PDB-6l89: Human PPARgamma ligand binding domain complexed with Butyrolactone 1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6l89

タイトル

Human PPARgamma ligand binding domain complexed with Butyrolactone 1

要素

Peroxisome proliferator-activated receptor gamma

キーワード

TRANSCRIPTION / Nuclear receptor Ligand binding domain Butyrolactone 1 Partial agonist

機能・相同性

機能・相同性情報

prostaglandin receptor activity / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / MECP2 regulates transcription factors / negative regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / positive regulation of cholesterol transport / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / positive regulation of low-density lipoprotein receptor activity ...prostaglandin receptor activity / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / MECP2 regulates transcription factors / negative regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / positive regulation of cholesterol transport / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / positive regulation of low-density lipoprotein receptor activity / arachidonate binding / positive regulation of adiponectin secretion / lipoprotein transport / negative regulation of sequestering of triglyceride / DNA binding domain binding / macrophage derived foam cell differentiation / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / WW domain binding / STAT family protein binding / positive regulation of fatty acid metabolic process / response to lipid / negative regulation of SMAD protein signal transduction / LBD domain binding / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of cholesterol storage / E-box binding / alpha-actinin binding / lipid homeostasis / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / R-SMAD binding / monocyte differentiation / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of lipid storage / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / white fat cell differentiation / negative regulation of BMP signaling pathway / cell fate commitment / positive regulation of cholesterol efflux / negative regulation of mitochondrial fission / positive regulation of fat cell differentiation / negative regulation of osteoblast differentiation / negative regulation of MAPK cascade / BMP signaling pathway / retinoic acid receptor signaling pathway / long-chain fatty acid transport / nuclear retinoid X receptor binding / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / cell maturation / epithelial cell differentiation / negative regulation of signaling receptor activity / positive regulation of adipose tissue development / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / hormone-mediated signaling pathway / regulation of cellular response to insulin stimulus / negative regulation of angiogenesis / response to nutrient / negative regulation of miRNA transcription / Regulation of PTEN gene transcription / transcription coregulator binding / fatty acid metabolic process / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / positive regulation of apoptotic signaling pathway / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / peptide binding / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / regulation of circadian rhythm / placenta development / PPARA activates gene expression / lipid metabolic process / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of miRNA transcription / regulation of blood pressure / cellular response to insulin stimulus / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / rhythmic process / glucose homeostasis / cellular response to hypoxia / double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / nucleic acid binding / cell differentiation / receptor complex / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of gene expression / intracellular membrane-bounded organelle / innate immune response / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / positive regulation of gene expression
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Jang, D.M. / Han, B.W.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Biomolecules / 年: 2020
タイトル: Cyclin-Dependent Kinase 5 Inhibitor Butyrolactone I Elicits a Partial Agonist Activity of Peroxisome Proliferator-Activated Receptor gamma.
著者: Ahn, S. / Jang, D.M. / Park, S.C. / An, S. / Shin, J. / Han, B.W. / Noh, M.

履歴

登録	2019年11月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年9月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6l89.cif.gz	123.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6l89.ent.gz	91.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6l89.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6l89_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6l89_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	6l89_validation.xml.gz	22.1 KB	表示
CIF形式データ	6l89_validation.cif.gz	30.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l8/6l89 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l8/6l89	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6l8bC 3wmhS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3vso-2 2zk5-2 6jey-1 4e4q-2 6e5a-1 3ads-2 3vsp-2 2zk2-2 3an3-2 3vjh-1 3adx-2 2zvt-2 2zk6-2 6aug-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma

