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- PDB-6lnd: Crystal structure of transposition protein TniQ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lnd
タイトルCrystal structure of transposition protein TniQ
要素transposition protein TniQ
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Type I-F CRISPR-Cas system: Csy Cascade: Structure: Tn7-like transposons: RNA-guided transition: transposase subunit
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.001 Å
データ登録者Wang, B. / Xu, W. / Yang, H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31971135) 中国
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2020
タイトル: Structural basis of a Tn7-like transposase recruitment and DNA loading to CRISPR-Cas surveillance complex.
著者: Beibei Wang / Wenhao Xu / Hui Yang /
履歴
登録2019年12月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
K: transposition protein TniQ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,1543
ポリマ－46,0231
非ポリマー1312
水1,820101
1
K: transposition protein TniQ
ヘテロ分子

K: transposition protein TniQ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,3086
ポリマ－92,0472
非ポリマー2624
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area3840 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area33520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.277, 66.277, 178.584
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 transposition protein TniQ


分子量: 46023.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / プラスミド: pRSFDuet-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.62 % / Mosaicity: 0.579 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8.7
詳細: 0.1 M Tris-HCl (pH 8.7), 2% Polyethylene glycol 8000 (w/v)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 51187 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.2 % / Biso Wilson estimate: 30.74 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.1 / Χ2: 0.974 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2-2.0714.40.70227110.9350.190.7270.763100
2.07-2.1513.70.51326910.9540.1430.5330.786100
2.15-2.2514.10.38427340.9730.1050.3990.83100
2.25-2.37150.28227400.9930.0750.2920.861100
2.37-2.5214.80.22427400.9920.060.2310.946100
2.52-2.7114.40.16127390.9950.0440.1671.051100
2.71-2.9913.90.11827860.9970.0320.1221.213100
2.99-3.4214.90.08827940.9980.0230.0911.188100
3.42-4.3113.50.06528430.9980.0180.0681.044100
4.31-5013.40.06130480.9860.0170.0631.03599.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データスケーリング
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.001→50 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.24
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2283 3704 7.24 %
Rwork0.1918 --
obs0.1944 51187 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 90.98 Å2 / Biso mean: 37.2673 Å2 / Biso min: 15.76 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.001→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3120 0 2 101 3223
Biso mean--34.49 32.17 -
残基数----385
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.0015-2.02780.30891410.2522178899
2.0278-2.05560.29141470.24681870100
2.0556-2.08490.28631410.24751785100
2.0849-2.11610.21781420.23461806100
2.1161-2.14910.28581460.22841867100
2.1491-2.18440.30231380.2271808100
2.1844-2.2220.24161430.21831811100
2.222-2.26240.25681450.22461823100
2.2624-2.30590.28221430.20941809100
2.3059-2.3530.2641480.21211884100
2.353-2.40410.27091370.21011795100
2.4041-2.460.28091460.21831846100
2.46-2.52160.26571420.2091823100
2.5216-2.58970.23711360.20651826100
2.5897-2.66590.3181460.21481824100
2.6659-2.75190.24781470.21131849100
2.7519-2.85020.27161420.21751816100
2.8502-2.96430.23851430.21211820100
2.9643-3.09920.25851420.2141821100
3.0992-3.26250.24341360.20781832100
3.2625-3.46670.2091440.19271841100
3.4667-3.73420.22321420.17951826100
3.7342-4.10950.16651410.16111840100
4.1095-4.70310.16441390.14591818100
4.7031-5.92160.16221420.1611829100
5.9216-500.2381450.16931826100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 6.7499 Å / Origin y: -10.175 Å / Origin z: -9.3593 Å
111213212223313233
T0.127 Å20.0233 Å20.0367 Å2-0.1635 Å20.014 Å2--0.2482 Å2
L0.8376 °20.1527 °20.3687 °2-0.9475 °20.3378 °2--3.3868 °2
S-0.0296 Å °0.0105 Å °-0.0152 Å °0.0035 Å °0.0275 Å °-0.1298 Å °0.083 Å °0.1834 Å °0.0004 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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