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Yorodumi- PDB-6kpt: Crystal Structure of Acyl-CoA Dehydrogenase FadE5 from Mycobacter... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6kpt | ||||||
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Title | Crystal Structure of Acyl-CoA Dehydrogenase FadE5 from Mycobacteria smegmatis | ||||||
Components | Acyl-CoA dehydrogenase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Tuberculosis / beta-oxidation / ANTIBIOTIC | ||||||
Function / homology | Function and homology information long-chain acyl-CoA dehydrogenase / medium-chain acyl-CoA dehydrogenase / long-chain fatty acyl-CoA dehydrogenase activity / short-chain acyl-CoA dehydrogenase / : / medium-chain fatty acyl-CoA dehydrogenase activity / short-chain fatty acyl-CoA dehydrogenase activity / fatty acid metabolic process / flavin adenine dinucleotide binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mycobacterium smegmatis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.963 Å | ||||||
Authors | Liu, X. / Chen, X.B. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2020 Title: Structural basis for the broad substrate specificity of two acyl-CoA dehydrogenases FadE5 from mycobacteria. Authors: Chen, X. / Chen, J. / Yan, B. / Zhang, W. / Guddat, L.W. / Liu, X. / Rao, Z. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6kpt.cif.gz | 466.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6kpt.ent.gz | 381.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6kpt.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6kpt_validation.pdf.gz | 1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6kpt_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | 6kpt_validation.xml.gz | 54.4 KB | Display | |
Data in CIF | 6kpt_validation.cif.gz | 81.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kp/6kpt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kp/6kpt | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6kriC 6ks9C 6ksaC 6ksbC 6kseC 6lpyC 6lq0C 6lq1C 6lq2C 6lq3C 6lq4C 6lq5C 6lq6C 6lq7C 6lq8C C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 66601.242 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium smegmatis (bacteria) / Gene: fadE5, ERS451418_00380 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: A0A0D6G5A8, UniProt: Q3L887*PLUS, short-chain acyl-CoA dehydrogenase #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.8 Å3/Da / Density % sol: 56.02 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: evaporation Details: 2M (NH4)2 SO4, 2%(v/v) PEG400, 0.1 M Acetate pH 5.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL41XU / Wavelength: 0.9748 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jun 22, 2018 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9748 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.94→40 Å / Num. obs: 106041 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.118 / Χ2: 0.824 / Net I/σ(I): 7.8 / Num. measured all: 571513 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.963→39.793 Å / SU ML: 0.16 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 17.66 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 111.43 Å2 / Biso mean: 26.099 Å2 / Biso min: 7.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.963→39.793 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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