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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6wfv | ||||||||||||
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タイトル | The crystal structure of a collagen galactosylhydroxylysyl glucosyltransferase from human | ||||||||||||
要素 | Multifunctional procollagen lysine hydroxylase and glycosyltransferase LH3 | ||||||||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Manganese (マンガン) / UDP / Magnesium (マグネシウム) / Rossmann fold (ロスマンフォールド) | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 procollagen galactosyltransferase / procollagen glucosyltransferase / peptidyl-lysine hydroxylation / procollagen glucosyltransferase activity / hydroxylysine biosynthetic process / procollagen galactosyltransferase activity / リシルヒドロキシラーゼ / procollagen-lysine 5-dioxygenase activity / basement membrane assembly / epidermis morphogenesis ...procollagen galactosyltransferase / procollagen glucosyltransferase / peptidyl-lysine hydroxylation / procollagen glucosyltransferase activity / hydroxylysine biosynthetic process / procollagen galactosyltransferase activity / リシルヒドロキシラーゼ / procollagen-lysine 5-dioxygenase activity / basement membrane assembly / epidermis morphogenesis / Collagen biosynthesis and modifying enzymes / collagen metabolic process / endothelial cell morphogenesis / protein O-linked glycosylation / L-ascorbic acid binding / collagen fibril organization / neural tube development / lung morphogenesis / small molecule binding / 小胞体 / ゴルジ体 / protein localization / vasodilation / collagen-containing extracellular matrix / in utero embryonic development / iron ion binding / 小胞体 / endoplasmic reticulum membrane / ゴルジ体 / 小胞体 / extracellular space / extracellular exosome / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.7 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Guo, H.-F. / Tsai, C.-L. / Miller, M.D. / Phillips Jr., G.N. / Tainer, J.A. / Kurie, J.M. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: The crystal structure of a collagen galactosylhydroxylysyl glucosyltransferase from human 著者: Guo, H.-F. / Tsai, C.-L. / Miller, M.D. / Phillips Jr., G.N. / Tainer, J.A. / Kurie, J.M. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6wfv.cif.gz | 156.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6wfv.ent.gz | 129.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6wfv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wf/6wfv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wf/6wfv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 28335.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLOD3 / 詳細 (発現宿主): pET-28b derived vector / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-Gami 2 (DE3) 参照: UniProt: O60568, リシルヒドロキシラーゼ, procollagen galactosyltransferase, procollagen glucosyltransferase |
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-非ポリマー , 5種, 234分子
#2: 化合物 | ChemComp-MN / | ||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-UDP / | #5: 化合物 | ChemComp-TRS / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3 |
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-試料調製
結晶 |
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結晶化 |
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-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | Biso Wilson estimate: 31.679 Å2 / Entry-ID: 6WFV
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反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 単一同系置換・異常分散 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.7→41.18 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 18.31 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 163.13 Å2 / Biso mean: 34.1078 Å2 / Biso min: 11.94 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.7→41.18 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 35.066 Å / Origin y: 28.822 Å / Origin z: 12.045 Å
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精密化 TLSグループ |
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