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- PDB-6lkc: Crystal structure of PfaD from Shewanella piezotolerans in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lkc
タイトルCrystal structure of PfaD from Shewanella piezotolerans in complex with FMN
要素Polyunsaturated fatty acid synthase PfaD
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / fatty acid synthesis / PKS / enoyl reductase
機能・相同性Fatty acid synthase subunit PfaD, N-terminal / Fatty acid synthase subunit PfaD N-terminal domain / PfaD family protein / nitronate monooxygenase activity / Nitronate monooxygenase / Nitronate monooxygenase / Aldolase-type TIM barrel / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Polyunsaturated fatty acid synthase PfaD
機能・相同性情報
生物種Shewanella piezotolerans
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.998 Å
データ登録者Zhang, M.L. / Li, Q. / Meng, S.S. / Guo, L.J. / He, L. / Huang, J.Z. / Li, L. / Zhang, H.D.
引用ジャーナル: J.Agric.Food Chem. / 年: 2021
タイトル: Structural Insights into the Trans -Acting Enoyl Reductase in the Biosynthesis of Long-Chain Polyunsaturated Fatty Acids in Shewanella piezotolerans .
著者: Zhang, M. / Zhang, H. / Li, Q. / Gao, Y. / Guo, L. / He, L. / Zang, S. / Guo, X. / Huang, J. / Li, L.
履歴
登録2019年12月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyunsaturated fatty acid synthase PfaD
B: Polyunsaturated fatty acid synthase PfaD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,1079
ポリマ－128,8382
非ポリマー1,2697
水8,899494
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6840 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area42040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.467, 62.568, 127.507
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.610, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 11 through 470 or resid 472 through 542 or resid 601))
21(chain B and (resid 11 through 63 or resid 66 through 470 or resid 472 through 542 or resid 601))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERGLUGLU(chain A and (resid 11 through 470 or resid 472 through 542 or resid 601))AA11 - 47056 - 515
12ASPASPALAALA(chain A and (resid 11 through 470 or resid 472 through 542 or resid 601))AA472 - 542517 - 587
13CACACACA(chain A and (resid 11 through 470 or resid 472 through 542 or resid 601))AD601
21SERSERALAALA(chain B and (resid 11 through 63 or resid 66 through 470 or resid 472 through 542 or resid 601))BB11 - 6356 - 108
22SERSERGLUGLU(chain B and (resid 11 through 63 or resid 66 through 470 or resid 472 through 542 or resid 601))BB66 - 470111 - 515
23ASPASPALAALA(chain B and (resid 11 through 63 or resid 66 through 470 or resid 472 through 542 or resid 601))BB472 - 542517 - 587
24CACACACA(chain B and (resid 11 through 63 or resid 66 through 470 or resid 472 through 542 or resid 601))BG601

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要素

#1: タンパク質 Polyunsaturated fatty acid synthase PfaD / Enoyl Reductase


分子量: 64419.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shewanella piezotolerans (strain WP3 / JCM 13877) (バクテリア)
遺伝子: swp_3554 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: B8CQB6, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 494 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.46 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% (w/v) polyethylene glycol 3350, 0.2M ammonium citrate tribasic, pH 7.0, 2% (v/v) dimethyl sulfoxide
PH範囲: 7.0-8.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.998→122.81 Å / Num. obs: 72459 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 18.7
反射 シェル解像度: 1.998→2.11 Å / Num. unique obs: 10425 / CC1/2: 0.903 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YX6

4yx6


解像度: 1.998→53.609 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.01
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2186 3669 5.07 %
Rwork0.1793 --
obs0.1812 72429 99.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 111.49 Å2 / Biso mean: 41.7927 Å2 / Biso min: 19.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.998→53.609 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8185 0 82 494 8761
Biso mean--32.78 40.54 -
残基数----1063
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3224X-RAY DIFFRACTION9.426TORSIONAL
12B3224X-RAY DIFFRACTION9.426TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.9982-2.02450.30321330.2686260198
2.0245-2.05220.29611330.2651260899
2.0522-2.08160.33571460.2608262598
2.0816-2.11260.27151180.2302259799
2.1126-2.14560.25281270.2158264599
2.1456-2.18080.26851520.21752620100
2.1808-2.21840.26951470.2124258599
2.2184-2.25880.30641340.2174263499
2.2588-2.30220.25111400.1999264899
2.3022-2.34920.2231490.1956262299
2.3492-2.40030.24471400.19312609100
2.4003-2.45610.22051520.19642633100
2.4561-2.51750.2671260.19592658100
2.5175-2.58560.25941350.2032651100
2.5856-2.66170.25151600.19422613100
2.6617-2.74760.23781360.19432648100
2.7476-2.84580.23581430.19972675100
2.8458-2.95970.24221460.20022647100
2.9597-3.09440.23771340.1952647100
3.0944-3.25750.26781670.19482634100
3.2575-3.46160.21171430.18162672100
3.4616-3.72880.20941340.17092674100
3.7288-4.10390.15821590.14982641100
4.1039-4.69750.17761590.1432683100
4.6975-5.91710.18961400.14982694100
5.9171-100.1631160.14942796100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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