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- PDB-6le3: Crystal structure of gluconate 5-dehydrogenase from Lentibacter a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6le3
タイトルCrystal structure of gluconate 5-dehydrogenase from Lentibacter algarum
要素Gluconate 5-dehydrogenase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / gluconate 5-dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor
類似検索 - 分子機能
Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETYL GROUP / Gluconate 5-dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Lentibacter algarum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Yuan, H.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of gluconate 5-dehydrogenase from Lentibacter algarum.
著者: Tian, D. / Fu, X. / Cao, W. / Yuan, H.
履歴
登録2019年11月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Gluconate 5-dehydrogenase
F: Gluconate 5-dehydrogenase
G: Gluconate 5-dehydrogenase
H: Gluconate 5-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,89513
ポリマ－108,4984
非ポリマー3969
水6,936385
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14420 Å2
ΔGint-108 kcal/mol
Surface area31430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.424, 55.484, 79.158
Angle α, β, γ (deg.)100.509, 105.662, 97.988
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LEULEUPROPRO(chain 'E' and resid 7 through 253)EA7 - 18817 - 198
12PROPROALAALA(chain 'E' and resid 7 through 253)EA192 - 252202 - 262
23LEULEUPROPRO(chain 'F' and (resid 7 through 190 or resid 192 through 253))FB7 - 18817 - 198
24PROPROALAALA(chain 'F' and (resid 7 through 190 or resid 192 through 253))FB192 - 252202 - 262
35LEULEUPROPRO(chain 'G' and (resid 7 through 190 or resid 192 through 253))GC7 - 18817 - 198
36PROPROALAALA(chain 'G' and (resid 7 through 190 or resid 192 through 253))GC192 - 252202 - 262
47LEULEUPROPRO(chain 'H' and (resid 7 through 190 or resid 192 through 253))HD7 - 18817 - 198
48PROPROALAALA(chain 'H' and (resid 7 through 190 or resid 192 through 253))HD192 - 252202 - 262

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要素

#1: タンパク質
Gluconate 5-dehydrogenase


分子量: 27124.596 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lentibacter algarum (バクテリア)
遺伝子: SAMN05444486_10810 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1H3NGY9
#2: 化合物
ChemComp-ACE / ACETYL GROUP / アセトアルデヒド


分子量: 44.053 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H4O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 385 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1.2 M Ammonium Chloride, 0.1 M Sodium Acetate, pH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.988 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.988 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 49082 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 26.46 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rpim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 10.34
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / Rmerge(I) obs: 0.407 / Mean I/σ(I) obs: 3.36 / Num. unique obs: 2093 / Rpim(I) all: 0.272 / Rsym value: 0.379

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3UF0

3uf0


解像度: 2.1→37.4 Å / SU ML: 0.2847 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 26.5419
Rfactor反射数%反射
Rfree0.254 2430 5.08 %
Rwork0.203 --
obs0.2056 47853 93.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 28.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→37.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7123 0 27 385 7535
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00857266
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.12669863
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06191142
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071307
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.30124265
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.140.2773960.22145X-RAY DIFFRACTION73.43
2.14-2.190.27621400.23812353X-RAY DIFFRACTION84.91
2.19-2.240.33371550.22522550X-RAY DIFFRACTION90.41
2.24-2.30.29521370.22332680X-RAY DIFFRACTION93.93
2.3-2.360.28711370.21862695X-RAY DIFFRACTION94.91
2.36-2.430.27481530.20672689X-RAY DIFFRACTION93.55
2.43-2.510.28811260.21392650X-RAY DIFFRACTION92.66
2.51-2.60.27211360.22122737X-RAY DIFFRACTION96.67
2.6-2.70.27641440.22362771X-RAY DIFFRACTION97.23
2.7-2.830.30361610.20722740X-RAY DIFFRACTION97.19
2.83-2.970.24551540.22232760X-RAY DIFFRACTION97.43
2.97-3.160.29951620.21722758X-RAY DIFFRACTION96.66
3.16-3.40.26421370.19592746X-RAY DIFFRACTION96.97
3.4-3.750.21551520.18362798X-RAY DIFFRACTION98.14
3.75-4.290.20891500.17692803X-RAY DIFFRACTION98.04
4.29-5.40.20011460.17982758X-RAY DIFFRACTION97.55
5.4-37.40.25781440.21592790X-RAY DIFFRACTION97.57

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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