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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6lio | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human PDK2 complexed with GM67520 | ||||||
要素 | [Pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase isozyme 2, mitochondrial | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / mitochondria (ミトコンドリア) / kinase (キナーゼ) / inhibitor (酵素阻害剤) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 [pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase / regulation of acetyl-CoA biosynthetic process from pyruvate / pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) kinase activity / : / regulation of cellular ketone metabolic process / regulation of pH / cellular response to nutrient / Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex / Signaling by Retinoic Acid / regulation of gluconeogenesis ...[pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase / regulation of acetyl-CoA biosynthetic process from pyruvate / pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) kinase activity / : / regulation of cellular ketone metabolic process / regulation of pH / cellular response to nutrient / Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex / Signaling by Retinoic Acid / regulation of gluconeogenesis / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / regulation of glucose metabolic process / regulation of calcium-mediated signaling / cellular response to reactive oxygen species / glucose metabolic process / glucose homeostasis / insulin receptor signaling pathway / ミトコンドリアマトリックス / protein kinase activity / リン酸化 / protein homodimerization activity / ミトコンドリア / 核質 / ATP binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å | ||||||
データ登録者 | Kang, J. / Kim, J. | ||||||
資金援助 | 韓国, 1件
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引用 | ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2020 タイトル: Structural basis for the inhibition of PDK2 by novel ATP- and lipoyl-binding site targeting compounds. 著者: Kang, J. / Pagire, H.S. / Kang, D. / Song, Y.H. / Lee, I.K. / Lee, K.T. / Park, C.J. / Ahn, J.H. / Kim, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6lio.cif.gz | 174.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6lio.ent.gz | 133.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6lio.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/li/6lio ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/li/6lio | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 0 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 14 - 381 / Label seq-ID: 39 - 406
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46335.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDK2, PDHK2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q15119, [pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.21 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2M Ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 25% Polyethylene glycol 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9792 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月23日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.76→50 Å / Num. obs: 86058 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.101 / Χ2: 2.204 / Net I/σ(I): 8 / Num. measured all: 647193 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4MP2 解像度: 1.76→36.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 3.637 / SU ML: 0.107 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.153 / ESU R Free: 0.143 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 126.26 Å2 / Biso mean: 34.766 Å2 / Biso min: 20.17 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.76→36.53 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / 数: 11296 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.11 Å / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.76→1.806 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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