PDB-6ld0: Structure of Bifidobacterium dentium beta-glucuronidase complexed...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ld0

タイトル

Structure of Bifidobacterium dentium beta-glucuronidase complexed with C6-hexyl uronic isofagomine

要素

LacZ1 Beta-galactosidase

キーワード

CARBOHYDRATE / inhibitor / complex / glycosidase

機能・相同性

機能・相同性情報

: / beta-glucuronidase / beta-glucuronidase activity / beta-galactosidase activity / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Bifidobacterium dentium (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.901 Å

データ登録者

Lin, H.-Y. / Hsieh, T.-J. / Lin, C.-H.

資金援助

台湾, 1件

引用

ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021
タイトル: Entropy-driven binding of gut bacterial beta-glucuronidase inhibitors ameliorates irinotecan-induced toxicity.
著者: Lin, H.Y. / Chen, C.Y. / Lin, T.C. / Yeh, L.F. / Hsieh, W.C. / Gao, S. / Burnouf, P.A. / Chen, B.M. / Hsieh, T.J. / Dashnyam, P. / Kuo, Y.H. / Tu, Z. / Roffler, S.R. / Lin, C.H.

履歴

登録	2019年11月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年1月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年8月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ld0.cif.gz	982.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ld0.ent.gz	814.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ld0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6ld0_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ld0_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	6ld0_validation.xml.gz	100.3 KB	表示
CIF形式データ	6ld0_validation.cif.gz	146.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ld/6ld0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ld/6ld0	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6ld6C 6ldbC 6ldcC 6lddC 6legC 6lejC 6lelC 6lemC 3k46S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5z1b-d 6ldd-d 6ldb-d 6ld6-d 5c70-1 5z19-2 6jz1-1 4jkl-1 6eca-1 6lem-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (12) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (12)

登録構造単位

A: LacZ1 Beta-galactosidase

B: LacZ1 Beta-galactosidase

C: LacZ1 Beta-galactosidase

D: LacZ1 Beta-galactosidase

ヘテロ分子

299 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.914, 105.395, 162.293
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 91.160, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B
3	1	chain C
4	1	chain D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Auth seq-ID: -1 - 667 / Label seq-ID: 1 - 669

Dom-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	chain A	A	A
2	chain B	B	B
3	chain C	C	C
4	chain D	D	D

#1: タンパク質	LacZ1 Beta-galactosidase 分子量: 74588.648 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bifidobacterium dentium (strain ATCC 27534 / DSM 20436 / JCM 1195 / Bd1) (バクテリア) 株: ATCC 27534 / DSM 20436 / JCM 1195 / Bd1 / 遺伝子: lacZ1, BDP_2112 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D2Q7B1, beta-galactosidase
#2: 化合物	ChemComp-E8X / (2~{S},3~{S},4~{R},5~{R})-2-hexyl-4,5-bis(oxidanyl)piperidine-3-carboxylic acid 分子量: 245.315 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₃NO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1608 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.81 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.5, 8% w/v PEG 20K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSRRC

/ ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月5日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 241740 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 17.25 Å² / R_merge(I) obs: 0.077 / R_pim(I) all: 0.044 / R_rim(I) all: 0.089 / Χ²: 0.854 / Net I/σ(I): 9.5 / Num. measured all: 980607

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.9-1.97	4.1	0.446	24343	0.881	0.25	0.513	1.268	99.8
1.97-2.05	4.2	0.44	24347	0.879	0.246	0.505	0.611	99.9
2.05-2.14	4.2	0.287	24378	0.93	0.16	0.329	0.639	99.9
2.14-2.25	4	0.278	24405	0.955	0.159	0.321	1.372	99.8
2.25-2.39	4	0.252	24369	0.961	0.144	0.291	1.003	99.8
2.39-2.58	4.2	0.108	24452	0.986	0.06	0.124	0.654	99.9
2.58-2.84	4.1	0.069	24409	0.992	0.039	0.08	0.634	99.9
2.84-3.25	4.1	0.042	24442	0.996	0.024	0.048	0.643	99.8
3.25-4.09	3.8	0.038	22025	0.996	0.022	0.044	1.224	89.6
4.09-30	3.8	0.018	24570	0.999	0.011	0.021	0.56	98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
Blu-Ice		データ収集
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3k46

