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- PDB-5ws2: Crystal structure of mpy-RNase J (mutant S247A), an archaeal RNas... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5ws2 | ||||||
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Title | Crystal structure of mpy-RNase J (mutant S247A), an archaeal RNase J from Methanolobus psychrophilus R15, complex with RNA | ||||||
![]() |
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![]() | HYDROLASE / EXORIBONUCLEASE / BETA-CASP / MBL | ||||||
Function / homology | ![]() 5'-3' RNA exonuclease activity / RNA catabolic process / Hydrolases; Acting on ester bonds / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() unidentified (others) | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Li, D.F. / Feng, N. | ||||||
![]() | ![]() Title: New molecular insights into an archaeal RNase J reveal a conserved processive exoribonucleolysis mechanism of the RNase J family Authors: Zheng, X. / Feng, N. / Li, D. / Dong, X. / Li, J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 393.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 319.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 494.7 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 511.6 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 38.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 55.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5habS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 52164.453 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: S247A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: rnj, Mpsy_0886 / Plasmid: pET-28a / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: K4MAF9, Hydrolases; Acting on ester bonds #2: RNA chain | Mass: 1601.072 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) unidentified (others) #3: Chemical | ChemComp-ZN / #4: Chemical | ChemComp-SO4 / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.4 Å3/Da / Density % sol: 63 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 0.01M MgSO4, 0.05M Sodium cacodylate trihydrate, 2M (NH4)2SO4 PH range: 7.0-8.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 23, 2016 |
Radiation | Monochromator: DOUBLE CRYSTAL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97776 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.4→50 Å / Num. obs: 54889 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 16.5 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.172 / Net I/σ(I): 17.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.4→2.44 Å / Redundancy: 17.2 % / Rmerge(I) obs: 0.763 / Mean I/σ(I) obs: 5 / CC1/2: 0.903 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5HAB Resolution: 2.398→48.674 Å / SU ML: 0.2 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 20.69 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.398→48.674 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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