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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6lkl | ||||||
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タイトル | Two-component system protein mediate signal transduction | ||||||
要素 | ABC transporter, solute-binding protein | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / two-component system / G6P sensor / signal transduction | ||||||
機能・相同性 | thiamine binding / Bacterial extracellular solute-binding protein / thiamine transport / thiamine pyrophosphate binding / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / outer membrane-bounded periplasmic space / MALONIC ACID / ABC transporter, solute-binding protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.213 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, M. / Tao, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020 タイトル: Interface switch mediates signal transmission in a two-component system. 著者: Wang, M. / Guo, Q. / Zhu, K. / Fang, B. / Yang, Y. / Teng, M. / Li, X. / Tao, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6lkl.cif.gz | 233.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6lkl.ent.gz | 190 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6lkl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6lkl_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6lkl_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6lkl_validation.xml.gz | 23.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6lkl_validation.cif.gz | 33.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lk/6lkl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lk/6lkl | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Auth seq-ID: 29 - 322 / Label seq-ID: 1 - 294
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33754.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: E4U00_07700, EP54_06205, EQ90_12025, HMPREF3211_02751, NCTC10654_00249, NCTC10702_00414, RK64_01575 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: X5DVD1 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.88 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: 60% Tascimate pH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9793 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.21→50 Å / Num. obs: 41995 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rpim(I) all: 0.063 / Rrim(I) all: 0.119 / Net I/σ(I): 9.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.21→2.25 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.411 / Num. unique obs: 4135 / CC1/2: 0.85 / Rpim(I) all: 0.259 / Rrim(I) all: 0.488 / % possible all: 97.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.213→45.358 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 19.65 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 155.04 Å2 / Biso mean: 35.9202 Å2 / Biso min: 12.63 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.213→45.358 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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