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- PDB-6lpm: Crystal structure of AP endonuclease from Deinococcus radioduran -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lpm
タイトルCrystal structure of AP endonuclease from Deinococcus radioduran
要素Exodeoxyribonuclease III
キーワードHYDROLASE / AP endonuclease / base excision repair / DNA repair
機能・相同性
機能・相同性情報


double-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / phosphoric diester hydrolase activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / base-excision repair / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Exodeoxyribonuclease III-like / AP endonuclease 1 / AP endonucleases family 1 profile. / Deoxyribonuclease I; Chain A / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Exodeoxyribonuclease III
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Zhao, Y. / He, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31670819 中国
引用ジャーナル: Front Microbiol / 年: 2020
タイトル: Structural and Functional Characterization of a Unique AP Endonuclease From Deinococcus radiodurans .
著者: He, Y. / Wang, Y. / Qin, C. / Xu, Y. / Cheng, K. / Xu, H. / Tian, B. / Zhao, Y. / Wang, L. / Hua, Y.
履歴
登録2020年1月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Exodeoxyribonuclease III


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8991
ポリマ－30,8991
非ポリマー00
水4,378243
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10680 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)57.420, 58.860, 74.280
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Exodeoxyribonuclease III


分子量: 30898.771 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
遺伝子: xth, DXG80_11425 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0A5C1MPK7, UniProt: Q9RXF9*PLUS, exodeoxyribonuclease III
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: Bis-Tris, PEG 5000

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.495→29.43 Å / Num. obs: 40705 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 5.094 % / Biso Wilson estimate: 14.42 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rrim(I) all: 0.074 / Χ2: 1.05 / Net I/σ(I): 14.65
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.5-1.533.4460.4734.3427600.8530.56191
1.53-1.585.0870.296.5729380.9460.32599.9
1.58-1.625.5980.2317.8628490.9740.25699.9
1.62-1.675.6830.1949.0327980.9760.214100
1.67-1.735.6080.18110.2227090.9750.299.9
1.73-1.795.5630.14311.4826470.9840.15999.8
1.79-1.855.350.12612.6224940.9860.14199.9
1.85-1.934.1120.11413.5522470.9810.13592.3
1.93-2.025.1530.09915.9922870.990.1197.3
2.02-2.115.2120.09117.4921980.990.10298.3
2.11-2.235.3960.0719.1121120.9940.07899.3
2.23-2.364.6850.07219.2619780.9870.08497.2
2.36-2.535.2290.062019070.9960.06799.7
2.53-2.734.7550.05720.817600.9950.06598.7
2.73-2.995.3440.05323.3116420.9960.05899.6
2.99-3.345.4810.05324.5815010.9960.05899.7
3.34-3.865.1450.05524.2513240.9940.06199.3
3.86-4.735.0450.05124.2911330.9960.05698.9
4.73-6.694.8250.04523.58980.9960.0599
6.69-29.434.6710.05523.075230.9910.06296.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2J5C

2j5c


解像度: 1.5→29.43 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.26
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2044 1980 4.9 %
Rwork0.1862 --
obs0.1871 40435 97.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 74.19 Å2 / Biso mean: 20.7132 Å2 / Biso min: 8.96 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→29.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1941 0 0 243 2184
Biso mean---31.98 -
残基数----249
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.5-1.53250.40441110.3689253391
1.5325-1.57390.25261590.19952752100
1.5739-1.62020.20741430.18762779100
1.6202-1.67250.21011540.17882761100
1.6725-1.73230.21171270.17522815100
1.7323-1.80160.2221420.17812772100
1.8016-1.88360.26391310.1866277799
1.8836-1.98290.2691220.2484241686
1.9829-2.10710.19931320.1993277699
2.1071-2.26980.22891310.2195265395
2.2698-2.49810.22141550.18272821100
2.4981-2.85930.19311650.1776279299
2.8593-3.60140.18061550.16572843100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 9.2996 Å / Origin y: 18.7467 Å / Origin z: 12.123 Å
111213212223313233
T0.1135 Å2-0.006 Å20.0099 Å2-0.0996 Å2-0.0129 Å2--0.1219 Å2
L0.748 °2-0.0993 °20.073 °2-0.4861 °2-0.2211 °2--0.8219 °2
S0.0032 Å °0.0016 Å °0.0294 Å °0.0174 Å °0.0025 Å °0.0065 Å °-0.0221 Å °0.0051 Å °-0.0084 Å °
精密化 TLSグループSelection details: chain A and (resid 33 through 281 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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