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万見
- PDB-6l9o: Crystal structure of FABP7 apo -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l9o
タイトルCrystal structure of FABP7 apo
要素Fatty acid-binding protein, brain
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / Fatty acid-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / Triglyceride catabolism / fatty acid transport / fatty acid binding / epithelial cell proliferation / nervous system development / negative regulation of cell population proliferation / lipid binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytosolic fatty-acid binding proteins signature. / Intracellular lipid binding protein / Cytosolic fatty-acid binding / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin
類似検索 - ドメイン・相同性
Fatty acid-binding protein, brain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.42 Å
データ登録者Wei, P.C. / Yin, L.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China3187072 中国
National Natural Science Foundation of China31470738 中国
National Basic Research Program of China (973 Program)2014CB910103 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of FABP7 apo
著者: Wei, P.C. / Zhao, K. / Yin, L.
履歴
登録2019年11月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fatty acid-binding protein, brain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0501
ポリマ－15,0501
非ポリマー00
水3,441191
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area7150 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)34.710, 56.760, 71.230
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Fatty acid-binding protein, brain / Brain lipid-binding protein / BLBP / Brain-type fatty acid-binding protein / B-FABP / Fatty acid- ...Brain lipid-binding protein / BLBP / Brain-type fatty acid-binding protein / B-FABP / Fatty acid-binding protein 7 / Mammary-derived growth inhibitor related


分子量: 15050.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FABP7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O15540
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.94 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris 5.5 25% w/vPEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.42→71.23 Å / Num. obs: 27180 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 1.42→1.45 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.22 / Mean I/σ(I) obs: 5.7 / Num. unique obs: 7670 / % possible all: 99.11

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1FE3

1fe3


解像度: 1.42→35.615 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.79
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1829 1999 7.35 %
Rwork0.1739 --
obs0.1746 27180 99.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 57.57 Å2 / Biso mean: 17.0395 Å2 / Biso min: 7.08 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.42→35.615 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1042 0 0 191 1233
Biso mean---27.82 -
残基数----132
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.4203-1.45580.25231390.2167175598
1.4558-1.49520.22141410.19741769100
1.4952-1.53920.2281390.1836174999
1.5392-1.58890.20441410.17261789100
1.5889-1.64560.1831410.17041769100
1.6456-1.71150.20791410.17421775100
1.7115-1.78940.18541410.17121778100
1.7894-1.88380.20941420.17371782100
1.8838-2.00180.18631410.15381786100
2.0018-2.15630.15741440.15741819100
2.1563-2.37330.18351440.1751804100
2.3733-2.71660.18541430.17881817100
2.7166-3.42220.18051480.17181845100
3.4222-35.6150.16291540.17511944100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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