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- PDB-6lin: Crystal structure of human PDK2 complexed with GM10030 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lin
タイトルCrystal structure of human PDK2 complexed with GM10030
要素[Pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase isozyme 2, mitochondrial
キーワードTRANSFERASE / mitochondria / kinase / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


[pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase / pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) kinase activity / regulation of pyruvate decarboxylation to acetyl-CoA / Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex / pyruvate dehydrogenase complex / regulation of ketone metabolic process / regulation of pH / cellular response to nutrient / Signaling by Retinoic Acid / regulation of gluconeogenesis ...[pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase / pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) kinase activity / regulation of pyruvate decarboxylation to acetyl-CoA / Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex / pyruvate dehydrogenase complex / regulation of ketone metabolic process / regulation of pH / cellular response to nutrient / Signaling by Retinoic Acid / regulation of gluconeogenesis / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / regulation of glucose metabolic process / regulation of calcium-mediated signaling / cellular response to reactive oxygen species / glucose metabolic process / insulin receptor signaling pathway / glucose homeostasis / protein kinase activity / mitochondrial matrix / protein homodimerization activity / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase kinase/Pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal / Alpha-ketoacid/pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal domain superfamily / PDK/BCKDK protein kinase / Mitochondrial branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase kinase / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EH0 / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / [Pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase isozyme 2, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.67 Å
データ登録者Kang, J. / Kim, J.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)2016R1D1A1B03930716 韓国
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2020
タイトル: Structural basis for the inhibition of PDK2 by novel ATP- and lipoyl-binding site targeting compounds.
著者: Kang, J. / Pagire, H.S. / Kang, D. / Song, Y.H. / Lee, I.K. / Lee, K.T. / Park, C.J. / Ahn, J.H. / Kim, J.
履歴
登録2019年12月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: [Pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase isozyme 2, mitochondrial
B: [Pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase isozyme 2, mitochondrial
C: [Pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase isozyme 2, mitochondrial
D: [Pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase isozyme 2, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)188,14512
ポリマ－185,3434
非ポリマー2,8028
水2,702150
1
A: [Pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase isozyme 2, mitochondrial
B: [Pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase isozyme 2, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,1617
ポリマ－92,6712
非ポリマー1,4905
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3310 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area32980 Å2
手法PISA
2
C: [Pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase isozyme 2, mitochondrial
D: [Pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase isozyme 2, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,9835
ポリマ－92,6712
非ポリマー1,3123
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2730 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area32840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.420, 156.186, 102.012
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.970, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LEULEUTHRTHRAA13 - 38438 - 409
21LEULEUTHRTHRBB13 - 38438 - 409
12ASPASPTHRTHRAA4 - 38429 - 409
22ASPASPTHRTHRCC4 - 38429 - 409
13LEULEUHISHISAA13 - 38138 - 406
23LEULEUHISHISDD13 - 38138 - 406
14LEULEUGLNGLNBB13 - 38338 - 408
24LEULEUGLNGLNCC13 - 38338 - 408
15LEULEUTYRTYRBB13 - 38238 - 407
25LEULEUTYRTYRDD13 - 38238 - 407
16LEULEUHISHISCC13 - 38138 - 406
26LEULEUHISHISDD13 - 38138 - 406

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
[Pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase isozyme 2, mitochondrial / Pyruvate dehydrogenase kinase 2 / Pyruvate dehydrogenase kinase isoform 2 / PDKII


分子量: 46335.676 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDK2, PDHK2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q15119, [pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase

-
非ポリマー , 5種, 158分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-EH0 / 4-[[[4-[3,5-bis(fluoranyl)-4-(4-oxidanyl-4-oxidanylidene-butoxy)phenyl]-5-[5-chloranyl-2,4-bis(oxidanyl)phenyl]-1,2-oxazol-3-yl]carbonylamino]methyl]benzoic acid


分子量: 602.924 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C28H21ClF2N2O9 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M Lithium sulfate monohydrate, 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2019年4月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.67→50 Å / Num. obs: 49194 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.221 / Rpim(I) all: 0.104 / Rrim(I) all: 0.245 / Χ2: 1.851 / Net I/σ(I): 4.7 / Num. measured all: 259808
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.67-2.725.21.39924700.4120.6541.5482.33299.7
2.72-2.775.31.70624280.6280.7971.8881.5699.8
2.77-2.825.21.35724590.6730.6391.5041.52199.9
2.82-2.885.31.11824560.780.5231.2381.55899.8
2.88-2.945.31.00724520.7870.4711.1141.59699.9
2.94-3.015.30.89324600.8140.4170.9891.59499.9
3.01-3.085.40.78424360.8640.3630.8671.58699.9
3.08-3.175.30.62224740.8690.290.6881.635100
3.17-3.265.40.48324170.9120.2240.5341.681100
3.26-3.365.40.40624860.9460.1880.4491.666100
3.36-3.485.20.33324560.9510.1560.3692.21599.9
3.48-3.625.40.29624520.970.1380.3271.825100
3.62-3.795.20.22124950.9750.1040.2452.436100
3.79-3.995.20.17524330.9820.0840.1952.437100
3.99-4.245.40.13424320.990.0630.1491.83599.8
4.24-4.565.30.09924690.9930.0470.111.984100
4.56-5.025.40.08724750.9950.0410.0971.842100
5.02-5.755.40.09224910.9940.0430.1011.69299.9
5.75-7.245.30.09824820.9930.0460.1081.7499.9
7.24-5050.06224710.9960.0310.072.3698.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0257精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MP2

4mp2


解像度: 2.67→39.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / SU B: 17.655 / SU ML: 0.355 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.382 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2797 2442 5 %RANDOM
Rwork0.2232 ---
obs0.2261 46026 99.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 142.03 Å2 / Biso mean: 48.125 Å2 / Biso min: 17.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.65 Å20 Å22.11 Å2
2---0.78 Å20 Å2
3----3.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.67→39.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11286 0 191 150 11627
Biso mean--62.45 37.73 -
残基数----1448
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01311763
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01710522
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5121.66115986
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2411.5724377
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.17951442
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.07522.402562
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.525151895
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5571560
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.21521
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213108
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022408
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A107180.11
12B107180.11
21A109340.09
22C109340.09
31A106330.11
32D106330.11
41B107540.1
42C107540.1
51B112050.07
52D112050.07
61C106990.1
62D106990.1
LS精密化 シェル解像度: 2.67→2.739 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 163 -
Rwork0.321 3392 -
all-3555 -
obs--99.69 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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