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万見
- PDB-6l93: X-ray structure of the ligand-free human TRPV1 ankyrin repeat domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l93
タイトルX-ray structure of the ligand-free human TRPV1 ankyrin repeat domain
要素Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Channel domain
機能・相同性
機能・相同性情報


chemosensory behavior / temperature-gated ion channel activity / response to capsazepine / negative regulation of establishment of blood-brain barrier / sensory perception of mechanical stimulus / peptide secretion / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of pain / cellular response to temperature stimulus / smooth muscle contraction involved in micturition / cellular response to acidic pH ...chemosensory behavior / temperature-gated ion channel activity / response to capsazepine / negative regulation of establishment of blood-brain barrier / sensory perception of mechanical stimulus / peptide secretion / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of pain / cellular response to temperature stimulus / smooth muscle contraction involved in micturition / cellular response to acidic pH / excitatory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / thermoception / fever generation / detection of temperature stimulus involved in thermoception / glutamate secretion / negative regulation of systemic arterial blood pressure / chloride channel regulator activity / dendritic spine membrane / TRP channels / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / cellular response to ATP / negative regulation of heart rate / cellular response to alkaloid / behavioral response to pain / diet induced thermogenesis / intracellularly gated calcium channel activity / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / negative regulation of mitochondrial membrane potential / calcium ion import across plasma membrane / voltage-gated calcium channel activity / phosphatidylinositol binding / cellular response to nerve growth factor stimulus / calcium ion transmembrane transport / phosphoprotein binding / microglial cell activation / calcium channel activity / lipid metabolic process / response to peptide hormone / transmembrane signaling receptor activity / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / cellular response to tumor necrosis factor / cellular response to heat / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / postsynaptic membrane / protein homotetramerization / cell surface receptor signaling pathway / calmodulin binding / positive regulation of apoptotic process / external side of plasma membrane / neuronal cell body / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding / identical protein binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1-4 / Transient receptor potential cation channel subfamily V / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.47 Å
データ登録者Tanaka, M. / Hayakawa, K. / Unno, M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2020
タイトル: Structure determination of the human TRPV1 ankyrin-repeat domain under nonreducing conditions.
著者: Tanaka, M. / Hayakawa, K. / Ogawa, N. / Kurokawa, T. / Kitanishi, K. / Ite, K. / Matsui, T. / Mori, Y. / Unno, M.
履歴
登録2019年11月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1
B: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1
C: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1
D: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1
E: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1
F: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,9996
ポリマ－184,9996
非ポリマー00
水00
1
A: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8331
ポリマ－30,8331
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8331
ポリマ－30,8331
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8331
ポリマ－30,8331
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8331
ポリマ－30,8331
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8331
ポリマ－30,8331
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8331
ポリマ－30,8331
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)184.228, 167.414, 112.632
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.375, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質
Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1 / TrpV1 / Capsaicin receptor / Osm-9-like TRP channel 1 / OTRPC1 / Vanilloid receptor 1


分子量: 30833.143 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRPV1, VR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8NER1

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.39 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.125 M sodium citrate (pH 5.0), 5% PEG 8000, 2.5% (v/v) glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.47→32.95 Å / Num. obs: 19438 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 179.57 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rsym value: 0.098 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 4.47→4.63 Å / Num. unique obs: 4678 / CC1/2: 0.817

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
PHENIX1.16_3549精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2PNN

2pnn


解像度: 4.47→32.95 Å / SU ML: 0.5466 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 31.6591
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2698 961 4.95 %
Rwork0.2202 18462 -
obs0.2227 19423 98.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 184.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.47→32.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11819 0 0 0 11819
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.001711998
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.480516238
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03521924
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00262083
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d1.96417312
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.47-4.710.33541500.26392629X-RAY DIFFRACTION99.78
4.71-50.33271320.25432640X-RAY DIFFRACTION99.75
5-5.380.31481480.26542671X-RAY DIFFRACTION99.96
5.38-5.920.34831270.2692679X-RAY DIFFRACTION99.86
5.92-6.770.28131360.25022623X-RAY DIFFRACTION99.6
6.77-8.510.25831280.20332638X-RAY DIFFRACTION97.91
8.51-32.950.21581400.18152582X-RAY DIFFRACTION95.14

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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