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- PDB-6lhg: Crystal structure of chicken cCD8aa/pBF2*04:01 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lhg
タイトルCrystal structure of chicken cCD8aa/pBF2*04:01
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • CD8 alpha chain
  • IE8 peptide
  • MHC class I alpha chain 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / chicken / complex / BF2*04:01
機能・相同性
機能・相同性情報


cytotoxic T cell differentiation / ER-Phagosome pathway / Endosomal/Vacuolar pathway / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / DAP12 signaling / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / T cell mediated immunity / Neutrophil degranulation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib ...cytotoxic T cell differentiation / ER-Phagosome pathway / Endosomal/Vacuolar pathway / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / DAP12 signaling / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / T cell mediated immunity / Neutrophil degranulation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron ion / negative regulation of forebrain neuron differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / peptide antigen binding / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / cell surface receptor signaling pathway / immune response / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular region / cytosol
類似検索 - 分子機能
CD8 alpha subunit / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Immunoglobulin V-Type / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Immunoglobulin V-set domain / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin V-set domain ...CD8 alpha subunit / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Immunoglobulin V-Type / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Immunoglobulin V-set domain / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
MHC class I alpha chain 2 / Beta-2-microglobulin / T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Liu, Y.J. / Xia, C.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31572493 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31972683 中国
引用ジャーナル: Front Immunol / 年: 2020
タイトル: The Combination of CD8 alpha alpha and Peptide-MHC-I in a Face-to-Face Mode Promotes Chicken gamma delta T Cells Response.
著者: Liu, Y. / Chen, R. / Liang, R. / Sun, B. / Wu, Y. / Zhang, L. / Kaufman, J. / Xia, C.
履歴
登録2019年12月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class I alpha chain 2
B: Beta-2-microglobulin
C: IE8 peptide
G: CD8 alpha chain
H: CD8 alpha chain
D: MHC class I alpha chain 2
E: Beta-2-microglobulin
F: IE8 peptide
I: CD8 alpha chain
J: CD8 alpha chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,10010
ポリマ－141,10010
非ポリマー00
水79344
1
A: MHC class I alpha chain 2
B: Beta-2-microglobulin
C: IE8 peptide
G: CD8 alpha chain
H: CD8 alpha chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,5505
ポリマ－70,5505
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: MHC class I alpha chain 2
E: Beta-2-microglobulin
F: IE8 peptide
I: CD8 alpha chain
J: CD8 alpha chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,5505
ポリマ－70,5505
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)90.576, 90.817, 94.874
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.614, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 MHC class I alpha chain 2 / BF2*04:01 / MHC class I glycoprotein / MHC class I molecule


分子量: 31445.982 Da / 分子数: 2 / 変異: D265E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: B-FIV, BF2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O46790
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 10915.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: B2M / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21611
#3: タンパク質・ペプチド IE8 peptide


分子量: 1010.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: タンパク質
CD8 alpha chain


分子量: 13589.300 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: CD8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6QR64
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.94 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-tris pH 6.5, 25% (w/v) polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.79→50 Å / Num. obs: 37579 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 14.14
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.613 / Num. unique obs: 163307

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4E0R, 1CD8

4e0r

1cd8


解像度: 2.8→29.869 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / SU B: 0.01 / SU ML: 0 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.377 / ESU R Free: 0.431 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2881 1874 4.995 %
Rwork0.2519 --
all0.254 --
obs-37516 99.602 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 80.574 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.532 Å2-0 Å2-3.012 Å2
2--2.446 Å2-0 Å2
3----1.974 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→29.869 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9740 0 0 44 9784
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.8720.4091220.3632582X-RAY DIFFRACTION99.0476
2.872-2.950.3261310.3322547X-RAY DIFFRACTION99.9627
2.95-3.0350.3951320.3192473X-RAY DIFFRACTION99.885
3.035-3.1270.3591240.312415X-RAY DIFFRACTION99.882
3.127-3.2280.3361180.2882322X-RAY DIFFRACTION99.959
3.228-3.340.2981300.2842242X-RAY DIFFRACTION99.8737
3.34-3.4650.2951020.272197X-RAY DIFFRACTION99.9565
3.465-3.6040.2961210.2592078X-RAY DIFFRACTION99.9091
3.604-3.7620.3291070.2542033X-RAY DIFFRACTION99.9533
3.762-3.9430.294960.2491926X-RAY DIFFRACTION99.9012
3.943-4.1520.324930.2471850X-RAY DIFFRACTION99.8458
4.152-4.3990.275900.2161739X-RAY DIFFRACTION99.8362
4.399-4.6950.2211100.2161614X-RAY DIFFRACTION99.5956
4.695-5.0610.272820.2171545X-RAY DIFFRACTION99.7548
5.061-5.5280.227660.2321397X-RAY DIFFRACTION99.3886
5.528-6.1550.271670.2541287X-RAY DIFFRACTION99.3397
6.155-7.0570.299690.2631132X-RAY DIFFRACTION99.6681
7.057-8.5260.278510.217981X-RAY DIFFRACTION99.6139
8.526-11.5990.191370.206787X-RAY DIFFRACTION99.0385
11.599-29.80.3260.25495X-RAY DIFFRACTION97.9323

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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