B: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma

ヘテロ分子

66.2 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma

ヘテロ分子

B: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
66.2 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	93.623, 61.124, 119.762
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 103.643, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / PPAR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group C member 3 分子量: 32693.824 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPARG, NR1C3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P37231
#2: 化合物	ChemComp-E7C / methyl (2R)-3-(4-hydroxyphenyl)-2-[[3-(3-methylbut-2-enyl)-4-oxidanyl-phenyl]methyl]-4-oxidanyl-5-oxidanylidene-furan-2-carboxylate / Butyrolactone I / 2-(3-(3-メチル-2-ブテニル)-4-ヒドロキシベンジル)-3-(4-ヒドロキシフェニル)-4-ヒドロキシ-5-(以下略) 分子量: 424.443 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₂₄O₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.7 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.2 M sodium citrate tribasic dihydrate, 0.1 M HEPES pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1.00003 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 38329 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.032 / Net I/σ(I): 39.3
反射シェル	解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.71 / Num. unique obs: 1920 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3WMH

3wmh

解像度: 2.1→48.975 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.927 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.901 / WR_factor R_free: 0.269 / WR_factor R_work: 0.225 / SU B: 6.249 / SU ML: 0.162 / Average fsc free: 0.8805 / Average fsc work: 0.8964 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.27 / ESU R Free: 0.218 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2693	1734	5.042 %
R_work	0.2286	32656	-
all	0.231	-	-
obs	-	34390	88.996 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.139 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.132 Å²	0 Å²	-0.108 Å²
2-	-	0.412 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.204 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→48.975 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4115	0	62	148	4325

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	4265
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	4140
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.237	1.656	5753
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.203	1.592	9629
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.437	5	513
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.942	24.129	201
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.548	15	820
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.215	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.051	0.2	558
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.036	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	4610
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	814
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	963
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.188	0.2	3663
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.153	0.2	2125
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	1582
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.169	0.2	154
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.036	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.222	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.23	0.2	75
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.117	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.737	3.351	2058
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.737	3.35	2057
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.013	5.001	2566
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.013	5.002	2567
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.74	3.748	2207
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.74	3.749	2208
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.004	5.5	3186
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.003	5.501	3187
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.871	40.304	4867
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.862	40.302	4858

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.154	0.314	72	0.281	1430	X-RAY DIFFRACTION	53.0555
2.154-2.213	0.356	96	0.29	1625	X-RAY DIFFRACTION	62.5363
2.213-2.277	0.329	100	0.289	1792	X-RAY DIFFRACTION	70.9677
2.277-2.347	0.272	98	0.269	1983	X-RAY DIFFRACTION	78.4691
2.347-2.424	0.338	105	0.267	2150	X-RAY DIFFRACTION	89.9482
2.424-2.509	0.325	106	0.266	2292	X-RAY DIFFRACTION	98.1982
2.509-2.603	0.314	112	0.262	2243	X-RAY DIFFRACTION	99.8304
2.603-2.709	0.297	111	0.261	2181	X-RAY DIFFRACTION	99.8693
2.709-2.83	0.305	103	0.249	2067	X-RAY DIFFRACTION	99.7243
2.83-2.967	0.294	117	0.256	1984	X-RAY DIFFRACTION	99.8574
2.967-3.127	0.32	122	0.253	1895	X-RAY DIFFRACTION	99.6542
3.127-3.316	0.274	99	0.224	1762	X-RAY DIFFRACTION	99.572
3.316-3.544	0.294	78	0.218	1670	X-RAY DIFFRACTION	99.2054
3.544-3.826	0.266	89	0.204	1571	X-RAY DIFFRACTION	99.3417
3.826-4.189	0.239	75	0.182	1395	X-RAY DIFFRACTION	96.52
4.189-4.679	0.164	76	0.174	1265	X-RAY DIFFRACTION	95.1739
4.679-5.395	0.239	59	0.198	1111	X-RAY DIFFRACTION	97.1761
5.395-6.589	0.204	51	0.245	999	X-RAY DIFFRACTION	99.7151
6.589-9.238	0.182	44	0.175	784	X-RAY DIFFRACTION	98.9247
9.238-48.975	0.244	21	0.186	454	X-RAY DIFFRACTION	97.137

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関連情報:EMDBヘッダ

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