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- PDB-6lgx: Structure of Rabies virus glycoprotein at basic pH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lgx
タイトルStructure of Rabies virus glycoprotein at basic pH
要素Glycoprotein,Glycoprotein,Glycoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / functional class
機能・相同性Rhabdovirus glycoprotein / Rhabdovirus spike glycoprotein / viral envelope / virion membrane / membrane / Glycoprotein / Glycoprotein / Glycoprotein / Glycoprotein
機能・相同性情報
生物種Rabies lyssavirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.097 Å
データ登録者Yang, F.L. / Lin, S. / Ye, F. / Yang, J. / Qi, J.X. / Chen, Z.J. / Lin, X. / Wang, J.C. / Yue, D. / Cheng, Y.W. ...Yang, F.L. / Lin, S. / Ye, F. / Yang, J. / Qi, J.X. / Chen, Z.J. / Lin, X. / Wang, J.C. / Yue, D. / Cheng, Y.W. / Chen, Z.M. / Chen, H. / You, Y. / Zhang, Z.L. / Yang, Y. / Yang, M. / Sun, H.L. / Li, Y.H. / Cao, Y. / Yang, S.Y. / Wei, Y.Q. / Gao, G.F. / Lu, G.W.
引用ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2020
タイトル: Structural Analysis of Rabies Virus Glycoprotein Reveals pH-Dependent Conformational Changes and Interactions with a Neutralizing Antibody.
著者: Yang, F. / Lin, S. / Ye, F. / Yang, J. / Qi, J. / Chen, Z. / Lin, X. / Wang, J. / Yue, D. / Cheng, Y. / Chen, Z. / Chen, H. / You, Y. / Zhang, Z. / Yang, Y. / Yang, M. / Sun, H. / Li, Y. / ...著者: Yang, F. / Lin, S. / Ye, F. / Yang, J. / Qi, J. / Chen, Z. / Lin, X. / Wang, J. / Yue, D. / Cheng, Y. / Chen, Z. / Chen, H. / You, Y. / Zhang, Z. / Yang, Y. / Yang, M. / Sun, H. / Li, Y. / Cao, Y. / Yang, S. / Wei, Y. / Gao, G.F. / Lu, G.
履歴
登録2019年12月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycoprotein,Glycoprotein,Glycoprotein
B: Glycoprotein,Glycoprotein,Glycoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,2672
ポリマ－99,2672
非ポリマー00
水00
1
A: Glycoprotein,Glycoprotein,Glycoprotein

B: Glycoprotein,Glycoprotein,Glycoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,2672
ポリマ－99,2672
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_556x,y,z+11
Buried area5380 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area39280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)192.440, 138.447, 61.442
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.020, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Glycoprotein,Glycoprotein,Glycoprotein


分子量: 49633.281 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rabies lyssavirus (ウイルス) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: Q5JZZ2, UniProt: Q2Z2I1, UniProt: D8VEC1, UniProt: O92284*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.7 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1 M BICINE, 14% Polyethylene glycol 300

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.097→50 Å / Num. obs: 28680 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 106.98 Å2 / CC1/2: 0.985 / Net I/σ(I): 14.45
反射 シェル解像度: 3.097→3.21 Å / 冗長度: 6.7 % / Num. unique obs: 2852 / CC1/2: 0.659 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
PHENIX1.16-3549精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6LGW

6lgw


解像度: 3.097→47.398 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 36.37
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2846 1344 4.69 %
Rwork0.2422 --
obs0.2442 28656 99.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 248.86 Å2 / Biso mean: 123.7361 Å2 / Biso min: 50.24 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.097→47.398 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5695 0 0 0 5695
残基数----725
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045851
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7397934
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048873
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061008
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7843564
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.097-3.20720.43971260.3982260995
3.2072-3.33560.38361150.3412705100
3.3356-3.48730.37971370.30832746100
3.4873-3.67110.4081470.30042734100
3.6711-3.9010.30781420.2789270699
3.901-4.20210.30911340.22742741100
4.2021-4.62460.23291350.2042761100
4.6246-5.29310.24831310.20032752100
5.2931-6.66570.27091330.24832781100
6.6657-47.3980.25211440.2229277799
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 42.622 Å / Origin y: 23.2452 Å / Origin z: 14.9364 Å
111213212223313233
T0.5812 Å20.0271 Å20.0523 Å2-0.5983 Å2-0.0712 Å2--0.6259 Å2
L0.0862 °20.0934 °20.3157 °2-0.2929 °20.2595 °2--1.2198 °2
S0.0434 Å °0.0059 Å °0.0082 Å °0.1656 Å °-0.0617 Å °0.0118 Å °-0.0949 Å °-0.0262 Å °0.0247 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 419
2X-RAY DIFFRACTION1allB2 - 408

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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