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万見
- PDB-6llb: Crystal structure of mpy-RNase J (mutant S247A), an archaeal RNas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6llb
タイトルCrystal structure of mpy-RNase J (mutant S247A), an archaeal RNase J from Methanolobus psychrophilus R15, in complex with 6 nt RNA
要素
  • MPY-RNase J
  • RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / EXORIBONUCLEASE / BETA-CASP / MBL domain / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性RNA
機能・相同性情報
生物種Methanolobus psychrophilus R15 (古細菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Li, D.F. / Hou, Y.J. / Guo, L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (China)31870037 中国
引用ジャーナル: Rna Biol. / 年: 2020
タイトル: A newly identified duplex RNA unwinding activity of archaeal RNase J depends on processive exoribonucleolysis coupled steric occlusion by its structural archaeal loops.
著者: Li, J. / Hou, Y. / Gu, X. / Yue, L. / Guo, L. / Li, D. / Dong, X.
履歴
登録2019年12月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年9月9日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / struct_conn
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MPY-RNase J
B: MPY-RNase J
C: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
D: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,31617
ポリマ－108,1894
非ポリマー1,12613
水1,17165
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9700 Å2
ΔGint-284 kcal/mol
Surface area36700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)168.726, 168.726, 166.427
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-634-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and resid -14 through 448)
21(chain B and (resid -14 through -6 or resid 0...
12chain C
22chain D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111HISHISASPASP(chain A and resid -14 through 448)AA-14 - 4488 - 470
211HISHISPROPRO(chain B and (resid -14 through -6 or resid 0...BB-14 - -68 - 16
221ALAALAARGARG(chain B and (resid -14 through -6 or resid 0...BB0 - 29822 - 320
231ARGARGARGARG(chain B and (resid -14 through -6 or resid 0...BB299321
241HISHISASPASP(chain B and (resid -14 through -6 or resid 0...BB-14 - 4488 - 470
251HISHISASPASP(chain B and (resid -14 through -6 or resid 0...BB-14 - 4488 - 470
261HISHISASPASP(chain B and (resid -14 through -6 or resid 0...BB-14 - 4488 - 470
271HISHISASPASP(chain B and (resid -14 through -6 or resid 0...BB-14 - 4488 - 470
112AAAAchain CCC1 - 61 - 6
212AAAAchain DDD1 - 61 - 6

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 MPY-RNase J


分子量: 52164.453 Da / 分子数: 2 / 変異: S247A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanolobus psychrophilus R15 (古細菌)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')


分子量: 1930.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
配列の詳細Authors state that the protein used for crystallization is the S247A mutant of Methanolobus ...Authors state that the protein used for crystallization is the S247A mutant of Methanolobus psychrophilus RNase J, with the NCBI reference sequence ID of WP_015052818.1.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.63 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.01 M MgSO4, 0.05 M (CH3)2AsO2Na (pH 6.5) and 2 M (NH4)2SO4.

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→48.71 Å / Num. obs: 43478 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 15.4 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.085 / Net I/σ(I): 31.7 / Num. measured all: 671046
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.6-2.715.70.9387010044590.9330.2420.9694.2100
9.73-48.7112.30.0181191396810.0050.019105.799.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
Aimless0.7.3データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5WS2

5ws2


解像度: 2.6→46.746 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.98 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2243 1995 4.6 %Random
Rwork0.188 41409 --
obs0.1897 43404 99.93 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 140.46 Å2 / Biso mean: 61.2789 Å2 / Biso min: 30.71 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→46.746 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7201 266 49 65 7581
Biso mean--95.29 50.31 -
残基数----938
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2784X-RAY DIFFRACTION7.813TORSIONAL
12B2784X-RAY DIFFRACTION7.813TORSIONAL
21C138X-RAY DIFFRACTION7.813TORSIONAL
22D138X-RAY DIFFRACTION7.813TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.6-2.6650.30731390.25722910
2.665-2.73710.3041390.23072885
2.7371-2.81760.26881410.23662916
2.8176-2.90850.32541390.23052899
2.9085-3.01250.24751410.22242935
3.0125-3.13310.28871410.21052902
3.1331-3.27560.23211400.20922927
3.2756-3.44830.26491410.20532932
3.4483-3.66420.22151430.1892952
3.6642-3.9470.21071430.1752953
3.947-4.3440.20121430.16312965
4.344-4.97190.16371440.14932996
4.9719-6.26170.22771480.19023036
6.2617-46.7460.20771530.1823201
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5874-0.68232.90681.8918-0.61983.34720.35620.2737-0.27860.0384-0.3523-0.09720.590.3680.03270.59010.22940.10720.5970.01870.511471.2169338.40529.115
21.76640.6741-1.61414.50960.77732.157-0.19630.4171-0.0267-0.51820.12090.04150.12890.4080.07530.50960.18740.00950.6634-0.04420.415256.5429348.5334-11.5604
32.6087-0.54470.19411.48050.51311.4682-0.2060.3487-0.3322-0.06320.1270.0841.01850.32430.10950.74730.22720.10270.4889-0.10310.568751.124335.43070.7426
41.3502-0.22340.32642.97590.01312.79690.01830.4016-0.1589-0.2428-0.08540.32160.3403-0.37010.05970.35440.01120.03160.567-0.09190.441727.621351.305-8.3061
52.48210.9604-0.28353.66040.30742.5066-0.2753-0.2724-0.34780.25180.0489-0.20970.70330.68630.18890.50220.24570.01560.5732-0.0060.400158.4847343.972413.099
62.707-0.43341.66090.2669-1.01150.8135-0.3456-0.0271-0.0192-0.10890.60310.075-0.2323-0.2652-0.1160.5023-0.03450.06631.0987-0.02330.6497-7.0582380.44715.9807
72.180.8371-1.27832.63280.28782.5277-0.0003-0.1538-0.08560.3416-0.1194-0.0649-0.1104-0.32670.12950.36270.11860.07440.82310.05070.467213.3321365.769534.5197
83.0586-1.0742-1.3191.34480.18431.7896-0.12730.2353-0.16230.19310.05120.26890.2867-0.75220.12110.3535-0.08370.09720.8057-0.0260.54887.6309356.813420.6083
93.13140.56910.73582.2567-0.57583.3265-0.0107-0.3343-0.35610.3107-0.03080.05460.68-0.22720.02540.5590.02140.1630.34120.03320.50830.8331340.223631.1102
101.2033-0.54330.10961.1343-0.28981.5868-0.0860.19860.0785-0.02540.03080.0725-0.0071-0.40520.08520.2910.05710.08470.52430.00980.397821.2876364.10716.7277
115.7388-1.67520.25134.481-2.96272.044-0.02970.9497-0.31090.1863-0.1619-0.02380.29091.2037-0.25860.99980.14590.06860.8715-0.25841.072241.5647353.0935-11.1787
126.3997-3.05413.09272.7538-0.15512.5916-0.1779-0.0581-0.03160.40670.89950.6846-0.4699-0.8875-0.77850.8946-0.1160.06180.77290.0371.308225.8468354.544734.8418
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -19 through 31 )A-19 - 31
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 32 through 117 )A32 - 117
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 118 through 218 )A118 - 218
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 219 through 390 )A219 - 390
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 391 through 448 )A391 - 448
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid -14 through 10 )B-14 - 10
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 11 through 118 )B11 - 118
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 119 through 218 )B119 - 218
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 219 through 358 )B219 - 358
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 359 through 448 )B359 - 448
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 1 through 6 )C1 - 6
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 1 through 6 )D1 - 6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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