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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ljj | ||||||
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タイトル | Swine dUTPase in complex with alpha,beta-iminodUTP and magnesium ion | ||||||
![]() | Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase, mitochondrial isoform 1 | ||||||
![]() | HYDROLASE / swine dUTPase / sDUT / dUTPase | ||||||
機能・相同性 | ![]() dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / magnesium ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Liang, R. / Peng, G.Q. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural comparisons of host and African swine fever virus dUTPases reveal new clues for inhibitor development. 著者: Liang, R. / Wang, G. / Zhang, D. / Ye, G. / Li, M. / Shi, Y. / Shi, J. / Chen, H. / Peng, G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 50.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 34.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17271.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-DUP / |
#3: 化合物 | ChemComp-MG / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.37 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.9 / 詳細: 0.2 M Magnesium Formate pH 5.9, 20% (w/v) PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2019年11月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.885→50.01 Å / Num. obs: 19159 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rpim(I) all: 0.012 / Rrim(I) all: 0.098 / Χ2: 0.946 / Net I/σ(I): 6 |
反射 シェル | 解像度: 1.885→1.91 Å / 冗長度: 7.78 % / Rmerge(I) obs: 0.788 / Num. unique obs: 770 / CC1/2: 0.977 / CC star: 0.994 / Rpim(I) all: 0.092 / Rrim(I) all: 0.788 / Χ2: 1.222 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6LIW ![]() 6liw 解像度: 1.89→27.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 3.888 / SU ML: 0.105 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.139 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 106.75 Å2 / Biso mean: 22.972 Å2 / Biso min: 12.24 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.89→27.46 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.89→1.934 Å / Rfactor Rfree error: 0
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