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- PDB-5ws2: Crystal structure of mpy-RNase J (mutant S247A), an archaeal RNas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ws2
タイトルCrystal structure of mpy-RNase J (mutant S247A), an archaeal RNase J from Methanolobus psychrophilus R15, complex with RNA
要素
  • RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*A)-3')
  • Ribonuclease J
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / EXORIBONUCLEASE / BETA-CASP / MBL
機能・相同性
機能・相同性情報


5'-3' RNA exonuclease activity / RNA catabolic process / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding / zinc ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease J, archaea / Ribonuclease J / Ribonuclease J, domain 2 / Beta-lactamase superfamily domain / Zn-dependent metallo-hydrolase, RNA specificity domain / Zn-dependent metallo-hydrolase RNA specificity domain / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
リボ核酸 / Ribonuclease J
類似検索 - 構成要素
生物種Methanolobus psychrophilus R15 (古細菌)
unidentified (未定義)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.398 Å
データ登録者Li, D.F. / Feng, N.
引用ジャーナル: Mol. Microbiol. / : 2017
タイトル: New molecular insights into an archaeal RNase J reveal a conserved processive exoribonucleolysis mechanism of the RNase J family
著者: Zheng, X. / Feng, N. / Li, D. / Dong, X. / Li, J.
履歴
登録2016年12月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease J
B: Ribonuclease J
C: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*A)-3')
D: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,65717
ポリマ-107,5314
非ポリマー1,12613
5,621312
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9200 Å2
ΔGint-297 kcal/mol
Surface area35980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)168.610, 168.610, 165.868
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Ribonuclease J / RNase J


分子量: 52164.453 Da / 分子数: 2 / 変異: S247A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanolobus psychrophilus R15 (古細菌)
遺伝子: rnj, Mpsy_0886 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: K4MAF9, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*A)-3')


分子量: 1601.072 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) unidentified (未定義)
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : Zn
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water /


分子量: 18.015 Da / 分子数: 312 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.01M MgSO4, 0.05M Sodium cacodylate trihydrate, 2M (NH4)2SO4
PH範囲: 7.0-8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97776 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月23日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97776 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 54889 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 16.5 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.172 / Net I/σ(I): 17.3
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 17.2 % / Rmerge(I) obs: 0.763 / Mean I/σ(I) obs: 5 / CC1/2: 0.903 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5HAB
解像度: 2.398→48.674 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.69 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2085 2000 3.68 %Random
Rwork0.1731 ---
obs0.1745 54405 99.13 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.398→48.674 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7207 222 49 312 7790
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0097628
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.18210384
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.4212848
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0751185
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091306
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3976-2.45760.26631390.21393667X-RAY DIFFRACTION99
2.4576-2.5240.29391420.20693702X-RAY DIFFRACTION100
2.524-2.59830.28031420.1943716X-RAY DIFFRACTION100
2.5983-2.68220.25561410.20013692X-RAY DIFFRACTION100
2.6822-2.7780.21151420.20063723X-RAY DIFFRACTION100
2.778-2.88920.26581420.20413714X-RAY DIFFRACTION100
2.8892-3.02070.23031420.19223738X-RAY DIFFRACTION100
3.0207-3.180.23361440.18833748X-RAY DIFFRACTION100
3.18-3.37910.20021430.17623760X-RAY DIFFRACTION100
3.3791-3.640.22641440.17093758X-RAY DIFFRACTION100
3.64-4.00610.21261440.16133787X-RAY DIFFRACTION100
4.0061-4.58540.16331450.13953783X-RAY DIFFRACTION100
4.5854-5.77570.17571440.15393801X-RAY DIFFRACTION98
5.7757-48.68350.17351460.17053816X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1298-0.73142.10521.3564-0.62823.28680.20550.3372-0.1734-0.0936-0.25590.04070.21970.3230.04680.29610.08270.0920.35630.0150.315964.805344.92491.685
21.1089-0.266-0.08410.8550.01151.2395-0.01020.1798-0.1594-0.1449-0.03650.01360.27530.01340.04090.30230.0340.0320.2579-0.06160.264243.1332345.083-3.2132
34.5533-1.36633.35130.3946-1.02612.4263-0.3247-0.2478-0.28880.03810.54960.0817-0.3829-0.3409-0.19750.3515-0.0270.00270.5541-0.00780.397-7.0913380.09596.0492
42.5221.2546-1.29163.63190.40331.66120.1059-0.2641-0.03790.3109-0.1022-0.0363-0.0478-0.14870.00090.2520.05550.05840.55550.03640.275813.3254365.51534.4229
51.8705-0.6952-0.52162.54680.10480.28160.0077-0.00710.02920.24470.01450.2170.0727-0.4606-0.01330.2433-0.03960.07890.56790.01160.39235.913356.561824.9107
61.8617-1.37320.9052.5985-1.30221.9746-0.03820.0061-0.3069-0.02650.07610.17370.3206-0.3904-0.03670.2472-0.07640.0850.3417-0.02660.318621.8115345.206121.2942
74.10520.62130.16861.97440.35382.42110.0312-0.5784-0.35310.4648-0.02420.12310.4633-0.1381-0.030.40270.02410.07910.31410.08670.300533.5006340.941335.0276
80.26230.0109-0.28850.01560.02130.3636-0.06460.03790.1940.05010.0114-0.0320.04610.00420.04110.24270.04410.02370.2928-0.0020.316337.665352.454425.6156
92.11440.3859-0.37242.71490.34520.8372-0.07780.17930.1477-0.10980.00650.2877-0.1484-0.48340.09070.20190.0836-0.00030.51080.06470.278412.5125370.012611.8931
106.2-1.52945.05245.0324-2.08235.3973-0.22250.48670.56040.397-0.2774-0.45290.19981.08110.45120.59930.1245-0.06780.595-0.0730.741642.1543353.0719-8.7553
117.0826-3.88066.99936.016-2.72847.2724-0.24510.20330.48520.80990.36960.2731-1.4338-0.6361-0.160.52780.01410.10770.49970.03360.715826.1595355.710332.7203
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -19 through 52 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 53 through 448 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid -14 through 10 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 11 through 118 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 119 through 182 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 183 through 282 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 283 through 358 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 359 through 390 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 391 through 448 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 1 through 5 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 1 through 5 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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