PDB-6lfa: Structure of the N-terminal domain of Wag31

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6lfa

タイトル

Structure of the N-terminal domain of Wag31

要素

Cell wall synthesis protein Wag31

キーワード

LIPID BINDING PROTEIN / DivIVA / Wag31 / Mycobacterial polar growth

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of growth rate / peptidoglycan-based cell wall biogenesis / cell pole / peptidoglycan-based cell wall / regulation of cell shape / protein stabilization / cell division / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Chaudhuri, B.N. / Choukate, K.

引用

ジャーナル: Iucrj / 年: 2020
タイトル: Structural basis of self-assembly in the lipid-binding domain of mycobacterial polar growth factor Wag31
著者: Chaudhuri, B.N. / Choukate, K.

履歴

登録	2019年11月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年7月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6lfa.cif.gz	76 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6lfa.ent.gz	46.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6lfa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6lfa_validation.pdf.gz	444.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6lfa_full_validation.pdf.gz	444.4 KB	表示
XML形式データ	6lfa_validation.xml.gz	7.3 KB	表示
CIF形式データ	6lfa_validation.cif.gz	9.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lf/6lfa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lf/6lfa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2wujS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3ool-d 1b8x-d 2yl5-4 3c0w-d 1r7m-1 4un9-2 1r7m-2 2yl9-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cell wall synthesis protein Wag31

B: Cell wall synthesis protein Wag31

ヘテロ分子

17.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cell wall synthesis protein Wag31

B: Cell wall synthesis protein Wag31

ヘテロ分子

A: Cell wall synthesis protein Wag31

B: Cell wall synthesis protein Wag31

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS
35 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.988, 53.768, 61.240
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.793, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Cell wall synthesis protein Wag31 / Antigen 84 分子量: 8667.498 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: wag31, ag84, Rv2145c, MTCY270.23 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WMU1
#2: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.5 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.2 M MgCl2, 0.1 M Na cacodylate, 50% (v/v) PEG 200

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→30.08 Å / Num. obs: 6374 / % possible obs: 98.56 % / 冗長度: 12.1 % / B_iso Wilson estimate: 21.75 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.235 / R_pim(I) all: 0.07 / R_rim(I) all: 0.245 / Net I/σ(I): 7.45
反射シェル	解像度: 2.301→2.383 Å / 冗長度: 9.9 % / R_merge(I) obs: 1.05 / Mean I/σ(I) obs: 2.22 / Num. unique obs: 592 / CC_1/2: 0.765 / R_pim(I) all: 0.345 / % possible all: 92.21

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
MOLREP		位相決定
Aimless		データスケーリング
Coot		モデル構築
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2WUJ

2wuj

解像度: 2.3→30.08 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2246	353	5.54 %	Random
R_work	0.1746	-	-	-
obs	-	6363	98.56 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.58 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→30.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1086	0	10	36	1132

拘束条件

タイプ: f_dihedral_angle_d / Dev ideal: 12.8239 / 数: 688

LS精密化シェル

解像度: 2.301→2.383 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2452	-	-
R_work	0.1797	-	-
obs	-	592	92.21 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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