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- PDB-6lb7: Crystal structure of the Ca2+-free and Ca2+-bound MICU1-MICU2 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lb7
タイトルCrystal structure of the Ca2+-free and Ca2+-bound MICU1-MICU2 complex
要素
  • Calcium uptake protein 1, mitochondrial
  • Calcium uptake protein 2, mitochondrial
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Calcium binding protein / Mitochondrial / Uniporter / EF-hand
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial crista junction / negative regulation of mitochondrial calcium ion concentration / regulation of cellular hyperosmotic salinity response / positive regulation of cristae formation / mitochondrial calcium ion transmembrane transport / Processing of SMDT1 / uniplex complex / positive regulation of mitochondrial calcium ion concentration / Mitochondrial calcium ion transport / mitochondrial calcium ion homeostasis ...mitochondrial crista junction / negative regulation of mitochondrial calcium ion concentration / regulation of cellular hyperosmotic salinity response / positive regulation of cristae formation / mitochondrial calcium ion transmembrane transport / Processing of SMDT1 / uniplex complex / positive regulation of mitochondrial calcium ion concentration / Mitochondrial calcium ion transport / mitochondrial calcium ion homeostasis / calcium import into the mitochondrion / calcium ion sensor activity / cellular response to calcium ion starvation / calcium ion import / calcium channel inhibitor activity / calcium channel complex / Mitochondrial protein degradation / cellular response to calcium ion / calcium channel regulator activity / defense response / mitochondrial membrane / protein homooligomerization / mitochondrial intermembrane space / mitochondrial inner membrane / protein heterodimerization activity / calcium ion binding / mitochondrion / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Calcium uptake protein 1/2/3 / EF hand / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
Calcium uptake protein 2, mitochondrial / Calcium uptake protein 1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.101 Å
データ登録者Wu, W. / Shen, Q. / Zheng, J. / Jia, Z.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China21773014 中国
引用
ジャーナル: Embo J. / 年: 2020
タイトル: The structure of the MICU1-MICU2 complex unveils the regulation of the mitochondrial calcium uniporter.
著者: Wu, W. / Shen, Q. / Zhang, R. / Qiu, Z. / Wang, Y. / Zheng, J. / Jia, Z.
#1: ジャーナル: Embo Rep. / 年: 2019
タイトル: The crystal structure of MICU2 provides insight into Ca 2+ binding and MICU1-MICU2 heterodimer formation.
著者: Wu, W. / Shen, Q. / Lei, Z. / Qiu, Z. / Li, D. / Pei, H. / Zheng, J. / Jia, Z.
履歴
登録2019年11月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月27日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / citation_author / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.22021年3月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calcium uptake protein 1, mitochondrial
B: Calcium uptake protein 2, mitochondrial
C: Calcium uptake protein 1, mitochondrial
D: Calcium uptake protein 2, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,6876
ポリマ－163,6064
非ポリマー802
水19,7801098
1
A: Calcium uptake protein 1, mitochondrial
B: Calcium uptake protein 2, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,8834
ポリマ－81,8032
非ポリマー802
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2660 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area29160 Å2
手法PISA
2
C: Calcium uptake protein 1, mitochondrial
D: Calcium uptake protein 2, mitochondrial


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,8032
ポリマ－81,8032
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2130 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area29080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.481, 107.721, 170.381
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Calcium uptake protein 1, mitochondrial / Atopy-related autoantigen CALC / ara CALC / Calcium-binding atopy-related autoantigen 1


分子量: 43083.953 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MICU1, CALC, CBARA1 / プラスミド: pET-28b(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9BPX6
#2: タンパク質 Calcium uptake protein 2, mitochondrial / EF-hand domain-containing family member A1


分子量: 38719.238 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MICU2, EFHA1 / プラスミド: pET-28b(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8IYU8
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1098 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.6 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.2 M ammonium chloride, 5% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97892 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97892 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.101→47.3 Å / Num. obs: 92168 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 13 % / CC1/2: 0.984 / Rmerge(I) obs: 0.1246 / Rrim(I) all: 0.1297 / Net I/σ(I): 10.87
反射 シェル解像度: 2.101→2.176 Å / 冗長度: 12.3 % / Rmerge(I) obs: 1.192 / Mean I/σ(I) obs: 1.35 / Num. unique obs: 8058 / CC1/2: 0.775 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
HKL-2000v716.1データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000v716.1データ削減
PHENIX1.10.1-2155位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4NSC, 6IIH

4nsc

6iih


解像度: 2.101→47.3 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.45
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2267 2000 2.2 %
Rwork0.194 --
obs0.1947 90895 98.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 129.94 Å2 / Biso mean: 35.5483 Å2 / Biso min: 9.42 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.101→47.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9893 0 2 1098 10993
Biso mean--28.51 37.79 -
残基数----1205
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.02110088
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.29213508
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0631448
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0131736
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.1376061
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.101-2.1530.23581230.2432548486
2.153-2.21130.30041380.2388608996
2.2113-2.27630.28961400.2362625698
2.2763-2.34980.25591430.2216635299
2.3498-2.43380.2411440.22016403100
2.4338-2.53120.23321420.22086351100
2.5312-2.64640.29061450.21896438100
2.6464-2.78590.24521440.21426395100
2.7859-2.96040.23911450.20746441100
2.9604-3.1890.23651450.19746435100
3.189-3.50980.19931460.18366471100
3.5098-4.01740.17661450.16426475100
4.0174-5.06060.19351480.15286570100
5.0606-47.30.23251520.189673599

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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