PDB-6lcm: Crystal structure of chloroplast resolvase ZmMOC1 with the magic ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6lcm

タイトル

Crystal structure of chloroplast resolvase ZmMOC1 with the magic triangle I3C

要素

ZmMoc1

キーワード

HYDROLASE / chloroplast / resolvase / Holliday junction / PLANT PROTEIN

機能・相同性

Holliday junction resolvase MOC1-like / crossover junction DNA endonuclease activity / metal ion binding / Chem-I3C / Holliday junction resolvase MOC1, chloroplastic

機能・相同性情報

生物種

Zea mays (トウモロコシ)

手法

X線回折 /

単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Yan, J.J. / Hong, S.X. / Guan, Z.Y. / Yin, P.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structural insights into sequence-dependent Holliday junction resolution by the chloroplast resolvase MOC1.
著者: Yan, J. / Hong, S. / Guan, Z. / He, W. / Zhang, D. / Yin, P.

履歴

登録	2019年11月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年4月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6lcm.cif.gz	82.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6lcm.ent.gz	58.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6lcm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6lcm_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6lcm_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	6lcm_validation.xml.gz	9.4 KB	表示
CIF形式データ	6lcm_validation.cif.gz	12.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lc/6lcm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lc/6lcm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6kvnC 6kvoC 6lctC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6tus-2 6tus-1 6qer-2 5gkk-d 2ezb-d 5fd4-1 4ee1-d 1mow-2 4edg-d 2ezc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

C: ZmMoc1

ヘテロ分子

20.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

C: ZmMoc1

ヘテロ分子

C: ZmMoc1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
41.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.136, 49.136, 141.831
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2
Space group name Hall	P4nw2abw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-324- HOH

#1: タンパク質	ZmMoc1 分子量: 19082.768 Da / 分子数: 1 / 変異: E158Q,I211V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / 遺伝子: 100192759, ZEAMMB73_Zm00001d040409 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B4FCI7
#2: 化合物	ChemComp-I3C / 5-amino-2,4,6-triiodobenzene-1,3-dicarboxylic acid / 5-Amino-2,4,6-triiodoisophthalic acid 分子量: 558.835 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₄I₃NO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.16 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, Ammonium fluoride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 R 200K-A / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→45 Å / Num. obs: 6571 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 33.8 % / R_merge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 70.8
反射シェル	解像度: 2.5→2.59 Å / R_merge(I) obs: 0.302 / Num. unique obs: 670

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	v1.5	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
SHELXDE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.5→45 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2799	343	5.26 %
R_work	0.2227	-	-
obs	0.2256	6519	99.7 %

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.72 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1264	0	48	53	1365

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0057	1345
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6841	1832
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0553	195
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0033	230
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.5754	768

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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