3k46

解像度: 1.901→20.194 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 24

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2349	1776	1 %
R_work	0.2009	-	-
obs	0.2012	216169	88.15 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 158.16 Å² / B_iso mean: 29.82 Å² / B_iso min: 4.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.901→20.194 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19636	0	68	1608	21312
B_iso mean	-	-	25.82	35.46	-
残基数	-	-	-	-	2480

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	20228
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.003	27516
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	2896
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	3644
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.423	7228

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	11680	X-RAY DIFFRACTION	7.632	TORSIONAL
1	2	B	11680	X-RAY DIFFRACTION	7.632	TORSIONAL
1	3	C	11680	X-RAY DIFFRACTION	7.632	TORSIONAL
1	4	D	11680	X-RAY DIFFRACTION	7.632	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.9011-1.9524	0.5174	103	0.5207	13128	70
1.9524-2.0098	0.3089	106	0.3188	13096	71
2.0098-2.0746	0.2519	144	0.2148	17220	92
2.0746-2.1487	0.2268	147	0.2066	17500	94
2.1487-2.2346	0.3729	112	0.2887	12916	69
2.2346-2.3362	0.384	109	0.3446	13891	74
2.3362-2.4592	0.2141	144	0.1811	17988	96
2.4592-2.6129	0.2007	160	0.1783	18253	98
2.6129-2.8142	0.1974	155	0.1781	18488	99
2.8142-3.0965	0.2389	155	0.1771	18529	99
3.0965-3.5425	0.1844	156	0.1613	18480	99
3.5425-4.4552	0.2003	128	0.1504	16010	85
4.4552-20.194	0.1876	157	0.1546	18894	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.051	-0.0344	0.0023	0.0424	-0.0181	0.013	0.0003	0.0266	0.0583	-0.0305	-0.0245	-0.0149	0.0009	0.008	-0.0031	0.1401	0.0173	-0.0185	0.067	0.026	0.1704	-26.687	33.1308	-78.2212
2	0.0531	-0.0163	-0.0285	0.0027	0.0065	0.0117	-0.0197	-0.0548	0.09	0.0617	-0.0011	0.037	-0.063	-0.0215	-0.0149	0.1666	0.0616	-0.0346	0.0365	-0.0334	0.2185	-37.1803	39.1751	-55.3744
3	0.0399	0.017	0.0174	0.0038	0.0066	0.0083	-0.0165	0.115	-0.0613	-0.116	-0.0031	0.0792	0.0109	-0.0291	-0.0113	0.2215	-0.0297	-0.0774	0.1056	-0.0412	0.1764	-47.3307	9.2993	-87.7477
4	0.1711	0.0531	-0.0008	0.1572	-0.0687	0.1024	-0.0034	-0.0647	-0.0114	-0.0115	0.0073	0.0838	-0.0081	-0.0629	0.0008	0.0633	0.0073	-0.0096	0.091	-0.005	0.1318	-46.5821	17.0622	-59.8053
5	0.0532	-0.0156	0.0094	0.0371	0.0065	0.0505	0.0475	0.0615	-0.0763	-0.0755	-0.0334	-0.0159	0.082	-0.0046	0.0374	0.1896	0.0298	-0.0021	0.0695	-0.0273	0.1585	-18.3926	5.0426	-79.9232
6	0.0383	-0.0167	0.0135	0.0106	-0.0035	0.0038	-0.0256	-0.0498	-0.0732	0.023	0.0143	-0.0163	0.0437	0.0241	-0.0118	0.1633	0.0457	-0.0193	0.0361	0.0258	0.2138	-8.355	-3.9344	-57.8067
7	0.0453	0.0136	-0.0256	0.0231	0.0046	0.0358	-0.0257	0.1404	0.083	-0.0907	-0.0608	-0.0864	-0.0419	0.0374	-0.0167	0.2654	-0.0237	0.0716	0.1865	0.0718	0.2706	2.4371	29.8445	-85.9247
8	0.1977	0.0662	0.0254	0.1159	0.0227	0.1056	0.0014	-0.0488	0.0032	-0.0237	-0.0139	-0.0943	0.0061	0.0329	0.001	0.1062	0.0152	0.0085	0.1022	0.0204	0.1698	1.2062	18.5276	-59.3138
9	0.0165	-0.0256	-0.0016	0.0305	0.0024	0.0155	-0.0325	-0.1439	0.0175	0.0919	-0.0014	0.0086	-0.0219	0.0281	0	0.2505	-0.0136	-0.0221	0.4459	0.0352	0.153	-8.6141	12.878	-4.736
