PDB-6ks9: Crystal Structure of E447A Acyl-CoA Dehydrogenase FadE5 mutant fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ks9

タイトル

Crystal Structure of E447A Acyl-CoA Dehydrogenase FadE5 mutant from Mycobacteria smegmatis

要素

Acyl-CoA dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / dehydrogenase

機能・相同性

機能・相同性情報

long-chain acyl-CoA dehydrogenase / medium-chain acyl-CoA dehydrogenase / long-chain fatty acyl-CoA dehydrogenase activity / short-chain acyl-CoA dehydrogenase / : / medium-chain fatty acyl-CoA dehydrogenase activity / short-chain fatty acyl-CoA dehydrogenase activity / fatty acid metabolic process / flavin adenine dinucleotide binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium smegmatis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.001 Å

データ登録者

Liu, X. / Chen, X.B.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Structural basis for the broad substrate specificity of two acyl-CoA dehydrogenases FadE5 from mycobacteria.
著者: Chen, X. / Chen, J. / Yan, B. / Zhang, W. / Guddat, L.W. / Liu, X. / Rao, Z.

履歴

登録	2019年8月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年7月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ks9.cif.gz	459.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ks9.ent.gz	378.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ks9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ks9_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ks9_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	6ks9_validation.xml.gz	50.2 KB	表示
CIF形式データ	6ks9_validation.cif.gz	74.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ks/6ks9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ks/6ks9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6kptC 6kriC 6ksaC 6ksbC 6kseC 6lpyC 6lq0C 6lq1C 6lq2C 6lq3C 6lq4C 6lq5C 6lq6C 6lq7C 6lq8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ksa-d 6lq2-d 6lq5-d 6lq8-d 6lpy-d 6lq3-d 6kpt-d 6lq4-d 6kri-d 6lq7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Acyl-CoA dehydrogenase

B: Acyl-CoA dehydrogenase

ヘテロ分子

135 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.692, 205.245, 73.936
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-1257- HOH

#1: タンパク質	Acyl-CoA dehydrogenase 分子量: 66543.203 Da / 分子数: 2 / 変異: E447A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア) 遺伝子: fadE5, ERS451418_00380 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: A0A0D6G5A8, UniProt: Q3L887*PLUS, short-chain acyl-CoA dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 850 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.83 % / Mosaicity: 0.375 °
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7 詳細: 0.1 M Hepes sodium (pH 7.0), 2% v/v PEG 400, and 2 M (NH4)2SO4

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.978 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月7日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.978 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→50 Å / Num. obs: 100685 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.1 % / R_merge(I) obs: 0.131 / R_pim(I) all: 0.041 / R_rim(I) all: 0.138 / Χ²: 0.987 / Net I/σ(I): 5 / Num. measured all: 1119738

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2-2.03	10.5	0.828	4995	0.802	0.267	0.87	0.938	100
2.03-2.07	10.1	0.728	4953	0.836	0.24	0.767	0.957	100
2.07-2.11	11.6	0.646	4994	0.881	0.197	0.676	0.973	100
2.11-2.15	11.6	0.565	4942	0.913	0.173	0.591	0.984	100
2.15-2.2	11.6	0.474	4972	0.934	0.145	0.496	0.99	100
2.2-2.25	11.4	0.476	4974	0.941	0.148	0.499	1.285	100
2.25-2.31	11.3	0.37	4998	0.96	0.115	0.388	0.997	100
2.31-2.37	11.1	0.33	4993	0.966	0.103	0.347	1.015	100
2.37-2.44	10.9	0.308	4997	0.97	0.097	0.323	0.992	100
2.44-2.52	10	0.249	4965	0.978	0.082	0.262	1.022	100
2.52-2.61	11.7	0.222	5020	0.984	0.068	0.232	1.034	100
2.61-2.71	11.6	0.197	5000	0.987	0.06	0.206	1.033	100
2.71-2.84	11.5	0.172	5046	0.99	0.053	0.18	1.019	100
2.84-2.99	11.4	0.145	5015	0.992	0.045	0.152	1.001	100
2.99-3.17	10.9	0.118	5023	0.994	0.037	0.124	1.009	99.9
3.17-3.42	10.8	0.091	5051	0.996	0.028	0.095	1.039	100
3.42-3.76	11.7	0.075	5081	0.997	0.023	0.079	0.986	100
3.76-4.31	11.4	0.061	5112	0.998	0.019	0.064	0.927	100
4.31-5.43	10.6	0.055	5163	0.998	0.018	0.058	0.805	100
5.43-50	10.7	0.049	5391	0.999	0.015	0.051	0.721	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.001→48.846 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.38 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1885	4986	4.96 %
R_work	0.1678	95585	-
obs	0.1688	100571	99.6 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 291.32 Å² / B_iso mean: 32.9375 Å² / B_iso min: 13.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.001→48.846 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9271	0	202	850	10323
B_iso mean	-	-	62.26	36.57	-
残基数	-	-	-	-	1211

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	9628
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.606	13056
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.567	6685
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.038	1441
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1682

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.0012-2.0239	0.2444	165	0.2032	2790	89
2.0239-2.0478	0.2521	169	0.2052	3157	100
2.0478-2.0727	0.2366	180	0.2047	3129	100
2.0727-2.099	0.2325	144	0.1949	3165	100
2.099-2.1266	0.2143	169	0.1858	3176	100
2.1266-2.1557	0.2008	152	0.1818	3175	100
2.1557-2.1865	0.2105	168	0.1807	3176	100
2.1865-2.2192	0.249	149	0.1791	3162	100
2.2192-2.2538	0.2182	164	0.1824	3151	100
2.2538-2.2908	0.1791	160	0.1692	3168	100
2.2908-2.3303	0.181	145	0.1686	3203	100
2.3303-2.3727	0.1935	176	0.1711	3149	100
2.3727-2.4183	0.1829	168	0.1689	3168	100
2.4183-2.4677	0.205	159	0.167	3210	100
2.4677-2.5213	0.1629	158	0.1624	3170	100
2.5213-2.58	0.2186	160	0.1632	3175	100
2.58-2.6445	0.1845	167	0.1601	3215	100
2.6445-2.716	0.1853	182	0.1624	3150	100
2.716-2.7959	0.173	164	0.1621	3186	100
2.7959-2.8861	0.1819	146	0.1642	3202	100
2.8861-2.9892	0.1715	184	0.1617	3214	100
2.9892-3.1089	0.1964	163	0.1664	3185	100
3.1089-3.2504	0.1817	147	0.1699	3217	100
3.2504-3.4217	0.1901	178	0.1671	3208	100
3.4217-3.636	0.2016	171	0.1641	3209	100
3.636-3.9166	0.1773	181	0.1465	3235	100
3.9166-4.3106	0.1596	183	0.1408	3229	100
4.3106-4.9338	0.1456	189	0.1361	3259	100
4.9338-6.2141	0.1925	161	0.1885	3315	100
6.2141-48.846	0.2131	184	0.2059	3437	100

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