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- PDB-6lhf: Crystal structure of chicken cCD8aa/pBF2*15:01 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lhf
タイトルCrystal structure of chicken cCD8aa/pBF2*15:01
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • CD8 alpha chain
  • MHC class I
  • RY0808 peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM / chicken / complex / BF2*15:01
機能・相同性
機能・相同性情報


ER-Phagosome pathway / Endosomal/Vacuolar pathway / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / DAP12 signaling / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / Neutrophil degranulation / cellular response to iron ion / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex ...ER-Phagosome pathway / Endosomal/Vacuolar pathway / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / DAP12 signaling / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / Neutrophil degranulation / cellular response to iron ion / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / MHC class I protein complex / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / positive regulation of T cell activation / cellular response to nicotine / positive regulation of cellular senescence / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / protein homotetramerization / adaptive immune response / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / immune response / lysosomal membrane / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular region / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
CD8 alpha subunit / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Immunoglobulin V-Type / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Immunoglobulin V-set domain / MHC classes I/II-like antigen recognition protein ...CD8 alpha subunit / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Immunoglobulin V-Type / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Immunoglobulin V-set domain / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-microglobulin / T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain / MHC class I
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Liu, Y.J. / Xia, C.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31572493 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31972683 中国
引用ジャーナル: Front Immunol / 年: 2020
タイトル: The Combination of CD8 alpha alpha and Peptide-MHC-I in a Face-to-Face Mode Promotes Chicken gamma delta T Cells Response.
著者: Liu, Y. / Chen, R. / Liang, R. / Sun, B. / Wu, Y. / Zhang, L. / Kaufman, J. / Xia, C.
履歴
登録2019年12月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class I
B: Beta-2-microglobulin
C: RY0808 peptide
G: CD8 alpha chain
H: CD8 alpha chain
D: MHC class I
E: Beta-2-microglobulin
F: RY0808 peptide
I: CD8 alpha chain
J: CD8 alpha chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,18710
ポリマ－137,18710
非ポリマー00
水1,946108
1
A: MHC class I
B: Beta-2-microglobulin
C: RY0808 peptide
G: CD8 alpha chain
H: CD8 alpha chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,5935
ポリマ－68,5935
非ポリマー00
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: MHC class I
E: Beta-2-microglobulin
F: RY0808 peptide
I: CD8 alpha chain
J: CD8 alpha chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,5935
ポリマ－68,5935
非ポリマー00
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.340, 66.735, 103.949
Angle α, β, γ (deg.)84.595, 82.041, 67.506
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 MHC class I / BF2*15:01 / MHC class I alpha chain 2 / MHC class I molecule


分子量: 30657.658 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: BF2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9GIP6
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / beta2m


分子量: 10800.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: B2M / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21611
#3: タンパク質・ペプチド RY0808 peptide


分子量: 1126.205 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: タンパク質
CD8 alpha chain


分子量: 13004.692 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: CD8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6QR64
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.09 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M sodium chloride, 25% (w/v) polyethylene glycol 3,350,0.1 M HEPES pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97972 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97972 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 36586 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 38.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 11.587
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.516 / Num. unique obs: 108500 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4E0R

4e0r


解像度: 2.7→29.893 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.905 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.862 / SU B: 0.011 / SU ML: 0 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.394 / ESU R Free: 0.465 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 1662 5.024 %
Rwork0.2533 --
all0.256 --
obs-33078 95.458 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 51.453 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.194 Å22.343 Å22.222 Å2
2--3.484 Å23.917 Å2
3---0.977 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→29.893 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9656 0 0 108 9764
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.770.3861420.3342346X-RAY DIFFRACTION97.8757
2.77-2.8450.3431300.322281X-RAY DIFFRACTION98.2478
2.845-2.9260.3461090.2992270X-RAY DIFFRACTION98.0223
2.926-3.0160.37980.2872226X-RAY DIFFRACTION98.5163
3.016-3.1130.3221040.2842094X-RAY DIFFRACTION98.1688
3.113-3.2220.3471110.272096X-RAY DIFFRACTION98.3512
3.222-3.3420.3411230.261932X-RAY DIFFRACTION97.8106
3.342-3.4760.277790.2441914X-RAY DIFFRACTION97.5049
3.476-3.6290.313790.2371826X-RAY DIFFRACTION97.2435
3.629-3.8030.285970.2291697X-RAY DIFFRACTION96.8683
3.803-4.0050.274760.2381627X-RAY DIFFRACTION94.8746
4.005-4.2430.281900.2241505X-RAY DIFFRACTION93.2203
4.243-4.530.266640.2221328X-RAY DIFFRACTION88.6624
4.53-4.8840.244780.2111229X-RAY DIFFRACTION87.9542
4.884-5.3360.263580.2371167X-RAY DIFFRACTION90.3392
5.336-5.9420.289620.2691092X-RAY DIFFRACTION93.2149
5.942-6.8170.355630.279999X-RAY DIFFRACTION95.7619
6.817-8.2430.309370.257834X-RAY DIFFRACTION92.4628
8.243-11.2410.226440.223580X-RAY DIFFRACTION85.1296
11.241-29.80.247180.269373X-RAY DIFFRACTION86.6962

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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