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万見
- PDB-6lk4: Crystal structure of GMP reductase from Trypanosoma brucei in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lk4
タイトルCrystal structure of GMP reductase from Trypanosoma brucei in complex with guanosine 5'-triphosphate
要素Guanosine 5'-monophosphate Reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Trypanosoma brucei / 5'-monophosphate reductase / guanosine 5'-triphosphate / cystathionine beta synthase motif
機能・相同性
機能・相同性情報


GMP reductase activity / IMP dehydrogenase activity / IMP dehydrogenase / glycosome / GMP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / GTP binding / nucleolus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase / GMP reductase, conserved site / IMP dehydrogenase / GMP reductase signature. / IMP dehydrogenase/GMP reductase / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain ...Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase / GMP reductase, conserved site / IMP dehydrogenase / GMP reductase signature. / IMP dehydrogenase/GMP reductase / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.503 Å
データ登録者Mase, H. / Otani, T. / Imamura, A. / Nishimura, S. / Inui, T.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)25660231 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)25242046 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)17K19329 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Allosteric regulation accompanied by oligomeric state changes of Trypanosoma brucei GMP reductase through cystathionine-beta-synthase domain.
著者: Imamura, A. / Okada, T. / Mase, H. / Otani, T. / Kobayashi, T. / Tamura, M. / Kubata, B.K. / Inoue, K. / Rambo, R.P. / Uchiyama, S. / Ishii, K. / Nishimura, S. / Inui, T.
履歴
登録2019年12月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2020年3月18日ID: 5X8O
改定 1.02020年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Guanosine 5'-monophosphate Reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,4563
ポリマ－53,8381
非ポリマー6182
水543
1
A: Guanosine 5'-monophosphate Reductase
ヘテロ分子
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)435,65124
ポリマ－430,7068
非ポリマー4,94516
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
crystal symmetry operation5_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation6_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
Buried area33380 Å2
ΔGint-238 kcal/mol
Surface area119840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.107, 144.107, 135.698
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

#1: タンパク質 Guanosine 5'-monophosphate Reductase / GMP reductase


分子量: 53838.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q57ZS7, GMP reductase
#2: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
由来についての詳細The source organism of sequence reference UniProtKB entry Q57ZS7 (Q57ZS7_TRYB2), is described as ...The source organism of sequence reference UniProtKB entry Q57ZS7 (Q57ZS7_TRYB2), is described as 'Trypanosoma brucei brucei (strain 927/4 GUTat10.1)'. But, in this study, the gene for TbGMPR was isolated from Trypanosoma brucei brucei (strain ILTat1.4). The amino acid sequences of the enzymes from two strains are identical.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M HEPES (pH 7.5), 0.8M NaH2PO4, 0.8M KH2PO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→49.4 Å / Num. obs: 24874 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 24.4 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 43.4
反射 シェル解像度: 2.5→2.65 Å / 冗長度: 18.1 % / Rmerge(I) obs: 0.921 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 3926 / CC1/2: 0.906 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
Coot0.8.6.1モデル構築
XDS2017-10-10データスケーリング
MOLREP11.4.06位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4dqw

4dqw


解像度: 2.503→33.92 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 26.54
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2443 1243 5 %Random selection
Rwork0.206 ---
obs0.2077 24852 99.87 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.503→33.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2980 0 33 3 3016
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073044
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9384140
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.2461837
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051513
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005532
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5034-2.60360.39381340.31312552X-RAY DIFFRACTION99
2.6036-2.72210.2981370.26062592X-RAY DIFFRACTION100
2.7221-2.86550.27431350.24722579X-RAY DIFFRACTION100
2.8655-3.04490.3041370.24652598X-RAY DIFFRACTION100
3.0449-3.27990.25751370.23492596X-RAY DIFFRACTION100
3.2799-3.60960.27781380.21652628X-RAY DIFFRACTION100
3.6096-4.13110.23791380.19172629X-RAY DIFFRACTION100
4.1311-5.20180.19151400.1732659X-RAY DIFFRACTION100
5.2018-33.920.24261470.19612776X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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