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万見
- PDB-6ljb: Crystal Structure of ASFV pS273R protease -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ljb
タイトルCrystal Structure of ASFV pS273R protease
要素Cysteine protease S273R
キーワードHYDROLASE / ASFV / pS273R protease
機能・相同性
機能・相同性情報


virion component / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / viral protein processing / cysteine-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Cysteine protease S273R / Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain / Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain / Papain-like cysteine peptidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
SUMO-1 cysteine protease S273R
類似検索 - 構成要素
生物種African swine fever virus pig/Kenya/KEN-50/1950 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.487 Å
データ登録者Li, G.B. / Liu, X.X. / Chen, C. / Guo, Y.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31670731 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31870733 中国
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2020
タイトル: Crystal Structure of African Swine Fever Virus pS273R Protease and Implications for Inhibitor Design.
著者: Li, G. / Liu, X. / Yang, M. / Zhang, G. / Wang, Z. / Guo, K. / Gao, Y. / Jiao, P. / Sun, J. / Chen, C. / Wang, H. / Deng, W. / Xiao, H. / Li, S. / Wu, H. / Wang, Y. / Cao, L. / Jia, Z. / ...著者: Li, G. / Liu, X. / Yang, M. / Zhang, G. / Wang, Z. / Guo, K. / Gao, Y. / Jiao, P. / Sun, J. / Chen, C. / Wang, H. / Deng, W. / Xiao, H. / Li, S. / Wu, H. / Wang, Y. / Cao, L. / Jia, Z. / Shang, L. / Yang, C. / Guo, Y. / Rao, Z.
履歴
登録2019年12月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年5月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cysteine protease S273R


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7271
ポリマ－32,7271
非ポリマー00
水1,40578
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area12710 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)220.840, 37.988, 33.026
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.440, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Cysteine protease S273R / pS273R


分子量: 32727.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) African swine fever virus pig/Kenya/KEN-50/1950 (ウイルス)
株: Pig/Kenya/KEN-50/1950 / 遺伝子: Ken-123 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0C9B9, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.78 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.6 mM CoA, 0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M Tris, pH8.5, 20% PEG3350.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 1.0083 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0083 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.487→50 Å / Num. obs: 9380 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 5.5 % / CC1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 11.68
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / Num. unique obs: 418 / CC1/2: 0.91

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.487→36.74 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 27.57 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2518 467 5.35 %
Rwork0.223 8254 -
obs0.2245 8721 88.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 89.59 Å2 / Biso mean: 39.3839 Å2 / Biso min: 16.68 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.487→36.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2177 0 0 78 2255
Biso mean---36.57 -
残基数----267
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.487-2.84650.29661050.2751212069
2.8465-3.58590.26811640.2397304598
3.5859-36.740.23511980.2015308998
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1444-0.1541-0.15090.11640.12060.1533-0.08030.3711-0.00910.15490.2418-0.4828-0.0579-0.50610.0040.2764-0.0570.03580.432-0.08920.379819.9065-5.6449-4.7197
20.0855-0.0086-0.04830.09330.08180.10480.03470.5510.17270.08720.15650.22150.1762-0.8665-0.00050.48480.0068-0.00770.55590.02480.60034.1784-11.56066.9931
30.12230.0144-0.06250.1211-0.03540.05620.1038-0.4169-0.28270.47970.12390.5516-0.0317-0.3643-0.00080.48660.05560.05030.51670.16080.53119.0369-10.618615.6879
40.20960.1670.09110.1749-0.04870.07660.0239-0.0413-0.2572-0.019-0.13350.09750.0358-0.0521-0.00150.22080.02170.02290.21850.00180.221825.5305-1.95225.6441
50.19560.09260.03080.04550.08830.13380.1082-0.42770.03330.16860.164-0.3160.04210.06410.00030.35840.0424-0.01380.3397-0.00230.334444.01330.883310.0522
60.72570.0546-0.18111.26830.61060.43160.274-0.4127-0.2365-0.0954-0.0167-0.36950.5608-0.03810.42330.388-0.0207-0.01840.32940.09060.294937.4709-12.00778.7351
70.48680.1314-0.01870.3683-0.40910.3487-0.0240.10390.0235-0.137-0.02940.1991-0.29260.0388-0.00010.3121-0.0117-0.04490.28-0.00670.320239.29414.9824-0.4931
80.5394-0.0405-0.22370.726-0.95661.6050.1165-0.08830.00470.0877-0.0089-0.4615-0.18590.9069-0.09760.18740.0144-0.00840.388-0.00920.298751.17292.56531.7356
90.49590.1340.28490.0721-0.07320.47270.00880.19330.0577-0.13570.00210.11730.0094-0.061300.29030.00210.00330.2860.00890.261234.84816.3777-6.9685
100.32060.0024-0.42330.21040.34221.2928-0.2523-0.03970.1020.0559-0.26130.32930.0923-0.5865-0.20110.31950.03490.00070.34940.02360.33119.62545.8745-0.9488
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 21 )A2 - 21
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 22 through 47 )A22 - 47
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 48 through 73 )A48 - 73
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 74 through 109 )A74 - 109
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 110 through 134 )A110 - 134
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 135 through 151 )A135 - 151
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 152 through 194 )A152 - 194
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 195 through 210 )A195 - 210
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 211 through 258 )A211 - 258
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 259 through 273 )A259 - 273

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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