoA dehydrogenase, N-terminal, bacteria / Acyl-CoA dehydrogenase N terminal / Acetyl-CoA dehydrogenase-like C-terminal domain / Acetyl-CoA dehydrogenase C-terminal like / : / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase C-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain / Acyl-CoA dehydrogenase, middle domain / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal and middle domain superfamily / Acyl-CoA dehydrogenase-like, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
butanoic acid / COENZYME A / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Acyl-CoA dehydrogenase / Broad-specificity linear acyl-CoA dehydrogenase FadE5
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Liu, X. / Chen, X.B.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Structural basis for the broad substrate specificity of two acyl-CoA dehydrogenases FadE5 from mycobacteria.
著者: Chen, X. / Chen, J. / Yan, B. / Zhang, W. / Guddat, L.W. / Liu, X. / Rao, Z.
履歴
登録2020年1月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年7月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年3月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acyl-CoA dehydrogenase
B: Acyl-CoA dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,3698
ポリマ－133,0862
非ポリマー3,2826
水21,9781220
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14860 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area38840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.077, 206.705, 74.129
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-1045-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Acyl-CoA dehydrogenase


分子量: 66543.203 Da / 分子数: 2 / 変異: E447A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
遺伝子: fadE5, ERS451418_00380 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0A0D6G5A8, UniProt: Q3L887*PLUS, short-chain acyl-CoA dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-BUA / butanoic acid / 酪酸


分子量: 88.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C4H8O2
#4: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C21H36N7O16P3S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1220 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.43 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7
詳細: 0.1 M Hepes sodium (pH 7.0), 2% v/v PEG 400, 2 M (NH4)2SO4, 1 mM FAD and 1.2 mM C18CoA

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→19.671 Å / Num. obs: 119265 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.392 % / Biso Wilson estimate: 27.868 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Rrim(I) all: 0.135 / Χ2: 0.986 / Net I/σ(I): 16.59 / Num. measured all: 1597162 / Scaling rejects: 89
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.9-1.9513.8340.9912.85120947874587430.8571.029100
1.95-213.6670.7973.55116143849884980.90.828100
2-2.0613.4650.6164.57111287826682650.9350.641100
2.06-2.1213.170.4995.58106294807180710.9480.519100
2.12-2.1912.4150.46.7596667778677860.9660.417100
2.19-2.2713.7140.3278.66103557755175510.980.34100
2.27-2.3613.8790.2849.94101563731973180.9840.295100
2.36-2.4513.7920.24211.3897150704670440.9880.252100
2.45-2.5613.6810.19813.6692631677167710.9930.206100
2.56-2.6913.4320.16615.8786424643464340.9940.172100
2.69-2.8312.340.14317.2776149617161710.9950.149100
2.83-313.860.12321.0481232586158610.9960.128100
3-3.2113.9560.125.5776561548654860.9980.104100
3.21-3.4713.6360.07831.4769964513151310.9980.081100
3.47-3.813.2170.06436.6462846475547550.9990.067100
3.8-4.2511.9820.05340.3251677431443130.9990.055100
4.25-4.9113.8740.04846.2353402384938490.9990.05100
4.91-6.0113.470.05241.2243764324932490.9990.055100
6.01-8.511.9320.04741.5630891259125890.9990.04999.9
8.5-19.67113.0530.03455.5418013152613800.9990.03590.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.9→19.671 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.11 / 位相誤差: 19.5 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2005 5596 4.96 %
Rwork0.1567 107317 -
obs0.1589 112913 94.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 92.78 Å2 / Biso mean: 26.2256 Å2 / Biso min: 11.19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→19.671 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9289 0 212 1220 10721
Biso mean--37.05 35.75 -
残基数----1214
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.9-1.92160.30771960.2415367398
1.9216-1.94420.26871790.2304366298
1.9442-1.96790.27322070.2277362798
1.9679-1.99270.32661710.2255372299
1.9927-2.01890.28341700.2078370798
2.0189-2.04660.26611840.1982367898
2.0466-2.07580.2022150.1757362098
2.0758-2.10670.23212010.1741363098
2.1067-2.13960.2551930.1733366097
2.1396-2.17460.22151980.1711363697
2.1746-2.21210.22261780.1677362297
2.2121-2.25230.20651940.1661363297
2.2523-2.29550.21491810.1598361996
2.2955-2.34230.22361960.1576357696
2.3423-2.39310.20622020.1526361296
2.3931-2.44870.23081810.1541356396
2.4487-2.50980.20981800.1548362896
2.5098-2.57750.20421750.1495358795
2.5775-2.65320.1981690.1455360595
2.6532-2.73860.20381960.1474355395
2.7386-2.83620.21461730.1487356895
2.8362-2.94940.18331930.1523353394
2.9494-3.08320.19241970.1583356094
3.0832-3.24510.19121660.1568354893
3.2451-3.44740.19431760.1518349893
3.4474-3.71190.18551810.1453353892
3.7119-4.08240.15851740.1286348191
4.0824-4.66630.15652010.125342289
4.6663-5.85320.18161950.1519334787
5.8532-19.6710.17311740.1583321079

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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