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- PDB-6kvo: Crystal structure of chloroplast resolvase in complex with Hollid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kvo
タイトルCrystal structure of chloroplast resolvase in complex with Holliday junction
要素
  • DNA (5'-D(*AP*CP*AP*AP*CP*AP*GP*AP*TP*GP*AP*TP*GP*GP*AP*GP*CP*T)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*CP*CP*TP*TP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*AP*CP*AP*TP*CP*TP*T)-3')
  • DNA (5'-D(P*AP*AP*GP*AP*TP*GP*TP*CP*CP*AP*TP*CP*TP*GP*TP*TP*GP*T)-3')
  • DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*TP*CP*CP*AP*TP*CP*AP*AP*GP*CP*AP*AP*GP*GP*C)-3')
  • NtMOC1
キーワードPLANT PROTEIN/DNA / chloroplast / resolvase / Holliday junction / PLANT PROTEIN / PLANT PROTEIN-DNA complex
機能・相同性Holliday junction resolvase MOC1-like / crossover junction DNA endonuclease activity / metal ion binding / DNA / DNA (> 10) / Holliday junction resolvase MOC1, chloroplastic-like
機能・相同性情報
生物種Nicotiana tabacum (タバコ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Yan, J.J. / Hong, S.X. / Guan, Z.Y. / Yin, P.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structural insights into sequence-dependent Holliday junction resolution by the chloroplast resolvase MOC1.
著者: Yan, J. / Hong, S. / Guan, Z. / He, W. / Zhang, D. / Yin, P.
履歴
登録2019年9月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NtMOC1
B: NtMOC1
C: DNA (5'-D(*AP*CP*AP*AP*CP*AP*GP*AP*TP*GP*AP*TP*GP*GP*AP*GP*CP*T)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*TP*TP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*AP*CP*AP*TP*CP*TP*T)-3')
E: DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*TP*CP*CP*AP*TP*CP*AP*AP*GP*CP*AP*AP*GP*GP*C)-3')
F: DNA (5'-D(P*AP*AP*GP*AP*TP*GP*TP*CP*CP*AP*TP*CP*TP*GP*TP*TP*GP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,51510
ポリマ－59,2746
非ポリマー2414
水84747
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11520 Å2
ΔGint-151 kcal/mol
Surface area24900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.316, 92.155, 65.894
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x,-y+1/2,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 NtMOC1


分子量: 18605.326 Da / 分子数: 2 / 変異: Q162K,E235Q,E239Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nicotiana tabacum (タバコ) / 遺伝子: LOC107823122 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A1S4CVP6

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DNA鎖 , 4種, 4分子 CDEF

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*CP*AP*AP*CP*AP*GP*AP*TP*GP*AP*TP*GP*GP*AP*GP*CP*T)-3')


分子量: 5573.644 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*CP*TP*TP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*AP*CP*AP*TP*CP*TP*T)-3')


分子量: 5473.538 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*TP*CP*CP*AP*TP*CP*AP*AP*GP*CP*AP*AP*GP*GP*C)-3')


分子量: 5494.583 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#5: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*AP*GP*AP*TP*GP*TP*CP*CP*AP*TP*CP*TP*GP*TP*TP*GP*T)-3')


分子量: 5521.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 3種, 51分子

#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.64 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Sodium acetate trihydrate, PEG 3350, Tacsimate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→49.03 Å / Num. obs: 26297 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 70.19 Å2 / CC1/2: 0.954 / Rmerge(I) obs: 0.252 / Rpim(I) all: 0.108 / Rrim(I) all: 0.275 / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.506 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 2898 / CC1/2: 0.891 / Rpim(I) all: 0.21 / Rrim(I) all: 0.549 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHENIX1.14rc3_3206精密化
Blu-Iceデータ収集
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→31.02 Å / SU ML: 0.3287 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 26.4468 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2343 1305 4.97 %
Rwork0.2019 24931 -
obs0.2035 26236 99.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 91.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→31.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2492 1468 0 47 4007
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00814197
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.94025994
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0568661
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0067510
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.10662210
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.60.34381490.27182695X-RAY DIFFRACTION98.89
2.6-2.720.31091410.26822744X-RAY DIFFRACTION100
2.72-2.860.31311170.26252749X-RAY DIFFRACTION99.97
2.86-3.040.27071570.25242714X-RAY DIFFRACTION100
3.04-3.270.26881430.23832743X-RAY DIFFRACTION99.9
3.27-3.60.2091330.20262786X-RAY DIFFRACTION100
3.6-4.120.24431670.20132773X-RAY DIFFRACTION100
4.12-5.190.21821420.17112815X-RAY DIFFRACTION99.97
5.19-31.020.20651560.18622912X-RAY DIFFRACTION99.1
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 27.0730554385 Å / Origin y: 16.7948053602 Å / Origin z: 18.1283811642 Å
111213212223313233
T0.346189180636 Å20.0132301365013 Å20.0328047822879 Å2-0.371642825595 Å2-0.00754458434689 Å2--0.383659106659 Å2
L2.12867476048 °20.565187388032 °20.498563673245 °2-3.32755729251 °2-0.190038942948 °2--2.54839233146 °2
S-0.0419655307852 Å °0.162093317283 Å °0.0848241919618 Å °0.138576099535 Å °0.199046432792 Å °-0.0287261905544 Å °0.0603765312001 Å °-0.0617971024292 Å °-0.112662973069 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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