[English] 日本語
Yorodumi- PDB-5ws2: Crystal structure of mpy-RNase J (mutant S247A), an archaeal RNas... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5ws2 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of mpy-RNase J (mutant S247A), an archaeal RNase J from Methanolobus psychrophilus R15, complex with RNA | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | HYDROLASE / EXORIBONUCLEASE / BETA-CASP / MBL | ||||||
Function / homology | Function and homology information 5'-3' RNA exonuclease activity / RNA catabolic process / Hydrolases; Acting on ester bonds / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Methanolobus psychrophilus R15 (archaea) unidentified (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.398 Å | ||||||
Authors | Li, D.F. / Feng, N. | ||||||
Citation | Journal: Mol. Microbiol. / Year: 2017 Title: New molecular insights into an archaeal RNase J reveal a conserved processive exoribonucleolysis mechanism of the RNase J family Authors: Zheng, X. / Feng, N. / Li, D. / Dong, X. / Li, J. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5ws2.cif.gz | 393.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb5ws2.ent.gz | 319.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5ws2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5ws2_validation.pdf.gz | 494.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 5ws2_full_validation.pdf.gz | 511.6 KB | Display | |
Data in XML | 5ws2_validation.xml.gz | 38.6 KB | Display | |
Data in CIF | 5ws2_validation.cif.gz | 55.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ws/5ws2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ws/5ws2 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5habS S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 52164.453 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: S247A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Methanolobus psychrophilus R15 (archaea) Gene: rnj, Mpsy_0886 / Plasmid: pET-28a / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: K4MAF9, Hydrolases; Acting on ester bonds #2: RNA chain | Mass: 1601.072 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) unidentified (others) #3: Chemical | ChemComp-ZN / #4: Chemical | ChemComp-SO4 / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.4 Å3/Da / Density % sol: 63 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 0.01M MgSO4, 0.05M Sodium cacodylate trihydrate, 2M (NH4)2SO4 PH range: 7.0-8.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL19U1 / Wavelength: 0.97776 Å |
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 23, 2016 |
Radiation | Monochromator: DOUBLE CRYSTAL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97776 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.4→50 Å / Num. obs: 54889 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 16.5 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.172 / Net I/σ(I): 17.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.4→2.44 Å / Redundancy: 17.2 % / Rmerge(I) obs: 0.763 / Mean I/σ(I) obs: 5 / CC1/2: 0.903 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5HAB Resolution: 2.398→48.674 Å / SU ML: 0.2 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 20.69 / Stereochemistry target values: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.398→48.674 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|