PDB-6lfr: Poa1p in complex with ADP-ribose

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6lfr

タイトル

Poa1p in complex with ADP-ribose

要素

ADP-ribose 1''-phosphate phosphatase

キーワード

HYDROLASE / deacetylase / macro domain

機能・相同性

機能・相同性情報

ADP-ribosyl-[dinitrogen reductase] hydrolase activity / tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / ADP-ribose 1''-phosphate phosphatase / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / phosphatase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.78 Å

データ登録者

Chiu, Y.C. / Hsu, C.H.

資金援助

台湾, 2件

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2021
タイトル: Expanding the Substrate Specificity of Macro Domains toward 3''-Isomer of O-Acetyl-ADP-ribose
著者: Chiu, Y.C. / Tseng, M.C. / Hsu, C.H.

履歴

登録	2019年12月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年12月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年6月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6lfr.cif.gz	89.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6lfr.ent.gz	65.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6lfr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6lfr_validation.pdf.gz	755.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6lfr_full_validation.pdf.gz	758 KB	表示
XML形式データ	6lfr_validation.xml.gz	11.3 KB	表示
CIF形式データ	6lfr_validation.cif.gz	15.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lf/6lfr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lf/6lfr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6lfqSC 6lfsC 6lftC 6lfuC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5gzf-d 5gzd-d 6lft-d 1w74-1 1twq-d 6lfu-2 3hmb-3 3hmb-1 5gze-d 2aph-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ADP-ribose 1''-phosphate phosphatase

ヘテロ分子

20.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, monomeric protein

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.619, 85.619, 37.945
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	172
Space group name H-M	P6₄

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-425- HOH
2	1	A-437- HOH

#1: タンパク質	ADP-ribose 1''-phosphate phosphatase / [Protein ADP-ribosylglutamate] hydrolase 分子量: 20244.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: S288c / 遺伝子: POA1, YBR022W, YBR0304 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P38218, ADP-ribose 1''-phosphate phosphatase, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-APR / ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 559.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₃N₅O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.98 %
結晶化	温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Ammonium sulfate, Sodium cacodylate trihydrate, PEG 8000, Glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twin	Operator: h,-h-k,-l / Fraction: 0.02
反射	解像度: 1.78→26.518 Å / Num. obs: 15302 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 9.7 % / CC_1/2: 0.985 / Net I/σ(I): 51.3
反射シェル	解像度: 1.78→1.84 Å / CC_1/2: 0.917

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6LFQ

6lfq

解像度: 1.78→26.518 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3.14 / 位相誤差: 20.43

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2029	1521	10.08 %
R_work	0.1751	-	-
obs	0.1781	15094	97.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 95.33 Å² / B_iso mean: 28.9327 Å² / B_iso min: 8.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.78→26.518 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1313	0	36	177	1526
B_iso mean	-	-	20.62	46.51	-
残基数	-	-	-	-	166

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7812-1.8387	0.3027	119	0.2179	1063	1182	77
1.8387-1.9043	0.231	139	0.2139	1263	1402	90
1.9043-1.9805	0.2211	138	0.2096	1232	1370	90
1.9805-2.0705	0.2444	139	0.2068	1226	1365	90
2.0705-2.1795	0.2621	136	0.1984	1269	1405	90
2.1795-2.3158	0.2044	145	0.2048	1249	1394	90
2.3158-2.4942	0.227	137	0.1901	1248	1385	90
2.4942-2.7445	0.2095	146	0.2041	1268	1414	90
2.7445-3.1399	0.1959	139	0.1778	1255	1394	90
3.1399-3.9495	0.1953	137	0.1373	1275	1412	90
3.9495-18.3813	0.1599	136	0.1409	1218	1354	84

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9216	-0.3906	0.1328	2.0252	-0.1689	1.6144	0.2147	0.6216	0.1198	-0.2352	-0.2602	0.1432	0.1372	0.1537	0.0254	0.1108	0.0361	-0.0169	0.2164	0.0037	0.14	24.6857	22.9143	-2.9557
2	4.9156	0.6133	-4.0874	3.9084	3.6604	7.9378	0.1348	0.3075	0.6467	-0.3447	-0.0224	-0.1027	-0.3885	0.1663	-0.0889	0.1312	-0.0243	0.0054	0.2043	0.0994	0.2063	33.3194	27.5914	0.2561
3	2.0104	-0.0755	-0.3185	4.3778	-2.2024	2.4229	-0.1273	-0.4029	0.093	0.3668	-0.0532	-0.0153	-0.0652	0.0788	0.1142	0.1457	0.044	-0.0427	0.1305	-0.0144	0.1439	32.8367	18.646	12.8606
4	3.2098	-2.3342	-0.33	6.7872	0.9733	2.7657	-0.0631	-0.0877	0.0049	0.2256	0.0715	0.2029	-0.0133	-0.1019	-0.0021	0.0902	0.0151	-0.0191	0.1009	-0.0155	0.1314	25.0692	21.3929	6.7116
5	1.4556	-0.429	-0.1341	1.8081	-0.0223	1.3742	0.1654	0.3582	-0.5265	-0.0584	-0.0307	0.4815	0.4075	-0.0462	0.0887	0.2562	0.0386	-0.0851	0.1896	-0.1099	0.4355	25.9789	8.8389	1.8825
6	4.4502	-2.1856	1.3799	2.0947	0.1134	2.2536	-0.1749	-0.6539	-0.1008	0.3347	0.1454	-0.0575	0.1164	-0.052	0.022	0.2172	0.028	0.0313	0.3034	-0.0162	0.1712	17.9887	24.8799	13.1199
7	0.6967	-0.1845	-0.8353	0.9244	0.1739	1.5529	0.1469	0.3636	-0.1989	-0.1197	-0.038	0.0173	0.1695	0.0359	0.2044	0.1607	0.0725	-0.0484	0.2721	-0.1156	0.1365	23.5589	18.2094	-3.4942
8	0.3752	-0.2343	-0.6307	0.573	0.976	2.2903	-0.0296	0.1588	-0.1488	0.0714	0.0059	0.0066	0.4923	-0.1201	0.1891	0.3674	0.059	-0.1387	0.4222	-0.2661	0.475	20.249	9.0321	-8.3467
9	6.8427	3.8445	-1.6166	5.5715	-2.3153	3.1686	-0.19	0.5526	-0.2546	-0.3255	0.049	0.385	0.1877	-0.4058	0.021	0.2181	0.0606	-0.0903	0.3879	-0.127	0.2608	17.5983	18.3264	-6.8658

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 33 )	A	2 - 33
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 34 through 43 )	A	34 - 43
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 44 through 61 )	A	44 - 61
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 62 through 84 )	A	62 - 84
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 85 through 113 )	A	85 - 113
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 114 through 136 )	A	114 - 136
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 137 through 155 )	A	137 - 155
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 156 through 166 )	A	156 - 166
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 167 through 177 )	A	167 - 177

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新型コロナ情報

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