10	0.0184	0.004	-0.0051	0.0104	0.0031	0.0154	0.0341	-0.0809	-0.0316	0.037	-0.0488	-0.0285	-0.0067	0.0187	-0.0003	0.2171	0.0245	-0.0369	0.4106	0.0602	0.1743	0.854	1.603	-24.193
11	0.0104	-0.0056	0.0093	0.0019	-0.005	0.0078	0.0061	-0.0341	0.0082	0.0108	-0.0523	-0.0684	0.0241	-0.0132	0	0.2224	0.015	-0.0193	0.3465	0.0664	0.2056	1.2251	8.1325	-27.9725
12	0.0019	0.0065	-0.0055	0.0067	-0.0113	0.0125	-0.0063	-0.0878	-0.0553	0.0562	0.0448	0.0481	0.0375	-0.0091	0.0463	0.3409	-0.0857	0.0488	0.5156	0.2314	0.222	-28.5951	-12.2057	2.3491
13	0.056	0.0153	-0.0038	0.0734	-0.026	0.1174	0.0072	-0.2174	-0.1652	0.0205	-0.0439	0.031	0.1159	0.0059	-0.0159	0.1993	-0.0002	0.0154	0.2342	0.1687	0.1654	-18.9964	-7.9181	-24.7344
14	0.0352	-0.0006	-0.0119	0.0298	0.0134	0.016	-0.0193	-0.1008	-0.024	0.1313	0.0116	0.0258	-0.0021	-0.0451	0.0186	0.2442	0.0011	0.0605	0.4463	0.0013	0.1196	-37.4118	16.1808	-4.7125
15	0.0161	-0.0002	-0.0078	0.0104	0.0061	0.0062	-0.0137	-0.0404	0.0198	0.0531	-0.0713	0.0553	0.0165	-0.0344	0.0001	0.2662	0.0016	0.0727	0.4421	-0.0263	0.1696	-43.3208	21.9381	-10.6608
16	0.0094	-0.0044	-0.0073	0.0014	0.005	0.0074	-0.024	-0.0173	0.007	-0.0059	-0.0183	0.0374	-0.0014	-0.0147	0.0001	0.1999	0.0313	0.0136	0.3456	-0.0509	0.177	-47.0408	23.5502	-27.4026
17	0.0028	0.0005	0.0033	0.0017	0.0018	0.0051	-0.0317	-0.0825	0.0554	0.0944	0.0402	-0.0219	-0.0157	-0.0111	0.0026	0.4067	-0.0259	-0.0399	0.5109	-0.1728	0.2309	-17.8281	40.6617	5.4753
18	0.0749	0.0307	-0.0162	0.1294	-0.0017	0.1041	-0.0645	-0.2092	0.1447	0.0654	-0.0631	-0.0116	-0.1496	-0.0835	-0.1712	0.2169	0.058	-0.03	0.2856	-0.1902	0.118	-26.9815	39.1864	-21.9915

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 134 )	A	-1 - 134
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 135 through 189 )	A	135 - 189
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 190 through 325 )	A	190 - 325
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 326 through 667 )	A	326 - 667
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid -1 through 134 )	B	-1 - 134
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 135 through 189 )	B	135 - 189
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 190 through 325 )	B	190 - 325
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 326 through 667 )	B	326 - 667
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid -1 through 134 )	C	-1 - 117
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 135 through 154 )	C	118 - 154
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 155 through 189 )	C	155 - 189
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 190 through 325 )	C	190 - 325
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 326 through 667 )	C	326 - 667
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid -1 through 117 )	D	-1 - 117
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 118 through 154 )	D	118 - 154
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 155 through 189 )	D	155 - 189
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 190 through 325 )	D	190 - 325
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 326 through 667 )	D	326 - 667

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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