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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ldt | ||||||
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タイトル | K245A mutant of L-tyrosine decarboxylase from Methanocaldococcus jannaschii complexed with a post-decarboxylation quinonoid-like intermediate formed with L-tyrosine | ||||||
![]() | L-tyrosine/L-aspartate decarboxylase | ||||||
![]() | LYASE / PLP dependent decarboxylase / Catalytic Domain / Models / Molecular / Protein Conformation / PLP / Tyrosine / Quinonoid / Tyrosine Decarboxylase / Structure-Activity Relationship / Dunathan alignment | ||||||
機能・相同性 | ![]() methanofuran biosynthetic process / tyrosine decarboxylase / tyrosine decarboxylase activity / aspartate 1-decarboxylase / aspartate 1-decarboxylase activity / carboxylic acid metabolic process / coenzyme A biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Manoj, N. / Chellam Gayathri, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural insights into the mechanism of internal aldimine formation and catalytic loop dynamics in an archaeal Group II decarboxylase. 著者: Chellam Gayathri, S. / Manoj, N. #1: ![]() タイトル: Structural insights into the mechanism of internal aldimine formation and catalytic loop dynamics in an archaeal Group II decarboxylase. 著者: Chellam Gayathri, S. / Manoj, N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 100.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 70.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47600.730 Da / 分子数: 1 / 変異: K245A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440 遺伝子: mfnA, MJ0050 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q60358, aspartate 1-decarboxylase, tyrosine decarboxylase | ||||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #4: 化合物 | ChemComp-EBR / [( | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.8 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4 詳細: 0.1M sodium citrate pH 5.4, 0.2M sodium potassium tartarate, 2.0M ammonium sulphate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年3月14日 |
放射 | モノクロメーター: Double mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.93→38.25 Å / Num. obs: 45548 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 25.9 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.134 / Net I/σ(I): 14.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.93→1.98 Å / 冗長度: 11.8 % / Rmerge(I) obs: 1.142 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 2993 / CC1/2: 0.716 / Rpim(I) all: 0.342 / Rrim(I) all: 1.193 / % possible all: 99.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6LDR 解像度: 1.93→38.25 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.12
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 65.29 Å2 / Biso mean: 27.8448 Å2 / Biso min: 10.82 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.93→38.25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.93→1.97 Å / Rfactor Rfree error: 0
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