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- PDB-6lbr: Crystal structure of yeast Cdc13 and ssDNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lbr
タイトルCrystal structure of yeast Cdc13 and ssDNA
要素
  • KLLA0F20922p
  • Telomere single-strand DNA
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / Telomere / Protein-ssDNA complex / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


telomere maintenance / chromosome, telomeric region / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Cell division control protein 13, N-terminal / Cdc13, OB4 dimerization domain / Cell division control protein 13 N-terminus / Cdc13 OB4 dimerization domain / Telomeric single stranded DNA binding POT1/Cdc13 / Telomeric single stranded DNA binding POT1/CDC13 / Telomeric single stranded DNA binding POT1/CDC13 / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / KLLA0F20922p
類似検索 - 構成要素
生物種Kluyveromyces lactis (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Ge, Y. / Wu, Z. / Wu, J. / Lei, M.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structural insights into telomere protection and homeostasis regulation by yeast CST complex.
著者: Ge, Y. / Wu, Z. / Chen, H. / Zhong, Q. / Shi, S. / Li, G. / Wu, J. / Lei, M.
履歴
登録2019年11月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年8月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: KLLA0F20922p
B: KLLA0F20922p
C: Telomere single-strand DNA
D: Telomere single-strand DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,8644
ポリマ－141,8644
非ポリマー00
水4,089227
1
A: KLLA0F20922p
C: Telomere single-strand DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,9322
ポリマ－70,9322
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3610 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area27880 Å2
手法PISA
2
B: KLLA0F20922p
D: Telomere single-strand DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,9322
ポリマ－70,9322
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3700 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area13010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.166, 106.955, 173.521
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 KLLA0F20922p / Cdc13


分子量: 63116.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Kluyveromyces lactis (酵母) / 細胞株 (発現宿主): High Five
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q6CJ70
#2: DNA鎖 Telomere single-strand DNA


分子量: 7815.040 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Kluyveromyces lactis (酵母)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.97 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: 25% Ethylene Glycol, 0.01 mM EDTA and 150 mM NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 49182 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.115 / Χ2: 0.954 / Net I/σ(I): 5.9 / Num. measured all: 270829
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.5-2.595.70.84348430.7690.3790.9270.91499.8
2.59-2.695.50.58448300.8620.2660.6430.91599.7
2.69-2.825.20.41448480.910.1960.4590.93799.8
2.82-2.965.50.29848620.9490.1370.3290.936100
2.96-3.155.70.20948830.970.0950.230.97699.9
3.15-3.395.70.14348790.980.0660.1580.97499.9
3.39-3.735.30.10549130.9840.0510.1170.98899.9
3.73-4.275.70.09149430.9880.0420.11.013100
4.27-5.385.40.08149910.9870.0390.0910.95699.7
5.38-505.30.07551900.990.0380.0840.92499.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15_3459精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ収集
PHENIX位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→45.84 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.89
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2518 2217 4.8 %
Rwork0.2017 --
obs0.2041 46144 93.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 151.46 Å2 / Biso mean: 44.3735 Å2 / Biso min: 12.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→45.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5861 940 0 227 7028
Biso mean---43.46 -
残基数----772
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.5001-2.55450.2992860.2538151352
2.5545-2.61390.3144970.2466199669
2.6139-2.67930.27531220.2348250587
2.6793-2.75170.3061360.2417276396
2.7517-2.83270.28051450.2359284099
2.8327-2.92410.3031620.2152859100
2.9241-3.02860.25111270.20942923100
3.0286-3.14980.26591400.20382919100
3.1498-3.29310.24781340.19412898100
3.2931-3.46670.26381550.19252890100
3.4667-3.68380.24971590.17882905100
3.6838-3.96810.24431530.17492945100
3.9681-4.36710.22671580.16582920100
4.3671-4.99840.20511450.16762954100
4.9984-6.29490.22421480.21642991100
6.2949-45.840.27381500.2507310699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.791.0293-0.27982.2532-0.68820.22650.01070.08250.0747-0.16750.04460.17110.0818-0.081-0.010.15050.0332-0.01420.20.00380.147355.07646.125125.262
21.6342-0.2309-0.19411.2394-0.13641.90160.0239-0.0108-0.02820.21720.02030.01840.21920.0993-0.01360.21550.01690.01110.306-0.05310.203848.48920.57167.019
31.46710.62880.02531.8933-0.39412.6967-0.08040.20610.31950.05760.03140.4093-0.1622-0.5348-0.1170.15290.02140.04160.26440.02970.393760.34375.737119.297
42.26480.1677-0.45821.5688-0.74322.2474-0.0375-0.205-0.62450.1311-0.1213-0.06690.31750.06010.00560.36470.0281-0.02440.3687-0.07070.430546.31514.511161.763
50.25150.0826-0.00360.1312-0.03880.2311-0.00830.02070.0828-0.02070.03870.09520.0113-0.0259-0.01680.17630.01780.01310.189-0.02740.23956.87143.392133.941
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 369:897 )A369 - 897
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 506:717 )B506 - 717
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN C AND RESID 1:22 )C1 - 22
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN D AND RESID 1:23 )D1 - 23
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 1001:1148 ) OR ( CHAIN C AND RESID 101:124 ) OR ( CHAIN B AND RESID 1001:1035 ) OR ( CHAIN D AND RESID 101:120 )A1001 - 1148
6X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 1001:1148 ) OR ( CHAIN C AND RESID 101:124 ) OR ( CHAIN B AND RESID 1001:1035 ) OR ( CHAIN D AND RESID 101:120 )C101 - 124
7X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 1001:1148 ) OR ( CHAIN C AND RESID 101:124 ) OR ( CHAIN B AND RESID 1001:1035 ) OR ( CHAIN D AND RESID 101:120 )B1001 - 1035
8X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 1001:1148 ) OR ( CHAIN C AND RESID 101:124 ) OR ( CHAIN B AND RESID 1001:1035 ) OR ( CHAIN D AND RESID 101:120 )D101 - 120

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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