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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ws2 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of mpy-RNase J (mutant S247A), an archaeal RNase J from Methanolobus psychrophilus R15, complex with RNA | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / EXORIBONUCLEASE / BETA-CASP / MBL | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 5'-3' RNA exonuclease activity / RNA catabolic process / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding / zinc ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Methanolobus psychrophilus R15 (古細菌) unidentified (未定義) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.398 Å | ||||||
データ登録者 | Li, D.F. / Feng, N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol. Microbiol. / 年: 2017 タイトル: New molecular insights into an archaeal RNase J reveal a conserved processive exoribonucleolysis mechanism of the RNase J family 著者: Zheng, X. / Feng, N. / Li, D. / Dong, X. / Li, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5ws2.cif.gz | 393.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5ws2.ent.gz | 319.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5ws2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ws/5ws2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ws/5ws2 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5habS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 52164.453 Da / 分子数: 2 / 変異: S247A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Methanolobus psychrophilus R15 (古細菌) 遺伝子: rnj, Mpsy_0886 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: K4MAF9, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 #2: RNA鎖 | 分子量: 1601.072 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) unidentified (未定義) #3: 化合物 | ChemComp-ZN / #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.01M MgSO4, 0.05M Sodium cacodylate trihydrate, 2M (NH4)2SO4 PH範囲: 7.0-8.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97776 Å |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月23日 |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97776 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 54889 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 16.5 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.172 / Net I/σ(I): 17.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 17.2 % / Rmerge(I) obs: 0.763 / Mean I/σ(I) obs: 5 / CC1/2: 0.903 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5HAB 解像度: 2.398→48.674 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.69 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.398→48.674 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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