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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6lkj | ||||||
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タイトル | Two-component system protein mediate signal transduction | ||||||
要素 | ABC transporter, solute-binding protein | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / two-component system / G6P sensor / signal transduction | ||||||
機能・相同性 | thiamine binding / Bacterial extracellular solute-binding protein / thiamine transport / thiamine pyrophosphate binding / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / outer membrane-bounded periplasmic space / 6-O-phosphono-beta-D-galactopyranose / ABC transporter, solute-binding protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.004 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, M. / Tao, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020 タイトル: Interface switch mediates signal transmission in a two-component system. 著者: Wang, M. / Guo, Q. / Zhu, K. / Fang, B. / Yang, Y. / Teng, M. / Li, X. / Tao, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6lkj.cif.gz | 76 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6lkj.ent.gz | 54.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6lkj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6lkj_validation.pdf.gz | 772.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6lkj_full_validation.pdf.gz | 774 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6lkj_validation.xml.gz | 13.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6lkj_validation.cif.gz | 18.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lk/6lkj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lk/6lkj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33754.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: E4U00_07700, EP54_06205, EQ90_12025, HMPREF3211_02751, NCTC10654_00249, NCTC10702_00414, RK64_01575 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: X5DVD1 |
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#2: 糖 | ChemComp-BGP / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.88 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1M Tris pH 7.5-7.9, 21% PEG 3350 / PH範囲: 7.5-7.9 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9793 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 21110 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.9 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.124 / Net I/σ(I): 11.05 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.483 / Mean I/σ(I) obs: 2.82 / Num. unique obs: 2042 / CC1/2: 0.751 / Rpim(I) all: 0.287 / Rrim(I) all: 0.565 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.004→28.235 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.95
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 74.9 Å2 / Biso mean: 19.1231 Å2 / Biso min: 6.12 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.004→28.235 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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