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万見
- PDB-6lbu: Crystal structure of yeast Stn1 and Ten1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lbu
タイトルCrystal structure of yeast Stn1 and Ten1
要素
  • KLLA0C11825p
  • KLLA0E09417p
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Telomere / CST complex
機能・相同性
機能・相同性情報


CST complex / telomere capping
類似検索 - 分子機能
Stn1, C-terminal, fungi / Stn1, C-terminal domain superfamily / Telomere capping C-terminal wHTH / CST complex subunit Stn1, N-terminal / Telomere regulation protein Stn1 / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
KLLA0E09417p / KLLA0C11825p
類似検索 - 構成要素
生物種Kluyveromyces lactis (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Ge, Y. / Wu, Z. / Wu, J. / Lei, M.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structural insights into telomere protection and homeostasis regulation by yeast CST complex.
著者: Ge, Y. / Wu, Z. / Chen, H. / Zhong, Q. / Shi, S. / Li, G. / Wu, J. / Lei, M.
履歴
登録2019年11月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年8月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: KLLA0C11825p
B: KLLA0E09417p


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8262
ポリマ－38,8262
非ポリマー00
水3,117173
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1720 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area17350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.306, 78.031, 101.151
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 KLLA0C11825p / Stn1


分子量: 22276.131 Da / 分子数: 1 / 変異: C122M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Kluyveromyces lactis (酵母) / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6CTL1
#2: タンパク質 KLLA0E09417p / Ten1


分子量: 16550.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Kluyveromyces lactis (酵母) / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6CNW4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.98 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M potassium chloride, 0.05 M Sodium cacodylate trihydrate, 10% (w/v) PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 24869 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 12.6 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.092 / Χ2: 0.729 / Net I/σ(I): 4.6 / Num. measured all: 314501
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2-2.0711.30.37223380.9790.110.3890.47695.7
2.07-2.1512.10.30624470.9890.0890.3190.4899.2
2.15-2.2512.80.26924450.9910.0770.280.599.8
2.25-2.3712.60.22224720.9930.0650.2320.505100
2.37-2.5213.60.18324810.9950.0510.190.535100
2.52-2.7113.10.1424520.9960.040.1450.572100
2.71-2.9912.70.10724970.9970.0310.1120.651100
2.99-3.4213.30.08124950.9980.0230.0850.803100
3.42-4.3112.80.06625440.9980.0190.0691.074100
4.31-5012.10.06226980.9990.0180.0641.602100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15_3459精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→30.951 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.48
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2575 1209 4.89 %
Rwork0.2114 --
obs0.2135 24707 99.08 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 103.56 Å2 / Biso mean: 42.1632 Å2 / Biso min: 16.23 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→30.951 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2651 0 0 173 2824
Biso mean---48.75 -
残基数----320
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2-2.08010.30341210.245242894
2.0801-2.17470.27111350.2308257199
2.1747-2.28940.28361380.22652551100
2.2894-2.43280.30331400.21882604100
2.4328-2.62050.25251350.20852612100
2.6205-2.8840.29791480.22082601100
2.884-3.3010.27171340.22182645100
3.301-4.15730.20271280.20112682100
4.1573-30.950.25421300.1995280499
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8152-0.70960.43713.1319-1.01321.50810.03840.0403-0.0423-0.20310.05070.29330.0651-0.1243-0.00520.1631-0.03730.0140.13470.00110.1274-29.3463.646-18.034
21.8901-1.68451.39023.3202-1.16392.9547-0.2158-0.2020.05670.7330.0806-0.0588-0.1906-0.18380.02350.32040.00090.01930.1873-0.00010.2432-11.778-2.6955.854
30.5727-0.72790.44241.5535-0.2250.92110.0677-0.0894-0.03570.0451-0.04490.0450.0277-0.10720.00590.4432-0.0470.06980.37020.01290.3543-22.3940.046-9.338
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 2:190 )A2 - 190
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 0:140 )B0 - 140
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 201:317 ) OR ( CHAIN B AND RESID 201:256 )A201 - 317
4X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 201:317 ) OR ( CHAIN B AND RESID 201:256 )B201 - 256

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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