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- PDB-6lir: crystal structure of chicken TCR for 2.0 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lir
タイトルcrystal structure of chicken TCR for 2.0
要素
  • TCR alpha chain
  • TCR beta chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / TCR / Chicken
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.091 Å
データ登録者Zhang, L. / Xia, C.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31972683 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31572493 中国
引用ジャーナル: Iscience / 年: 2020
タイトル: Structural and Biophysical Insights into the TCR alpha beta Complex in Chickens.
著者: Zhang, L. / Liu, Y. / Meng, G. / Liang, R. / Zhang, B. / Xia, C.
履歴
登録2019年12月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TCR alpha chain
B: TCR beta chain
C: TCR alpha chain
D: TCR beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,1774
ポリマ－101,1774
非ポリマー00
水5,405300
1
A: TCR alpha chain
B: TCR beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,5882
ポリマ－50,5882
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4080 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area19690 Å2
手法PISA
2
C: TCR alpha chain
D: TCR beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,5882
ポリマ－50,5882
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3740 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area19710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.430, 83.097, 82.416
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 117.716, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 TCR alpha chain


分子量: 23717.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TCR alpha chain / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質 TCR beta chain


分子量: 26871.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 300 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.98 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.25M Lithium citrate tribasic tetrahydrate 24%PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: Nonius Kappa CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.091→50 Å / Num. obs: 54200 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.114 / Rsym value: 0.114 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 2.091→2.14 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.86 / Mean I/σ(I) obs: 3.263 / Num. unique obs: 52151 / Rsym value: 0.86 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.091→38.744 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 0.008 / SU ML: 0 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.159 / ESU R Free: 0.183 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2359 2731 5.043 %
Rwork0.2046 --
all0.206 --
obs-54149 98.857 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 51.724 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.368 Å20 Å2-0.175 Å2
2--4.275 Å20 Å2
3----1.755 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.091→38.744 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6496 0 0 300 6796
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.1450.3041780.2713453X-RAY DIFFRACTION90.8659
2.145-2.2040.2912430.2493663X-RAY DIFFRACTION98.9612
2.204-2.2680.3141930.2433581X-RAY DIFFRACTION99.0551
2.268-2.3380.2661630.2443507X-RAY DIFFRACTION99.1892
2.338-2.4140.2651520.2513438X-RAY DIFFRACTION99.3359
2.414-2.4990.32050.2513291X-RAY DIFFRACTION99.4595
2.499-2.5930.3021820.2423141X-RAY DIFFRACTION99.2829
2.593-2.6990.2721590.2333044X-RAY DIFFRACTION99.6888
2.699-2.8190.2971450.2312949X-RAY DIFFRACTION99.8064
2.819-2.9560.2681730.232800X-RAY DIFFRACTION99.6648
2.956-3.1160.2541260.2192685X-RAY DIFFRACTION99.8579
3.116-3.3040.2541200.2142560X-RAY DIFFRACTION99.851
3.304-3.5320.2241330.1962384X-RAY DIFFRACTION99.8017
3.532-3.8140.2151220.22221X-RAY DIFFRACTION99.9147
3.814-4.1770.2121140.1782065X-RAY DIFFRACTION99.9541
4.177-4.6680.153710.1521868X-RAY DIFFRACTION99.6403
4.668-5.3870.204750.1611663X-RAY DIFFRACTION99.9425
5.387-6.5880.242580.2121409X-RAY DIFFRACTION99.2558
6.588-9.280.197820.191087X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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